Computational Science petsc

17

Czy istnieje wysokiej jakości nieliniowy solver programowania dla Pythona?

Mam kilka trudnych, niewypukłych problemów globalnej optymalizacji do rozwiązania. Obecnie używam MATLAB's Optimization Toolbox (konkretnie fmincon()z algorytmem = 'sqp'), co jest dość skuteczne . Jednak większość mojego kodu znajduje się w języku Python i chciałbym również przeprowadzić optymalizację w języku Python. Czy istnieje solver NLP z powiązaniami Pythona, z którym …

77 python optimization nonlinear-programming linear-algebra linear-solver sparse-matrix ode automatic-differentiation efficiency matrix symbolic-computation pde multiphysics operator-splitting fluid-dynamics pde multigrid pde hyperbolic-pde quadrature precision numerical-analysis fluid-dynamics interpolation c ode testing data-sets pde fluid-dynamics hyperbolic-pde pde finite-element fluid-dynamics stability incompressible pde hyperbolic-pde fluid-dynamics pde precision floating-point convex-optimization conditioning pde hyperbolic-pde stability implicit-methods explicit-methods fluid-dynamics accuracy pde hyperbolic-pde petsc linear-algebra

2

Dlaczego mój iteracyjny liniowy solver nie jest zbieżny?

Co może pójść nie tak, gdy zastosuje się wstępne metody Kryłowa z KSP ( pakiet solvera liniowego PETSc ) do rozwiązania rzadkiego układu liniowego, takiego jak te uzyskane przez dyskretyzację i linearyzację równań różniczkowych cząstkowych? Jakie kroki mogę podjąć, aby ustalić, co jest nie tak z moim problemem? Jakie zmiany …

26 linear-algebra petsc preconditioning krylov-method iterative-method

5

Jakie są główne różnice między PETSc a Trilinos?

O ile mogę stwierdzić, dwie duże ogólne ramy oprogramowania do obliczeń informatycznych Departamentu Energii w USA to PETSc i Trilinos . Na pierwszy rzut oka wydają się podobne, poza różnicami językowymi (C kontra C ++). Jakie są główne różnice między tymi dwoma ramami i jakie czynniki powinny wpłynąć na wybór …

24 petsc software trilinos

1

Dlaczego metoda Newtona nie jest zbieżna?

Używam nieliniowego pakietu solvera PETSc SNES do rozwiązania układu równań nieliniowych uzyskanych przez dyskretyzację równania różniczkowego cząstkowego. Jak mogę ustalić, dlaczego solver nie jest zbieżny i co mogę zrobić, aby pomyślnie rozwiązać moje równania?

22 petsc pde implicit-methods

3

Odległość euklidesowa w oktawie

Chciałbym wiedzieć, czy istnieje szybki sposób na obliczenie odległości euklidesowej dwóch wektorów w oktawie. Wydaje się, że nie ma do tego żadnej specjalnej funkcji, więc czy powinienem po prostu użyć formuły z sqrt?

18 octave discretization nonlinear-equations newton-method visualization fluid-dynamics mesh-generation finite-element finite-volume optimization algorithms approximation fluid-dynamics navier-stokes comsol modeling optimization sparse-matrix matrix condition-number visualization matlab quadrature blas intel-mkl finite-element gpu discontinuous-galerkin mathematica optimization convex-optimization algorithms reference-request matlab statistics finite-element numerical-analysis petsc molecular-dynamics machine-learning statistics visualization open-source statistics image-processing visualization python petsc finite-element fluid-dynamics stability navier-stokes incompressible

2

Które biblioteki mają dobrą obsługę wysokiego poziomu dla wielu sieci?

Planuję użyć multigrid do obliczenia wartości własnych i wektorów, i zauważyłem, że PETSc ma wsparcie wysokiego poziomu dla multigrid. Dokumentacja PETSc mówi, że ta część PETSc nie powinna być używana, ponieważ wkrótce zostanie wymieniona. Które inne biblioteki mają obsługę wysokiego poziomu dla wielosiatek i z grubsza, kiedy PETSc wyda nową …

17 petsc libraries multigrid

1

Jak oszacować numer stanu dużej rzadkiej macierzy za pomocą PETSc?

Mam PETSc Mati chciałbym oszacować jego numer stanu.

15 petsc linear-algebra

2

Jak przydatny jest PETSc do gęstych matryc?

Gdziekolwiek widziałem, tutorial / dokumenty PETSc itp. Mówią, że jest to przydatne w algebrze liniowej i zwykle określa, że korzyści będą miały systemy rzadkie. Co z gęstymi matrycami? Jestem zaniepokojony rozwiązywania dla gęstej A .A x = bAx=bAx=bZAZAA W Fortranie napisałem własny kod dla CG i QMR. Podstawowa konstrukcja jest …

14 linear-algebra petsc blas

3

Dlaczego mój solver równoległy jest wolniejszy niż solver sekwencyjny?

Bawiłem się PETSc i zauważyłem, że kiedy uruchamiam mój program z więcej niż jednym procesem przez MPI , wydaje się, że działa jeszcze wolniej ! Jak mogę sprawdzić, co się dzieje?

14 linear-algebra petsc

4

Jakieś zalecenia dla platform testowania jednostek zgodnych z kodem / bibliotekami używającymi MPI?

Zwykle piszę kod seryjny, a kiedy to robię, piszę testy jednostkowe za pomocą szkieletu testowego w stylu xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose lub szkielet testowy Google C ++). Na podstawie pobieżnej wyszukiwarki Google nie widziałem wiele na temat tego, jak praktykujący testują kod jednostkowy, który używa MPI. Czy są …

13 parallel-computing petsc mpi testing reproducibility

5

Obliczanie struktury rzadkości dla macierzy elementów skończonych

Pytanie: Jakie metody są dostępne w celu dokładnego i wydajnego obliczenia struktury rzadkości matrycy elementów skończonych? Informacje: Pracuję nad solwerem Poissona Równania Ciśnienia, stosując metodę Galerkina z kwadratową podstawą Lagrange'a, napisaną w C, i używam PETSc do rzadkiego przechowywania macierzy i procedur KSP. Aby efektywnie korzystać z PETSc, muszę wstępnie …

13 matrix finite-element petsc performance

2

Których warunków wstępnych (i solvera) w PETSc dla nieokreślonych systemów symetrycznych należy użyć?

Mój system to symetryczny problem FE z mnożnikami lagrange (np. Nieściśliwy przepływ Stokesa): (ABBTC)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} gdzie jest typowym przypadkiem (upewniłem się nawet, że równania są ponumerowane, aby mnożniki Lagrange'a pojawiały się na końcu). System jest dość duży (+ 100 tys. Linii).C=0C=0C = 0 Po przeczytaniu …

12 finite-element petsc krylov-method preconditioning

3

Rzadki liniowy solver dla wielu prawych stron

Muszę rozwiązać ten sam rzadki układ liniowy (300 x 300 do 1000 x 1000) z wieloma prawymi bokami (300 do 1000). Oprócz tego pierwszego problemu chciałbym również rozwiązać różne systemy, ale z tymi samymi niezerowymi elementami (tylko różne wartości), to znaczy wiele rzadkich systemów o stałym wzorcu rzadkości. Moje macierze …

12 linear-algebra petsc linear-solver sparse-matrix

2

Skuteczność używania Petsc4py vs. C / C ++ / Fortran

O ile wolniej jest Petsc4py vs C / C ++ / Fortran? Zdaję sobie sprawę, że będzie to w znacznym stopniu zależeć od wykonywanego kodu, ale co z czymś prostym, takim jak produkt macierz-wektor?

11 petsc python

2

Jak pracować ze wskaźnikami funkcji w Fortranie w programach naukowych

Oto typowe użycie wskaźników funkcji w C. Chciałbym zrobić coś podobnego w Fortranie. Mam kilka pomysłów, ale chciałbym wiedzieć, czy istnieje jakiś kanoniczny sposób. Wskaźniki funkcji i konteksty przekazane przez użytkownika są przechowywane, a następnie wywoływane później. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec res,TSIFunction f,void *ctx); Funkcja użytkownika jest wywoływana …

11 petsc fortran

Pytania otagowane jako petsc