Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

2
Czy istnieje skuteczny algorytm dla ciągłych ułamków wycenianych w macierzy?
Załóżmy, że mam równanie macierzowe rekurencyjnie zdefiniowane jako A[n] = inverse([1 - b[n]A[n+1]]) * a[n] Następnie równanie dla A [1] wygląda podobnie do ułamka ciągłego, dla którego istnieje kilka wysoce wydajnych metod, które pozwalają uniknąć żmudnego ponownego obliczania (patrz „Przepisy numeryczne” dla niektórych przykładów). Zastanawiam się jednak, czy istnieją analogiczne …
18 algorithms 
4
Dla jakich metod statystycznych procesory graficzne są szybsze niż procesory?
Właśnie zainstalowałem kartę graficzną Nvidia GT660 na pulpicie i po pewnym czasie udaje mi się połączyć ją z R. Grałem z kilkoma pakietami R korzystającymi z GPU, szczególnie z gputools, i porównywałem czas, jaki mój procesor graficzny i procesor wykonywały podstawowe operacje: odwracanie macierzy (szybszy procesor) rozkład qr (szybszy procesor) …
18 r  gpu 
6
Jak określa się grupę punktową cząsteczki?
W końcu udało ci się dowiedzieć, w jaki sposób atomy są rozmieszczone przestrzennie na nowo odkrytej istocie molekularnej. Za pomocą, powiedzmy, metod spektroskopowych, jesteś teraz w posiadaniu szeregu współrzędnych atomu, typów atomów, długości wiązań, typów wiązań i innych elementów cząsteczki. Jesteś teraz zainteresowany określeniem grupy punktów (grupy symetrii) swojej cząsteczki. …
3
Odległość euklidesowa w oktawie
Chciałbym wiedzieć, czy istnieje szybki sposób na obliczenie odległości euklidesowej dwóch wektorów w oktawie. Wydaje się, że nie ma do tego żadnej specjalnej funkcji, więc czy powinienem po prostu użyć formuły z sqrt?
3
C ++ Najlepsze praktyki postępowania z wieloma stałymi, zmiennymi w kodach naukowych
Opracowuję kod do symulacji przepływu płynu z obecnymi w nim substancjami biologicznymi. Dotyczy to standardowych równań Naviera-Stokesa połączonych z niektórymi dodatkowymi modelami biologicznymi. Istnieje wiele parametrów / stałych. Napisałem funkcje do obsługi głównych obliczeń, ale mam problem z dużą liczbą stałych / parametrów, od których zależą te obliczenia. Przekazanie funkcji …
17 c++ 
3
Czy wdrożenia BLAS gwarantują dokładnie ten sam wynik?
Biorąc pod uwagę dwie różne implementacje BLAS, czy możemy oczekiwać, że wykonają dokładnie takie same obliczenia zmiennoprzecinkowe i zwrócą te same wyniki? Lub może się zdarzyć, na przykład, że oblicza się produkt skalarny jako i jeden jako co może dać inny wynik w zmiennoprzecinkowym IEEE arytmetyka?( ( x1y1+ x2)y2)) + …
2
Jakiej wersji Fortran powinienem się nauczyć?
Jestem studentem inżynierii mechanicznej zainteresowanym inżynierią lotniczą, gdzie, jak mi powiedziano, Fortran jest nadal powszechnie używany. Którą wersję Fortran powinienem poświęcić na naukę?
17 fortran 
5
20% spadek wydajności za ładny projekt oprogramowania
Piszę małą bibliotekę do rzadkich obliczeń macierzowych, aby nauczyć się jak najlepiej korzystać z programowania obiektowego. Bardzo ciężko pracowałem nad stworzeniem ładnego modelu obiektowego, w którym części (rzadkie macierze i wykresy opisujące ich strukturę połączeń) są bardzo luźno połączone. Moim zdaniem kod jest znacznie bardziej rozszerzalny i łatwiejszy w utrzymaniu. …
2
Nieciągły Galerkin: Nodal vs Modal zalety i wady
Istnieją dwa ogólne podejścia do reprezentowania rozwiązań w nieciągłej metodzie Galerkina: węzłowy i modalny. Modalne : Rozwiązania są reprezentowane przez sumę współczynników modalnych pomnożonych przez zbiór wielomianów, np. gdzie to zwykle wielomiany ortogonalne, np. Legendre . Jedną z zalet tego jest to, że wielomiany ortogonalne generują diagonalną macierz masy.u ( …
6
Python vs FORTRAN
Który z nich jest lepszy: FORTRAN lub Python? I chyba w obu przypadkach potrzebujesz Gnuplot, mam rację? Obecnie pracuję na komputerze z systemem Windows. Chciałbym go użyć do uzyskania numerycznych rozwiązań problemów fizyki, w tym symulacji Monte-Carlo, integracji i różnicowania numerycznego, dynamiki molekularnej itp. Widziałem kurs fizyki obliczeniowej, który wprowadza …
17 python  fortran 
4
Czy obecnie dostępne układy GPU obsługują arytmetykę zmiennoprzecinkową podwójnej precyzji?
Uruchomiłem kod dynamiki molekularnej (MD) GROMACS w klastrze Ubuntu Linux składającym się z węzłów zawierających 24 procesory Intel Xeon. Moje szczególne zainteresowanie okazuje się nieco wrażliwe na zmiennoprzecinkową precyzję arytmetyczną, więc musiałem uruchomić GROMACS z podwójną precyzją, a nie z pojedynczą precyzją - pomimo wyższych kosztów obliczeniowych podwójnej precyzji. Tak …
7
Oprogramowanie do generowania skryptów
Szukam oprogramowania do generowania siatki jest darmowy i open source, zapewnia rozsądny interfejs skryptowy do specyfikacji domeny, działa dla skomplikowanych geometrii, potrafi generować siatki 2D i 3D, Jakie mam opcje?
3
Rejestruj równoległe wykresy skalowania / wydajności
Wiele moich własnych prac dotyczy ulepszania skalowania algorytmów, a jednym z preferowanych sposobów wykazania równoległego skalowania i / lub wydajności równoległej jest wykreślenie wydajności algorytmu / kodu na podstawie liczby rdzeni, np. gdzie oś reprezentuje liczbę rdzeni, a oś pewną miarę, np. pracę wykonaną na jednostkę czasu. Różne krzywe pokazują …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.