Pytania otagowane jako genetics

Naukowe badanie zasad dziedziczenia i zmienności cech dziedzicznych wśród spokrewnionych organizmów.

6
Wybór funkcji dla „ostatecznego” modelu podczas weryfikacji krzyżowej w uczeniu maszynowym
Trochę się mylę co do wyboru funkcji i uczenia maszynowego i zastanawiałem się, czy możesz mi pomóc. Mam zestaw danych mikromacierzy, który jest podzielony na dwie grupy i ma tysiące funkcji. Moim celem jest uzyskanie niewielkiej liczby genów (moich cech) (10–20) w sygnaturze, którą teoretycznie będę mógł zastosować do innych …
4
Korekta wartości p dla wielu testów, w których testy są skorelowane (genetyka)
Mam wartości p z wielu testów i chciałbym wiedzieć, czy rzeczywiście jest coś znaczącego po poprawieniu wielu testów. Komplikacja: moje testy nie są niezależne. Metoda, o której myślę (wariant metody produktu Fishera, Zaykin i wsp., Genet Epidemiol , 2002) wymaga korelacji między wartościami p. Aby oszacować tę korelację, obecnie myślę …
4
Jakie są prawidłowe wartości precyzji i przywołania w przypadkach krawędzi?
Precyzja jest zdefiniowana jako: p = true positives / (true positives + false positives) Czy jest to prawidłowe, że, jak true positivesi false positivespodejście 0, precyzja zbliża 1? To samo pytanie do przypomnienia: r = true positives / (true positives + false negatives) Obecnie wdrażam test statystyczny, w którym muszę …
20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 
1
Jak działa normalizacja kwantowa?
W badaniach ekspresji genów za pomocą mikromacierzy dane dotyczące intensywności muszą zostać znormalizowane, aby można było porównać intensywności między poszczególnymi osobami, między genami. Pojęciowo i algorytmicznie, jak działa „normalizacja kwantowa” i jak wytłumaczyłbyś to statystyce?
2
Obliczanie prawdopodobieństwa nakładania się listy genów między sekwencją RNA a zestawem danych ChIP-chip
Mam nadzieję, że ktoś na tych forach pomoże mi rozwiązać ten podstawowy problem w badaniach nad ekspresją genów. Przeprowadziłem głębokie sekwencjonowanie tkanki eksperymentalnej i kontrolnej. Następnie uzyskałem krotną wartość wzbogacenia genów w próbce eksperymentalnej nad kontrolą. Referencyjny genom ma około 15 000 genów. 3000 z 15 000 genów jest wzbogaconych …
2
Analiza wzbogacania według poziomu duplikacji genów
Tło biologiczne Z czasem niektóre gatunki roślin mają tendencję do powielania całych genomów, uzyskując dodatkową kopię każdego genu. Z powodu niestabilności tej konfiguracji wiele z tych genów jest następnie usuwanych, a genom układa się ponownie i stabilizuje, gotowy do powtórzenia. Te zdarzenia duplikacji są powiązane ze specjacjami i inwazjami, a …
1
Analiza mocy do analizy przeżycia
Jeśli postawię hipotezę, że sygnatura genu pozwoli zidentyfikować osoby o niższym ryzyku nawrotu, to znaczy obniży się o 0,5 (współczynnik ryzyka 0,5), wskaźnik zdarzeń u 20% populacji i zamierzam użyć próbek z retrospektywnego badania kohortowego wielkość próby musi być dostosowana do nierównych liczb w dwóch hipotetycznych grupach? Na przykład za …
2
Próg miękki a penalizacja Lasso
Staram się podsumować to, co do tej pory rozumiałem w karanej analizie wielowymiarowej z wielowymiarowymi zestawami danych, i wciąż uzyskanie właściwej definicji kary miękkiego progowania w porównaniu z penalizacją Lasso (lub ).L1L1L_1 Dokładniej, wykorzystałem rzadką regresję PLS do analizy 2-blokowej struktury danych, w tym danych genomowych ( polimorfizmy pojedynczego nukleotydu …
3
Odległość Mahalanobis przez PCA kiedy
Mam macierz , gdzie to liczba genów, a to liczba pacjentów. Każdy, kto pracował z takimi danymi, wie, że jest zawsze większe niż . Korzystając z wyboru funkcji, zredukowałem do bardziej rozsądnej liczby, jednak jest nadal większe niż .n × pn×pn\times ppppnnnpppnnnppppppnnn Chciałbym obliczyć podobieństwo pacjentów na podstawie ich profili …
1
Jak obliczyć standardowy błąd ilorazów szans?
Mam dwa zestawy danych z badań asocjacyjnych całego genomu. Jedyne dostępne informacje to iloraz szans i wartość p dla pierwszego zestawu danych. Dla drugiego zestawu danych mam iloraz szans, wartość p i częstotliwości alleli (AFD = choroba, AFC = kontrola) (np. 0,321). Próbuję wykonać metaanalizę tych danych, ale nie mam …
1
W jaki sposób dzieci potrafią zbliżyć swoich rodziców do projekcji PCA zestawu danych GWAS?
Weź 20 losowych punktów w przestrzeni 10 000 wymiarów z każdą współrzędną id matematyczną . Podziel je na 10 par („pary”) i dodaj średnią każdej pary („dziecka”) do zestawu danych. Następnie wykonaj PCA na uzyskanych 30 punktach i wykreśl PC1 vs PC2.N(0,1)N(0,1)\mathcal N(0,1) Dzieje się coś niezwykłego: każda „rodzina” tworzy …
4
Jak obliczyć przedziały ufności dla połączonych wskaźników nieparzystych w metaanalizie?
Mam dwa zestawy danych z badań asocjacyjnych całego genomu. Jedynymi dostępnymi informacjami są współczynniki nieparzyste i przedziały ufności (95%) dla każdego genotypowanego SNP. Chcę wygenerować działkę leśną porównującą te dwa współczynniki szans, ale nie mogę znaleźć sposobu na obliczenie łączonych przedziałów ufności w celu wizualizacji efektów podsumowania. Użyłem programu PLINK …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.