Uruchomiłem kod dynamiki molekularnej (MD) GROMACS w klastrze Ubuntu Linux składającym się z węzłów zawierających 24 procesory Intel Xeon. Moje szczególne zainteresowanie okazuje się nieco wrażliwe na zmiennoprzecinkową precyzję arytmetyczną, więc musiałem uruchomić GROMACS z podwójną precyzją, a nie z pojedynczą precyzją - pomimo wyższych kosztów obliczeniowych podwójnej precyzji. Tak więc w klastrze skompilowałem GROMACS z podwójną precyzją.
Zastanawiam się nad zakupem niektórych układów GPU, ponieważ może istnieć przyspieszenie względne („przyspieszenie GPU”) w stosunku do procesorów. Potrzebuję jednak procesora graficznego, który pozwoli mi wykonywać arytmetykę o podwójnej precyzji. Czy wiesz, czy taki sprzęt jest dostępny na rynku? Ostatnich post na liście mailingowej GROMACS sugeruje, że podwójne precyzyjne GPU nie są dostępne na rynku:
Sprzęt jeszcze go nie obsługuje [arytmetyka podwójnej precyzji] AFAIK.
Ta strona Wikipedii wydaje się sugerować, że układy GPU o podwójnej precyzji są rzadkie, ponieważ mogą być nieefektywne:
Implementacje liczb zmiennoprzecinkowych na procesorach graficznych Nvidia są w większości zgodne z IEEE; nie dotyczy to jednak wszystkich dostawców. Ma to wpływ na poprawność, które są uważane za ważne w niektórych zastosowaniach naukowych. Podczas gdy 64-bitowe wartości zmiennoprzecinkowe (zmiennoprzecinkowe podwójnej precyzji) są powszechnie dostępne w procesorach, nie są one powszechnie obsługiwane w procesorach graficznych; niektóre architektury GPU poświęcają zgodność z normami IEEE, podczas gdy innym brakuje podwójnej precyzji. Starano się emulować wartości zmiennoprzecinkowe podwójnej precyzji na GPU; jednak kompromis prędkości neguje jakąkolwiek korzyść z odciążenia obliczeń na GPU.
Ta strona NVIDIA Tesla , odwołując się do „Szczytowej wydajności zmiennoprzecinkowej podwójnej precyzji” na wykresie, wydaje się sugerować, że obliczenia podwójnej precyzji można w rzeczywistości wykonać na ich procesorach graficznych (choć przy wyższych kosztach obliczeniowych).
Więc w co mam wierzyć? Czy masz jakieś doświadczenie z tym problemem?