Pytania otagowane jako lme4-nlme

lme4 i nlme są pakietami R stosowanymi do dopasowania liniowych, uogólnionych liniowych i nieliniowych modeli efektów mieszanych. W przypadku ogólnych pytań dotyczących modeli mieszanych użyj znacznika [mieszany model].

3
Ściąglejszy ściągacz R.
Na tym forum toczy się wiele dyskusji na temat właściwego sposobu określania różnych modeli hierarchicznych lmer. Pomyślałem, że wspaniale byłoby mieć wszystkie informacje w jednym miejscu. Kilka pytań na początek: Jak określić wiele poziomów, gdzie jedna grupa jest zagnieżdżony w drugiej: jest to (1|group1:group2)albo (1+group1|group2)? Jaka jest różnica między (~1 …
1
Skrzyżowane i zagnieżdżone efekty losowe: czym się różnią i jak są poprawnie określone w lme4?
Oto jak zrozumiałem zagnieżdżone vs. skrzyżowane efekty losowe: Zagnieżdżone efekty losowe występują, gdy niższy współczynnik poziomu pojawia się tylko w określonym poziomie współczynnika wyższego poziomu. Na przykład uczniowie w ramach klas w ustalonym momencie. W lme4Myślałem, że reprezentują losowe efekty dla zagnieżdżonych danych w jednym z dwóch równoważnych sposobów: (1|class/pupil) …
2
Jak bardzo powinniśmy się bać ostrzeżeń o konwergencji w lme4
Jeśli ponownie dopasowujemy się do blasku, możemy otrzymać ostrzeżenie, które mówi nam, że model ma trudności z konwergencją ... np. >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) innym sposobem sprawdzenia zbieżności omówionym w tym wątku przez …
4
Jak wybrać bibliotekę nlme lub lme4 R dla modeli efektów mieszanych?
Muszę zmieścić kilka modeli efektów mieszanych (zwłaszcza modele wzdłużny) używając lme4w Rale chciałby naprawdę opanować modeli i kod, który jedzie z nimi. Zanim jednak zanurzę się obiema stopami (i kupię książki), chcę mieć pewność, że uczę się odpowiedniej biblioteki. Przyzwyczaiłem lme4się do tej pory, ponieważ po prostu uważałem, że jest …
5
Jak dokładnie „model efektów losowych” w ekonometrii odnosi się do modeli mieszanych poza ekonometrią?
Kiedyś myślałem, że „model efektów losowych” w ekonometrii odpowiada „modelowi mieszanemu z przypadkowym przechwytywaniem” poza ekonometrią, ale teraz nie jestem pewien. Czy to? Ekonometria używa terminów takich jak „efekty stałe” i „efekty losowe” nieco inaczej niż w literaturze na temat modeli mieszanych, co powoduje notoryczne zamieszanie. Rozważmy prostą sytuację, w …
3
Pytania dotyczące sposobu określania efektów losowych w lmer
Niedawno zmierzyłem, w jaki sposób znaczenie nowego słowa jest uzyskiwane na podstawie wielokrotnych ekspozycji (ćwiczenie: od 1 do 10 dnia) poprzez pomiar ERP (EEG), gdy słowo było oglądane w różnych kontekstach. Kontrolowałem także właściwości kontekstu, na przykład jego przydatność do odkrywania nowego znaczenia słowa (wysoki kontra niski). Szczególnie interesuje mnie …
3
Interpretacja predyktora i / lub odpowiedzi transformowanej logarytmicznie
Zastanawiam się, czy ma to znaczenie w interpretacji, czy transformowane są tylko zmienne zależne, zależne i niezależne, czy tylko zmienne niezależne. Rozważ przypadek log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Mogę interpretować IV jako wzrost procentowy, ale jak to się zmienia, kiedy mam log(DV) = Intercept + B1*log(IV) + Error …
46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 
2
Wykorzystanie lmera do liniowego modelu mieszanego z powtarzanymi pomiarami
EDYCJA 2: Początkowo myślałem, że muszę uruchomić ANOVA dwuskładnikową z powtarzanymi pomiarami dla jednego czynnika, ale teraz myślę, że liniowy model mieszanego efektu będzie działał lepiej dla moich danych. Myślę, że prawie wiem, co musi się wydarzyć, ale wciąż jestem zdezorientowany kilkoma punktami. Eksperymenty, które muszę przeanalizować, wyglądają tak: Osobników …
2
Interwał prognozy dla modelu efektów mieszanych lmer () w R
Chcę uzyskać przedział przewidywania wokół prognozy z modelu lmer (). Znalazłem trochę dyskusji na ten temat: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq ale wydaje się, że nie uwzględniają niepewności losowych efektów. Oto konkretny przykład. Ścigam się złotą rybką. Mam dane dotyczące ostatnich 100 wyścigów. Chcę przewidzieć 101., biorąc pod uwagę niepewność moich oszacowań RE …
1
Dlaczego glmer nie osiąga maksymalnego prawdopodobieństwa (potwierdzonego przez dalszą optymalizację ogólną)?
Wyprowadzanie liczbowe MLE z GLMM jest trudne i, w praktyce, wiem, nie powinniśmy stosować optymalizacji siły brutalnej (np. Używając optimw prosty sposób). Ale dla własnego celu edukacyjnego chcę go wypróbować, aby upewnić się, że poprawnie rozumiem model (patrz poniższy kod). Odkryłem, że zawsze otrzymuję niespójne wyniki glmer(). W szczególności, nawet …
2
Jak wiarygodne są przedziały ufności dla mniejszych obiektów dzięki pakietowi efektów?
EffectsPakiet zapewnia bardzo szybki i wygodny sposób kreślenia wyników liniowego modelu efektu mieszanego uzyskanego przez lme4pakiet . Te effectprzedziały ufności oblicza funkcyjne (CIS) bardzo szybko, ale jak wiarygodne są te przedziały ufności? Na przykład: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) effs <- …
2
Co to jest symetria złożona w języku angielskim?
I ostatnio sobie sprawę , że model mieszany tylko z przedmiotu jako przypadkowy czynnik i inne czynniki, jak czynniki stałe po ustawieniu korelacyjnej struktury mieszanego modelu do związku symetrii równoważna ANOVA. Dlatego chciałbym wiedzieć, co oznacza symetria złożona w kontekście mieszanej (tj. Podzielonej fabuły) analizy wariancji, najlepiej wyjaśnionej prostym językiem …
2
Model efektów mieszanych z zagnieżdżaniem
Mam dane zebrane z eksperymentu zorganizowane w następujący sposób: Dwa miejsca, każde z 30 drzewami. 15 jest leczonych, 15 kontroluje w każdym miejscu. Z każdego drzewa pobieramy próbki trzech kawałków łodygi i trzech kawałków korzeni, a więc 6 poziomów 1 próbki na drzewo, które jest reprezentowane przez jeden z dwóch …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.