Pytania otagowane jako lme4-nlme

lme4 i nlme są pakietami R stosowanymi do dopasowania liniowych, uogólnionych liniowych i nieliniowych modeli efektów mieszanych. W przypadku ogólnych pytań dotyczących modeli mieszanych użyj znacznika [mieszany model].

2
Co to jest lme4 :: lmer odpowiednik ANOVA z powtarzanymi pomiarami w trzech kierunkach?
Moje pytanie opiera się na tej odpowiedzi, która wykazała, który lme4::lmermodel odpowiada dwukierunkowej ANOVA z powtarzanymi pomiarami: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c = factor(rep(rep(1:2, each=48)))) # standard two-way repeated measures ANOVA: summary(aov(y~a*b+Error(subject/(a*b)), d[d$c == …
1
R / mgcv: Dlaczego produkty tensorowe te () i ti () wytwarzają różne powierzchnie?
mgcvOpakowanie Rposiada dwie funkcje montowania interakcji produktów napinacz: te()i ti(). Rozumiem podstawowy podział pracy między nimi (dopasowanie interakcji nieliniowej vs. rozkładanie tej interakcji na główne efekty i interakcję). To, czego nie rozumiem, to dlaczego te(x1, x2)i ti(x1) + ti(x2) + ti(x1, x2)może powodować (nieznacznie) różne wyniki. MWE (dostosowany z ?ti): …
11 r  gam  mgcv  conditional-probability  mixed-model  references  bayesian  estimation  conditional-probability  machine-learning  optimization  gradient-descent  r  hypothesis-testing  wilcoxon-mann-whitney  time-series  bayesian  inference  change-point  time-series  anova  repeated-measures  statistical-significance  bayesian  contingency-tables  regression  prediction  quantiles  classification  auc  k-means  scikit-learn  regression  spatial  circular-statistics  t-test  effect-size  cohens-d  r  cross-validation  feature-selection  caret  machine-learning  modeling  python  optimization  frequentist  correlation  sample-size  normalization  group-differences  heteroscedasticity  independence  generalized-least-squares  lme4-nlme  references  mcmc  metropolis-hastings  optimization  r  logistic  feature-selection  separation  clustering  k-means  normal-distribution  gaussian-mixture  kullback-leibler  java  spark-mllib  data-visualization  categorical-data  barplot  hypothesis-testing  statistical-significance  chi-squared  type-i-and-ii-errors  pca  scikit-learn  conditional-expectation  statistical-significance  meta-analysis  intuition  r  time-series  multivariate-analysis  garch  machine-learning  classification  data-mining  missing-data  cart  regression  cross-validation  matrix-decomposition  categorical-data  repeated-measures  chi-squared  assumptions  contingency-tables  prediction  binary-data  trend  test-for-trend  matrix-inverse  anova  categorical-data  regression-coefficients  standard-error  r  distributions  exponential  interarrival-time  copula  log-likelihood  time-series  forecasting  prediction-interval  mean  standard-error  meta-analysis  meta-regression  network-meta-analysis  systematic-review  normal-distribution  multiple-regression  generalized-linear-model  poisson-distribution  poisson-regression  r  sas  cohens-kappa 
2
Jak przeprowadzić porównanie post hoc dla terminu interakcji z modelem efektów mieszanych?
Pracuję nad zestawem danych w celu oceny wpływu suszenia na aktywność mikrobiologiczną osadów. Celem jest ustalenie, czy wpływ suszenia różni się w zależności od rodzaju osadu i / lub głębokości osadu. Projekt eksperymentalny jest następujący: Pierwszy czynnik Osad odpowiada trzem rodzajom osadu (kodowany Sed1, Sed2, Sed3). Dla każdego rodzaju osadu …
1
Powtarzane miary anova: lm vs lmer
Próbuję odtworzyć kilka testów interakcji między obiema lmi lmerpowtarzanymi pomiarami (2x2x2). Powodem, dla którego chcę porównać obie metody, jest to, że GLM SPSS dla powtarzanych pomiarów daje dokładnie takie same wyniki, jak lmprzedstawione tutaj podejście, więc na koniec chcę porównać SPSS z R-lmer. Do tej pory udało mi się tylko …
2
Jak symulować dane, aby wykazać mieszane efekty z R (lme4)?
Jako odpowiednik tego postu pracowałem nad symulacją danych ze zmiennymi ciągłymi, nadając się do skorelowanych przechwyceń i nachyleń. Chociaż na stronie i poza nią są świetne posty na ten temat , miałem trudności ze znalezieniem od początku do końca przykładu z symulowanymi danymi, który byłby podobny do prostego scenariusza z …
1
Matryce modelowe dla modeli efektów mieszanych
W lmerfunkcji w lme4w Ristnieje wezwanie do skonstruowania matrycy modelu efektów przypadkowych, ZZZ , jak opisano tutaj , na stronach 7 - 9. Obliczanie obejmuje produkty KhatriRao i / lub Kronecker dwóch matryc, i . J i X iZZZjotjaJiJ_iXjaXiX_i Macierz to kęs: „Macierz wskaźników wskaźników współczynnika grupowania”, ale wydaje się, …
1
Testy post-hoc w multcomp :: glht dla modeli efektów mieszanych (Lme4) z interakcjami
Przeprowadzam testy post-hoc na liniowym modelu mieszanych efektów w R( lme4pakiecie). Używam multcomppakietu ( glht()funkcji) do przeprowadzania testów post-hoc. Mój plan eksperymentalny to powtarzane pomiary z przypadkowym efektem blokowania. Modele są określone jako: mymod <- lmer(variable ~ treatment * time + (1|block), data = mydata, REML = TRUE) Zamiast załączać …
1
Współczynnik korelacji międzyklasowej w modelu mieszanym z losowymi nachyleniami
Mam następujący model m_plotwyposażony w lme4::lmerskrzyżowane efekty losowe dla uczestników ( lfdn) i przedmiotów ( content): Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Corr lfdn (Intercept) 172.173 13.121 role1 62.351 7.896 0.03 inference1 24.640 4.964 0.08 -0.30 inference2 52.366 7.236 -0.05 0.17 -0.83 inference3 21.295 4.615 -0.03 0.22 0.86 -0.77 content …
1
Notacja do modelowania wielopoziomowego
Potrzeby jeden wzór, aby określić za szkolenie wielopoziomowego modelu (korzystając lmerz lme4 Rbiblioteki) zawsze mnie trafia. Czytałem niezliczone podręczniki i samouczki, ale nigdy nie zrozumiałem tego poprawnie. Oto przykład z tego samouczka , który chciałbym zobaczyć sformułowany w równaniu. Staramy się modelować częstotliwość głosu jako funkcję płci (kobiety mają wyższy …
2
Czy stopnie swobody w lmerTest :: anova są poprawne? Różnią się bardzo od RM-ANOVA
Analizuję wyniki eksperymentu czasu reakcji w R. Przeprowadziłem ANOVA z powtarzanymi pomiarami (1 czynnik wewnątrz podmiotu z 2 poziomami i 1 czynnik między podmiotem z 2 poziomami). Uruchomiłem podobny liniowy model mieszany i chciałem podsumować wyniki lmera w formie tabeli ANOVA lmerTest::anova. Nie zrozumcie mnie źle: nie spodziewałem się identycznych …
3
Jak uzyskać przedział ufności dla zmiany r-kwadratowej populacji
Dla prostego przykładu załóżmy, że istnieją dwa modele regresji liniowej 1 Model posiada trzy czynniki prognostyczne, x1a, x2b, ix2c Model 2 ma trzy predyktory z modelu 1 i dwa dodatkowe predyktory x2aorazx2b Istnieje równanie regresji populacji, w którym wyjaśniona wariancja populacji wynosi ρ2(1)ρ(1)2\rho^2_{(1)} dla Modelu 1 i ρ2(2)ρ(2)2\rho^2_{(2)} dla Modelu …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.