Pytania otagowane jako mixed-model

Modele mieszane (inaczej wielopoziomowe lub hierarchiczne) to modele liniowe, które obejmują zarówno efekty stałe, jak i efekty losowe. Służą do modelowania danych podłużnych lub zagnieżdżonych.


3
Ściąglejszy ściągacz R.
Na tym forum toczy się wiele dyskusji na temat właściwego sposobu określania różnych modeli hierarchicznych lmer. Pomyślałem, że wspaniale byłoby mieć wszystkie informacje w jednym miejscu. Kilka pytań na początek: Jak określić wiele poziomów, gdzie jedna grupa jest zagnieżdżony w drugiej: jest to (1|group1:group2)albo (1+group1|group2)? Jaka jest różnica między (~1 …

1
Skrzyżowane i zagnieżdżone efekty losowe: czym się różnią i jak są poprawnie określone w lme4?
Oto jak zrozumiałem zagnieżdżone vs. skrzyżowane efekty losowe: Zagnieżdżone efekty losowe występują, gdy niższy współczynnik poziomu pojawia się tylko w określonym poziomie współczynnika wyższego poziomu. Na przykład uczniowie w ramach klas w ustalonym momencie. W lme4Myślałem, że reprezentują losowe efekty dla zagnieżdżonych danych w jednym z dwóch równoważnych sposobów: (1|class/pupil) …

2
Jak bardzo powinniśmy się bać ostrzeżeń o konwergencji w lme4
Jeśli ponownie dopasowujemy się do blasku, możemy otrzymać ostrzeżenie, które mówi nam, że model ma trudności z konwergencją ... np. >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) innym sposobem sprawdzenia zbieżności omówionym w tym wątku przez …

4
Jak wybrać bibliotekę nlme lub lme4 R dla modeli efektów mieszanych?
Muszę zmieścić kilka modeli efektów mieszanych (zwłaszcza modele wzdłużny) używając lme4w Rale chciałby naprawdę opanować modeli i kod, który jedzie z nimi. Zanim jednak zanurzę się obiema stopami (i kupię książki), chcę mieć pewność, że uczę się odpowiedniej biblioteki. Przyzwyczaiłem lme4się do tej pory, ponieważ po prostu uważałem, że jest …

3
Co to jest „ograniczone maksymalne prawdopodobieństwo” i kiedy należy go stosować?
W streszczeniu tego artykułu przeczytałem, że: „Procedura maksymalnego prawdopodobieństwa (ML) Hartley aud Rao zostaje zmodyfikowana poprzez dostosowanie transformacji z Patterson i Thompson, która dzieli prawdopodobieństwo na normalność na dwie części, z których jedna jest wolna od ustalonych efektów. Maksymalizacja tej części daje tak zwane ograniczone maksymalne prawdopodobieństwo (REML) estymatory. ” …

5
Ujednolicony pogląd na kurczenie się: jaka jest relacja (jeśli występuje) między paradoksem Steina, regresją grzbietu i efektami losowymi w modelach mieszanych?
Rozważ następujące trzy zjawiska. Paradoks Steina: biorąc pod uwagę niektóre dane z wielowymiarowego rozkładu normalnego w Rn,n≥3Rn,n≥3\mathbb R^n, \: n\ge 3 , średnia próbki nie jest bardzo dobrym estymatorem prawdziwej średniej. Można uzyskać oszacowanie z niższym średnim błędem do kwadratu, jeśli zmniejsza się wszystkie współrzędne średniej próbki w kierunku zera …



5
Jak dokładnie „model efektów losowych” w ekonometrii odnosi się do modeli mieszanych poza ekonometrią?
Kiedyś myślałem, że „model efektów losowych” w ekonometrii odpowiada „modelowi mieszanemu z przypadkowym przechwytywaniem” poza ekonometrią, ale teraz nie jestem pewien. Czy to? Ekonometria używa terminów takich jak „efekty stałe” i „efekty losowe” nieco inaczej niż w literaturze na temat modeli mieszanych, co powoduje notoryczne zamieszanie. Rozważmy prostą sytuację, w …

3
Pytania dotyczące sposobu określania efektów losowych w lmer
Niedawno zmierzyłem, w jaki sposób znaczenie nowego słowa jest uzyskiwane na podstawie wielokrotnych ekspozycji (ćwiczenie: od 1 do 10 dnia) poprzez pomiar ERP (EEG), gdy słowo było oglądane w różnych kontekstach. Kontrolowałem także właściwości kontekstu, na przykład jego przydatność do odkrywania nowego znaczenia słowa (wysoki kontra niski). Szczególnie interesuje mnie …

3
Interpretacja predyktora i / lub odpowiedzi transformowanej logarytmicznie
Zastanawiam się, czy ma to znaczenie w interpretacji, czy transformowane są tylko zmienne zależne, zależne i niezależne, czy tylko zmienne niezależne. Rozważ przypadek log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Mogę interpretować IV jako wzrost procentowy, ale jak to się zmienia, kiedy mam log(DV) = Intercept + B1*log(IV) + Error …
46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

2
Wykorzystanie lmera do liniowego modelu mieszanego z powtarzanymi pomiarami
EDYCJA 2: Początkowo myślałem, że muszę uruchomić ANOVA dwuskładnikową z powtarzanymi pomiarami dla jednego czynnika, ale teraz myślę, że liniowy model mieszanego efektu będzie działał lepiej dla moich danych. Myślę, że prawie wiem, co musi się wydarzyć, ale wciąż jestem zdezorientowany kilkoma punktami. Eksperymenty, które muszę przeanalizować, wyglądają tak: Osobników …


2
Interwał prognozy dla modelu efektów mieszanych lmer () w R
Chcę uzyskać przedział przewidywania wokół prognozy z modelu lmer (). Znalazłem trochę dyskusji na ten temat: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq ale wydaje się, że nie uwzględniają niepewności losowych efektów. Oto konkretny przykład. Ścigam się złotą rybką. Mam dane dotyczące ostatnich 100 wyścigów. Chcę przewidzieć 101., biorąc pod uwagę niepewność moich oszacowań RE …


2
Jak wiarygodne są przedziały ufności dla mniejszych obiektów dzięki pakietowi efektów?
EffectsPakiet zapewnia bardzo szybki i wygodny sposób kreślenia wyników liniowego modelu efektu mieszanego uzyskanego przez lme4pakiet . Te effectprzedziały ufności oblicza funkcyjne (CIS) bardzo szybko, ale jak wiarygodne są te przedziały ufności? Na przykład: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) effs <- …

8
W jakich warunkach należy stosować analizę wielopoziomową / hierarchiczną?
W jakich warunkach należy rozważyć zastosowanie analizy wielopoziomowej / hierarchicznej zamiast analiz bardziej podstawowych / tradycyjnych (np. ANOVA, regresja OLS itp.)? Czy istnieją sytuacje, w których można to uznać za obowiązkowe? Czy istnieją sytuacje, w których stosowanie analizy wielopoziomowej / hierarchicznej jest nieodpowiednie? Wreszcie, jakie są dobre zasoby dla początkujących …

2
Co to jest symetria złożona w języku angielskim?
I ostatnio sobie sprawę , że model mieszany tylko z przedmiotu jako przypadkowy czynnik i inne czynniki, jak czynniki stałe po ustawieniu korelacyjnej struktury mieszanego modelu do związku symetrii równoważna ANOVA. Dlatego chciałbym wiedzieć, co oznacza symetria złożona w kontekście mieszanej (tj. Podzielonej fabuły) analizy wariancji, najlepiej wyjaśnionej prostym językiem …

2
Model efektów mieszanych z zagnieżdżaniem
Mam dane zebrane z eksperymentu zorganizowane w następujący sposób: Dwa miejsca, każde z 30 drzewami. 15 jest leczonych, 15 kontroluje w każdym miejscu. Z każdego drzewa pobieramy próbki trzech kawałków łodygi i trzech kawałków korzeni, a więc 6 poziomów 1 próbki na drzewo, które jest reprezentowane przez jeden z dwóch …


3
Różnica między uogólnionymi modelami liniowymi a uogólnionymi liniowymi modelami mieszanymi
Zastanawiam się, jakie są różnice między mieszanymi i niezmieszanymi GLM. Na przykład w SPSS menu rozwijane umożliwia użytkownikom dopasowanie: analyze-> generalized linear models-> generalized linear models I analyze-> mixed models-> generalized linear Czy inaczej radzą sobie z brakującymi wartościami? Moja zmienna zależna jest binarna i mam kilka kategorycznych i ciągłych …

3
Dlaczego istnieje różnica pomiędzy ręcznym obliczeniem regresji logistycznej 95% przedziału ufności a użyciem funkcji confint () w R?
Drodzy wszyscy - zauważyłem coś dziwnego, czego nie potrafię wyjaśnić, prawda? Podsumowując: ręczne podejście do obliczania przedziału ufności w modelu regresji logistycznej oraz funkcja R confint()dają różne wyniki. Przechodziłem przez regresję logistyczną stosowaną przez Hosmer & Lemeshow (2. edycja). W trzecim rozdziale znajduje się przykład obliczenia ilorazu szans i 95% …
34 r  regression  logistic  confidence-interval  profile-likelihood  correlation  mcmc  error  mixture  measurement  data-augmentation  r  logistic  goodness-of-fit  r  time-series  exponential  descriptive-statistics  average  expected-value  data-visualization  anova  teaching  hypothesis-testing  multivariate-analysis  r  r  mixed-model  clustering  categorical-data  unsupervised-learning  r  logistic  anova  binomial  estimation  variance  expected-value  r  r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures  project-management  r  poisson-distribution  control-chart  project-management  regression  residuals  r  distributions  data-visualization  r  unbiased-estimator  kurtosis  expected-value  regression  spss  meta-analysis  r  censoring  regression  classification  data-mining  mixture 

1
Odchylenie od sumy przewidywanych wartości z modelu efektu mieszanego na szeregu czasowym
Mam model mieszanego efektu (w rzeczywistości uogólniony model mieszany dodatku), który daje mi prognozy dla szeregów czasowych. Aby przeciwdziałać autokorelacji, używam modelu corCAR1, biorąc pod uwagę fakt, że brakuje mi danych. Dane powinny dać mi całkowite obciążenie, więc muszę sumować przez cały przedział prognozowania. Ale powinienem również uzyskać oszacowanie błędu …

4
Jak dopasować model wielopoziomowy do nadmiernie rozproszonych efektów Poissona?
Chcę dopasować wielopoziomowy GLMM z rozkładem Poissona (z nadmierną dyspersją) za pomocą R. W tej chwili używam lme4, ale zauważyłem, że ostatnio quasipoissonrodzina została usunięta. Widziałem gdzie indziej, że można modelować nadmierną dyspersję addytywną dla rozkładów dwumianowych, dodając losowy punkt przecięcia z jednym poziomem na obserwację. Czy dotyczy to również …

1
Wiele porównań w modelu efektów mieszanych
Próbuję analizować niektóre dane przy użyciu modelu efektu mieszanego. Zebrane przeze mnie dane przedstawiają masę niektórych młodych zwierząt o różnym genotypie w czasie. Korzystam z zaproponowanego tutaj podejścia: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ W szczególności używam rozwiązania nr 2 Więc mam coś takiego require(nlme) model <- lme(weight ~ time * Genotype, random = ~1|Animal/time, …

1
Co robi komenda anova () z obiektem modelu Lmer?
Mam nadzieję, że jest to pytanie, na które ktoś tutaj może mi odpowiedzieć na temat natury rozkładania sum kwadratów z dopasowanego modelu mieszanego lmer(z pakietu lme4 R). Po pierwsze powinienem powiedzieć, że jestem świadomy kontrowersji związanych z zastosowaniem tego podejścia, aw praktyce bardziej prawdopodobne byłoby użycie LRT z bootstrapem do …

2
Porównanie lmer i lmer
Zastanawiałem się, czy ktokolwiek mógłby mnie oświecić na temat obecnych różnic między tymi dwiema funkcjami. Znalazłem następujące pytanie: Jak wybrać bibliotekę nlme lub lme4 R dla modeli efektów mieszanych? , ale pochodzi to sprzed kilku lat. To całe życie w kręgach oprogramowania. Moje konkretne pytania to: Czy są (nadal) jakieś …


1
Jak interpretować wariancję i korelację efektów losowych w modelu efektów mieszanych?
Mam nadzieję, że wszystkim wam to nie przeszkadza, ale potrzebuję pomocy w interpretacji wyników dla liniowego modelu efektów mieszanych, o których starałem się nauczyć w R. Jestem nowy w analizie danych podłużnych i regresji liniowych efektów mieszanych. Mam model, który dopasowałem do tygodni jako predyktor czasu, a moim wynikiem jest …

Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.