Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

6
Jakie narzędzia open source są dostępne do wizualizacji drgań molekularnych?
Chciałbym wizualizować wibrację molekularną, która nie jest normalnym trybem. Chciałbym przedstawić statyczną, wektorową reprezentację ruchu i chciałbym mieć pewną elastyczność w stylu wektorowym (rozmiar, kolor itp.). Interesuje mnie również nagrywanie wibracji. Jakie są dobre zasoby do wyświetlania drgań molekularnych? Preferuję narzędzia typu open source, ale chętnie korzystam z komercyjnego oprogramowania, …
2
Jak pracować ze wskaźnikami funkcji w Fortranie w programach naukowych
Oto typowe użycie wskaźników funkcji w C. Chciałbym zrobić coś podobnego w Fortranie. Mam kilka pomysłów, ale chciałbym wiedzieć, czy istnieje jakiś kanoniczny sposób. Wskaźniki funkcji i konteksty przekazane przez użytkownika są przechowywane, a następnie wywoływane później. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec res,TSIFunction f,void *ctx); Funkcja użytkownika jest wywoływana …
11 petsc  fortran 
6
Skończone różnice w domenach o nieregularnych granicach
Czy ktoś może mi pomóc znaleźć książki na temat rozwiązań numerycznych (różnic skończonych i metod Cranka – Nicolsona) równań Poissona i dyfuzji, w tym przykładów na nieregularnej geometrii, takich jak dziedzina składająca się z obszaru między prostokątem a okręgiem (zwłaszcza książek lub linków na przykładach kodu MATLAB w tym przypadku)?
1
Jak sformułować macierz bryły skupionej w MES
Przy rozwiązywaniu PDE zależnych od czasu za pomocą metody elementów skończonych, na przykład powiedzmy równanie cieplne, jeśli zastosujemy wyraźne stopniowanie czasu, wówczas musimy rozwiązać układ liniowy z powodu macierzy masy. Na przykład jeśli trzymamy się przykładu równania cieplnego, ∂u∂t= c ∇2)u∂u∂t=do∇2)u\frac{\partial{u}}{\partial{t}} = c\nabla{}^{2}u następnie za pomocą forward Euler otrzymujemy M.( …
2
Ograniczenia pand i ich alternatywy w Pythonie
Czytałem gdzieś, że Pandy po raz pierwszy opracowano dla świata finansów, a przynajmniej nie dla nauk przyrodniczych (fizyki, biologii itd.), Więc czy jest jakiś podobny pakiet do analizy danych Pythona bardziej „zorientowany na nauki przyrodnicze”? Właśnie zacząłem używać Pand i napotkałem już dwa problemy, których nie mogłem rozwiązać bez użycia …
3
Objętość 3D wypukłego kadłuba małych zestawów punktów na kadłubie
Mam pytanie podobne do tego zadanego wcześniej, z wyjątkiem 3D, i potrzebuję tylko objętości, a nie faktycznego kształtu kadłuba. Mówiąc dokładniej, otrzymałem mały zestaw punktów (powiedzmy 10-15) w 3D, z których wszystkie leżą na wypukłym kadłubie zestawu punktów (więc wszystkie one „mają znaczenie” i definiują kadłub). Chcę tylko obliczyć objętość …
2
Zejście gradientowe i zejście gradientowe sprzężone
W przypadku projektu muszę zaimplementować te dwie metody i porównać ich działanie na różnych funkcjach. Wygląda na to, że metoda gradientu sprzężonego służy do rozwiązywania układów równań liniowych for Ax=bAx=b A\mathbf{x} = \mathbf{b} Gdzie jest macierzą n-na-n, która jest symetryczna, dodatnia i rzeczywista.AAA Z drugiej strony, kiedy czytam o spadku …
1
Optymalne wdrożenie wypaczania transportu w Matlab
Wdrażam artykuł „ Optymalny transport masowy do rejestracji i wypaczania ”, moim celem jest umieszczenie go w Internecie, ponieważ po prostu nie mogę znaleźć żadnego kodu eulerowskiego transportu masowego w Internecie, co byłoby interesujące, przynajmniej dla społeczności naukowej zajmującej się przetwarzaniem obrazu. Artykuł można podsumować w następujący sposób: - znajdź …
1
Czy istnieją skróty do aproksymacji numerycznej układów równań różniczkowych zwyczajnych, gdy są autonomiczne?
Istniejące algorytmy rozwiązywania ODE obsługują funkcje , gdziey∈Rn. Ale w wielu układach fizycznych równanie różniczkowe jest autonomiczne, więcdyreyret= f( y, t )dydt=f(y,t)\frac{dy}{dt} = f(y, t)y∈Rny∈Rny \in \mathbb R^n,y∈Rn, zpominięciem t. Przy takim uproszczeniu, jakie ulepszenia można zaobserwować w istniejących metodach numerycznych? Na przykład, jeślin=1, problem zmienia się wt=∫dydydt=f(y)dydt=f(y)\frac{dy}{dt} = f(y)y∈Rny∈Rny …
10 ode  numerics 
1
Czy istnieją ramy testowe do tworzenia oprogramowania numerycznego?
Przekonałem się, że wiele moich programów do nauki obliczeniowej ma wymagania testowe, które nie są objęte standardowymi ramami testowymi: Testowanie czasu obliczeń Aby upewnić się, że algorytmy nie działają wolniej. Mógłbym zrobić coś takiego, assureSmallerEqual(RuntimeWrapper(algorithm),53)ale chciałbym, aby próg 53 sekund był stale redukowany podczas pracy nad algorytmem, tj. Coś w …
10 testing 
1
Pierwsze pojawienie się frazy „zbrodnia odwrotna”
W badaniach problemów odwrotnych często konstruuje się syntetyczny zestaw danych na podstawie znanego zestawu parametrów, a następnie sprawdza, czy technika inwersji może odtworzyć te parametry. W tym celu ważne jest dodanie odpowiednich poziomów losowego szumu do danych syntetycznych. Ponadto, jeśli metoda zastosowana do obliczenia danych syntetycznych opiera się na skończonej …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.