Pytania otagowane jako computational-chemistry

Dział chemii zajmujący się wykorzystaniem modeli matematycznych do rozwiązywania problemów chemicznych.

16
Dobre przykłady „dwa są łatwe, trzy są trudne” w naukach obliczeniowych
Ostatnio spotkałem się z sformułowaniem meta-zjawiska : „ dwa są łatwe, trzy są trudne ” (sformułowane w ten sposób przez Federico Poloni), które można opisać następująco: Kiedy sformułowany jest pewien problem dla dwóch podmiotów, jest on stosunkowo łatwy do rozwiązania; jednak algorytm formułowania trzech podmiotów ogromnie zwiększa trudność, być może …
6
Jak określa się grupę punktową cząsteczki?
W końcu udało ci się dowiedzieć, w jaki sposób atomy są rozmieszczone przestrzennie na nowo odkrytej istocie molekularnej. Za pomocą, powiedzmy, metod spektroskopowych, jesteś teraz w posiadaniu szeregu współrzędnych atomu, typów atomów, długości wiązań, typów wiązań i innych elementów cząsteczki. Jesteś teraz zainteresowany określeniem grupy punktów (grupy symetrii) swojej cząsteczki. …
7
Czy nauka obliczeniowa obejmuje programowanie?
Czytałem o naukach obliczeniowych na Wikipedii, ale moje rozumienie nie jest zbyt jasne. Czy nauka obliczeniowa wymaga programowania? Czym różni się nauka obliczeniowa od obliczeniowej _ ____ , gdzie ślepą próbą może być dowolna dyscyplina (materiałoznawstwo, inżynieria, chemia, biologia itd.)? (Będę zajmował się materiałoznawstwem).
3
W jaki sposób B3LYP jest implementowany w Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro,… itd.?
W szczególności chcę przedłużyć pracę z B3LYP rozpoczętą od Gaussian 03, ale kontynuowałem w GAMESS-US. Energie dostarczane przez domyślne metody B3LYP nie są takie same. Dyskusja na ten temat znajduje się w podręczniku GAMESS-US (sekcja Dalsze informacje): Należy zauważyć, że B3LYP w GAMESS jest częściowo oparty na funkcjonowaniu korelacji gazu …
4
Tworzenie edytora / wizualizatora molekularnego: programowanie obiektowe, struktury danych i cząsteczki
Jestem nowy w programowaniu i próbuję rozwiązać swój pierwszy duży problem i napisać swój pierwszy duży program. Szukałem przykładów kodu open source do nauki, ale jak dotąd znalazłem tylko kod w językach, których nie do końca rozumiem lub które zawierają pokrewne, ale wciąż zbyt odległe rzeczy, aby naprawdę się uczyć. …
1
Wyliczenie wykresów pochodzących z teselacji Delaunaya w 3D
Czy istnieje algorytm, który wylicza wykresy odpowiadające pewnej teselacji punktów Delaunaya w 3D? Jeśli tak, to czy istnieje wydajna parametryzacja geometrii, która odpowiada dowolnemu „grafowi Delaunaya”? Staram się wyliczyć systematycznie wszystkie stabilne geometrie cząsteczek o określonym składzie bez żadnej wiedzy z zakresu wiązania itp. EDYCJA: Niech będzie zbiorem wykresów z …
6
Jakie narzędzia open source są dostępne do wizualizacji drgań molekularnych?
Chciałbym wizualizować wibrację molekularną, która nie jest normalnym trybem. Chciałbym przedstawić statyczną, wektorową reprezentację ruchu i chciałbym mieć pewną elastyczność w stylu wektorowym (rozmiar, kolor itp.). Interesuje mnie również nagrywanie wibracji. Jakie są dobre zasoby do wyświetlania drgań molekularnych? Preferuję narzędzia typu open source, ale chętnie korzystam z komercyjnego oprogramowania, …
3
Dlaczego iteracyjne rozwiązywanie równań Hartree-Focka prowadzi do zbieżności?
W metodzie samodzielnego pola Hartree-Focka rozwiązywania niezależnego od czasu elektronicznego równania Schroedingera dążymy do zminimalizowania energii stanu podstawowego, , układu elektronów w polu zewnętrznym w odniesieniu do wyboru orbitali spinowych, { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Czynimy to poprzez iteracyjne rozwiązywanie 1 elektronów Hartree-Focka gdzie x i jest wirowanie / przestrzenne …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.