Pytania otagowane jako lme4-nlme

lme4 i nlme są pakietami R stosowanymi do dopasowania liniowych, uogólnionych liniowych i nieliniowych modeli efektów mieszanych. W przypadku ogólnych pytań dotyczących modeli mieszanych użyj znacznika [mieszany model].

4
Interpretowanie wariancji efektu losowego w blasku
Przeglądam artykuł na temat zapylania, w którym dane są dystrybuowane dwumianowo (owoce dojrzewają lub nie). Użyłem więc glmerz jednym losowym efektem (pojedyncza roślina) i jednym stałym efektem (leczenie). Recenzent chce wiedzieć, czy roślina miała wpływ na zbiór owoców - ale mam problem z interpretacją glmerwyników. Czytałem w Internecie i wydaje …
2
Obliczanie w modelach mieszanych przy użyciu metody R2glmm Nakagawy i Schielzetha (2013)
Czytałem o obliczaniu wartości w modelach mieszanych i po przeczytaniu FAQ R-sig, innych postów na tym forum (zamieściłem kilka, ale nie mam wystarczającej reputacji) i kilku innych odniesień, rozumiem, że używając Wartości w kontekście modeli mieszanych są skomplikowane.R 2R2R2R^2R2R2R^2 Ostatnio jednak natknąłem się na te dwa artykuły poniżej. Chociaż te …
1
Przedziały ufności dotyczące prognoz dla nieliniowego modelu mieszanego (NLM)
Chciałbym uzyskać 95% przedziały ufności dla prognoz nieliniowego nlmemodelu mieszanego . Ponieważ nie ma w tym celu standardu nlme, zastanawiałem się, czy słuszne jest zastosowanie metody „przedziałów prognozowania populacji”, jak opisano w rozdziale książki Bena Bolkera w kontekście modeli pasujących z najwyższym prawdopodobieństwem , w oparciu o ideę ponownie próbkować …
1
Domyślny optymalizator Lme4 wymaga dużej liczby iteracji dla danych wielowymiarowych
TL; DR: lme4optymalizacja wydaje się domyślnie liniowa pod względem liczby parametrów modelu i jest znacznie wolniejsza niż równoważny glmmodel ze zmiennymi fikcyjnymi dla grup. Czy mogę coś przyspieszyć? Próbuję dopasować dość duży hierarchiczny model logit (~ 50 000 wierszy, 100 kolumn, 50 grup). Dopasowywanie normalnego modelu logu do danych (ze …
2
Dlaczego SAS PROC GLIMMIX daje mi BARDZO różne losowe nachylenia niż glmer (lme4) dla dwumianowego glmm
Jestem użytkownikiem bardziej zaznajomionym z R. Próbowałem oszacować losowe zbocza (współczynniki selekcji) dla około 35 osobników w ciągu 5 lat dla czterech zmiennych siedlisk. Zmienna odpowiedzi określa, czy lokalizacja była siedliskiem „używanym” (1), czy „dostępnym” (0) („używaj” poniżej). Korzystam z 64-bitowego komputera z systemem Windows. W wersji R 3.1.0 używam …
1
Model Lmer nie jest zbieżny
Moje dane są opisane tutaj Co może powodować, że „Model błędu () jest pojedynczym błędem” w aov przy dopasowywaniu ANOVA z powtarzanymi pomiarami? Próbuję zobaczyć efekt interakcji przy użyciu, lmerwięc mój podstawowy przypadek to: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), data = my, REML=FALSE) my.model <- lmer(value ~ Condition*Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), …
12 r  lme4-nlme 
1
Trudności ze znalezieniem odpowiedniego modelu dopasowanego do danych zliczających z mieszanymi efektami - ZINB czy coś innego?
Mam bardzo mały zestaw danych na temat liczebności pojedynczych pszczół, które mam problemy z analizą. Są to dane zliczania i prawie wszystkie zliczenia są w jednym traktowaniu, a większość zer w drugim traktowaniu. Istnieje również kilka bardzo wysokich wartości (po jednej w dwóch z sześciu miejsc), więc rozkład zliczeń ma …
1
Zamieszanie z wartościami lmer i p: jak wartości p z pakietu memisc różnią się od wartości MCMC?
Miałem wrażenie, że funkcja lmer()w lme4pakiecie nie generowała wartości p (patrz lmerwartości p i tak dalej ). Używam MCMC wygenerowane wartości p zamiast, jak na to pytanie: znaczący wpływ w lme4modelu mieszanym i to pytanie: nie można odnaleźć wartości p w wyjściu ze lmer()w lm4opakowaniu wR . Ostatnio wypróbowałem pakiet …
2
Model mieszany z 1 obserwacją na poziom
Dopasowuję model efektów losowych glmerdo niektórych danych biznesowych. Celem jest analiza wyników sprzedaży przez dystrybutora, z uwzględnieniem różnic regionalnych. Mam następujące zmienne: distcode: identyfikator dystrybutora z około 800 poziomami region: identyfikator geograficzny najwyższego poziomu (północ, południe, wschód, zachód) zone: zagnieżdżona geografia średniego poziomu region, w sumie około 30 poziomów territory: …
1
Kryteria wyboru „najlepszego” modelu w ukrytym modelu Markowa
Mam zestaw danych szeregów czasowych, do którego próbuję dopasować ukryty model Markowa (HMM) w celu oszacowania liczby stanów ukrytych w danych. Mój pseudo-kod do tego jest następujący: for( i in 2 : max_number_of_states ){ ... calculate HMM with i states ... optimal_number_of_states = "model with smallest BIC" ... } Teraz, …
2
Jak przetestować nadmierną dyspersję w Poisson GLMM z lmer () w R?
Mam następujący model: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... a to jest podsumowanie. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare + season + crop + (1 | landscape) AIC BIC logLik deviance 4057 4088 -2019 4039 Random effects: …
1
Jak dopasować nieliniowy model efektów mieszanych dla danych z powtarzanymi pomiarami za pomocą nlmer ()?
Próbuję analizować dane z powtarzanych pomiarów i staram się, aby to zadziałało R. Moje dane są zasadniczo następujące, mam dwie grupy leczenia. Każdy przedmiot w każdej grupie jest codziennie testowany i otrzymuje wynik (procent poprawny na teście). Dane są w długim formacie: Time Percent Subject Group 1 0 GK11 Ethanol …
1
Testowanie efektów jednoczesnych i opóźnionych w podłużnych mieszanych modelach ze zmiennymi towarzyszącymi w czasie
Niedawno powiedziano mi, że nie jest możliwe włączenie zmiennych towarzyszących w czasie do zmiennych mieszanych wzdłużnych bez wprowadzenia opóźnienia czasowego dla tych zmiennych towarzyszących. Czy możesz to potwierdzić / zaprzeczyć? Czy masz jakieś odniesienia do tej sytuacji? Proponuję wyjaśnić prostą sytuację. Załóżmy, że powtórzyłem pomiary (powiedzmy ponad 30 razy) zmiennych …
2
uzyskiwanie stopni swobody od lmer
Dopasowałem lmer model z następującymi (aczkolwiek wymyślonymi danymi wyjściowymi): Random effects: Groups Name Std.Dev. day:sample (Intercept) 0.09 sample (Intercept) 0.42 Residual 0.023 Naprawdę chciałbym zbudować przedział ufności dla każdego efektu, używając następującej formuły: ( n - 1 ) s2)χ2)α / 2 , n - 1, ( n - 1 ) …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.