Computational Science molecular-dynamics

3

Chciałbym wiedzieć, czy istnieje szybki sposób na obliczenie odległości euklidesowej dwóch wektorów w oktawie. Wydaje się, że nie ma do tego żadnej specjalnej funkcji, więc czy powinienem po prostu użyć formuły z sqrt?

18 octave discretization nonlinear-equations newton-method visualization fluid-dynamics mesh-generation finite-element finite-volume optimization algorithms approximation fluid-dynamics navier-stokes comsol modeling optimization sparse-matrix matrix condition-number visualization matlab quadrature blas intel-mkl finite-element gpu discontinuous-galerkin mathematica optimization convex-optimization algorithms reference-request matlab statistics finite-element numerical-analysis petsc molecular-dynamics machine-learning statistics visualization open-source statistics image-processing visualization python petsc finite-element fluid-dynamics stability navier-stokes incompressible

4

Czy obecnie dostępne układy GPU obsługują arytmetykę zmiennoprzecinkową podwójnej precyzji?

Uruchomiłem kod dynamiki molekularnej (MD) GROMACS w klastrze Ubuntu Linux składającym się z węzłów zawierających 24 procesory Intel Xeon. Moje szczególne zainteresowanie okazuje się nieco wrażliwe na zmiennoprzecinkową precyzję arytmetyczną, więc musiałem uruchomić GROMACS z podwójną precyzją, a nie z pojedynczą precyzją - pomimo wyższych kosztów obliczeniowych podwójnej precyzji. Tak …

17 hpc floating-point molecular-dynamics gpu

3

Jakie są zalety i wady algorytmów równoległego rozkładu cząstek i dekompozycji domen?

Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej (MD) przy użyciu kilku pakietów oprogramowania, takich jak Gromacs i DL_POLY. Gromacs obsługuje teraz zarówno algorytmy dekompozycji cząstek, jak i dekompozycji domen. Domyślnie symulacje Gromacs wykorzystują rozkład domen, chociaż przez wiele lat, do niedawna, rozkład cząstek był jedyną metodą zaimplementowaną w Gromacs. W jednym z artykułów …

15 parallel-computing efficiency molecular-dynamics simulation

1

Złożoność symulacji MD

Jestem nowy w symulacjach dynamiki molekularnej (MD). Jaka jest złożoność symulacji dynamiki molekularnej pod względem czasu symulacji? Innymi słowy, jeśli chcę wydłużyć symulowany czas z 10 nanosekund do 20 nanosekund, czego mogę się spodziewać w związku ze wzrostem czasu działania?

14 molecular-dynamics complexity

1

Dlaczego integracja leapfrog jest symplectyczna, a RK4 nie, jeśli ta ostatnia jest dokładniejsza?

W systemie, w którym teoretycznie należy oszczędzać energię, najdokładniejsza symulacja pozwoliłaby zaoszczędzić energię (a także podać dokładne pozycje, prędkości itp.). RK4 jest dokładniejszy niż skokowy żaba, ale skokowy oszczędza energię, a RK4 nie. Dlaczego to?

13 computational-physics time-integration molecular-dynamics runge-kutta

1

Sposoby rozpoczęcia ab initio MD od klasycznej MD

Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej wody do celów testowych. Pudełko jest dość małe, jeśli zapytasz faceta z klasyczną MD, i stosunkowo duże, jeśli zapytasz faceta z DFT: Mam 58 cząsteczek wody w okresowych warunkach brzegowych. Aby zaoszczędzić czas procesora, optymalizuję komórkę za pomocą klasycznego pola siłowego przed uruchomieniem ab initio MD. …

9 molecular-dynamics density-functional-theory

Pytania otagowane jako molecular-dynamics