Pytania otagowane jako microarray

3
Najlepszy sposób na zaprezentowanie losowego lasu w publikacji?
Używam algorytmu losowego lasu jako solidnego klasyfikatora dwóch grup w badaniu mikromacierzy z tysiącami funkcji. Jaki jest najlepszy sposób przedstawienia losowego lasu, aby było wystarczająco dużo informacji, aby można go było odtworzyć w formie papierowej? Czy istnieje metoda kreślenia w R, która faktycznie drukuje drzewo, jeśli istnieje niewielka liczba funkcji? …

1
Jak działa normalizacja kwantowa?
W badaniach ekspresji genów za pomocą mikromacierzy dane dotyczące intensywności muszą zostać znormalizowane, aby można było porównać intensywności między poszczególnymi osobami, między genami. Pojęciowo i algorytmicznie, jak działa „normalizacja kwantowa” i jak wytłumaczyłbyś to statystyce?

2
Obliczanie prawdopodobieństwa nakładania się listy genów między sekwencją RNA a zestawem danych ChIP-chip
Mam nadzieję, że ktoś na tych forach pomoże mi rozwiązać ten podstawowy problem w badaniach nad ekspresją genów. Przeprowadziłem głębokie sekwencjonowanie tkanki eksperymentalnej i kontrolnej. Następnie uzyskałem krotną wartość wzbogacenia genów w próbce eksperymentalnej nad kontrolą. Referencyjny genom ma około 15 000 genów. 3000 z 15 000 genów jest wzbogaconych …

1
Różnice między PROC Mixed i lme / lmer w R - stopnie swobody
Uwaga: to pytanie jest repost, ponieważ moje poprzednie pytanie musiało zostać usunięte ze względów prawnych. Porównując PROC MIXED z SAS z funkcją lmez nlmepakietu w R, natknąłem się na pewne dość mylące różnice. Mówiąc dokładniej, stopnie swobody w różnych testach różnią się między PROC MIXEDi lmezastanawiałem się, dlaczego. Zacznij od …
12 r  mixed-model  sas  degrees-of-freedom  pdf  unbiased-estimator  distance-functions  functional-data-analysis  hellinger  time-series  outliers  c++  relative-risk  absolute-risk  rare-events  regression  t-test  multiple-regression  survival  teaching  multiple-regression  regression  self-study  t-distribution  machine-learning  recommender-system  self-study  binomial  standard-deviation  data-visualization  r  predictive-models  pearson-r  spearman-rho  r  regression  modeling  r  categorical-data  data-visualization  ggplot2  many-categories  machine-learning  cross-validation  weka  microarray  variance  sampling  monte-carlo  regression  cross-validation  model-selection  feature-selection  elastic-net  distance-functions  information-theory  r  regression  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  dataset  data-mining 

2
Parametryczne, półparametryczne i nieparametryczne ładowanie początkowe dla modeli mieszanych
Z tego artykułu pochodzą następujące przeszczepy . Jestem nowicjuszem w bootstrapie i próbuję zaimplementować parametryczne, semiparametryczne i nieparametryczne bootstrapowanie dla liniowego modelu mieszanego z R bootpakietem. Kod R. Oto mój Rkod: library(SASmixed) library(lme4) library(boot) fm1Cult <- lmer(drywt ~ Inoc + Cult + (1|Block) + (1|Cult), data=Cultivation) fixef(fm1Cult) boot.fn <- function(data, …
9 r  mixed-model  bootstrap  central-limit-theorem  stable-distribution  time-series  hypothesis-testing  markov-process  r  correlation  categorical-data  association-measure  meta-analysis  r  anova  confidence-interval  lm  r  bayesian  multilevel-analysis  logit  regression  logistic  least-squares  eda  regression  notation  distributions  random-variable  expected-value  distributions  markov-process  hidden-markov-model  r  variance  group-differences  microarray  r  descriptive-statistics  machine-learning  references  r  regression  r  categorical-data  random-forest  data-transformation  data-visualization  interactive-visualization  binomial  beta-distribution  time-series  forecasting  logistic  arima  beta-regression  r  time-series  seasonality  large-data  unevenly-spaced-time-series  correlation  statistical-significance  normalization  population  group-differences  demography 
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.