Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

3
W jaki sposób B3LYP jest implementowany w Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro,… itd.?
W szczególności chcę przedłużyć pracę z B3LYP rozpoczętą od Gaussian 03, ale kontynuowałem w GAMESS-US. Energie dostarczane przez domyślne metody B3LYP nie są takie same. Dyskusja na ten temat znajduje się w podręczniku GAMESS-US (sekcja Dalsze informacje): Należy zauważyć, że B3LYP w GAMESS jest częściowo oparty na funkcjonowaniu korelacji gazu …
3
Czy skalowanie zmiennych jest niezbędne przy numerycznym rozwiązywaniu niektórych problemów PDE?
W symulacji półprzewodników często równania są skalowane, aby miały znormalizowane wartości. Na przykład w skrajnych przypadkach gęstość elektronów w półprzewodnikach może zmieniać się o ponad 18 rzędów wielkości, a pole elektryczne może zmieniać się kształtnie, o ponad 6 (lub więcej) rzędów wielkości. Jednak dokumenty tak naprawdę nigdy nie dają powodu, …
1
Dlaczego SciPy eigsh () wytwarza błędne wartości własne w przypadku oscylatora harmonicznego?
Rozwijam jakiś większy kod do wykonywania obliczeń wartości własnych ogromnych rzadkich macierzy w kontekście fizyki obliczeniowej. Moje procedury sprawdzam na prostym oscylatorze harmonicznym w jednym wymiarze, ponieważ wartości własne są dobrze znane analitycznie. Robiąc to i porównując własne procedury z wbudowanymi rozwiązaniami SciPy, natknąłem się na osobliwość pokazaną na poniższym …
3
Fortran: najlepszy sposób na czasowe sekcje kodu?
Czasami podczas optymalizacji kodu wymagane jest odmierzanie czasu niektórych fragmentów kodu, korzystam z poniższych od lat, ale zastanawiałem się, czy istnieje prostszy / lepszy sposób na zrobienie tego? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call system_clock(count=clock_stop) ! Stop Timer …
1
Czy przekształca
Słyszałem anegdotycznie, że gdy ktoś próbuje liczbowo wykonać całkę formy ∫∞0f( x ) J0(x)dx∫0∞f(x)J0(x)dx\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x z gładkim i dobrze się zachowującym (np. nie jest silnie oscylacyjny, niesingularny itp.), wówczas poprawność przepisania go jakofa( x )fa(x)f(x) 1π∫π0∫∞0fa( x ) cos( x grzechθ )d xd θ1π∫0π∫0∞fa(x)sałata⁡(xgrzech⁡θ)rexreθ\frac{1}{\pi}\int_0^\pi \int_0^\infty f(x) \cos(x\sin\theta) \,\mathrm{d}x\,\mathrm{d}\theta i …
1
Jak uruchomić MPI-3.0 w trybie pamięci współdzielonej, takim jak OpenMP
Używam kodu równoległego do numerycznego rozwiązania 5-wymiarowego modelu równowagi populacji. Obecnie mam bardzo dobry kod równoległy MPICH2 w FORTRAN, ale gdy zwiększamy wartości parametrów, tablice stają się zbyt duże, aby działać w trybie pamięci rozproszonej. Mam dostęp do klastra z 15 węzłami, w którym każdy węzeł ma dwa 8-rdzeniowe procesory …
2
Jakość liniowych generatorów kongruencjalnych dla liczb losowych
Wykonuję symulacje równania Langevina dla różnych sił zewnętrznych. Powiedziano mi, że C rand()z stdlib.hmoże wprowadzić błąd w moich wynikach, używam Twistera Mersenne. Niemniej jednak chciałbym wiedzieć (i zobaczyć) dokładnie, jakie błędy liniowy kongruencjalny generator może wprowadzić w mojej symulacji. Oto rzeczy, które próbowałem: Generowanie krotek losowych 3D, aby spróbować zobaczyć …
1
Jakie są względne zalety korzystania z Adamsa-Moultona w porównaniu z algorytmem Adamsa-Bashfortha?
Rozwiązuję układ dwóch sprzężonych PDE w dwóch wymiarach przestrzennych iw czasie obliczeniowo. Ponieważ oceny funkcji są drogie, chciałbym zastosować metodę wieloetapową (zainicjowaną przy użyciu Runge-Kutta 4-5). Metoda Adamsa-Bashfortha wykorzystująca pięć poprzednich ocen funkcji ma błąd globalny (jest to przypadek, gdy s = 5 w artykule w Wikipedii, do którego odwołuje …
3
Cytowane odniesienia do najlepszych praktyk w zakresie oprogramowania
Obecnie piszę pracę doktorską. Znaczną część mojego doktoratu spędziłem na czyszczeniu i rozszerzaniu istniejącego kodu naukowego, stosując najlepsze praktyki inżynierii oprogramowania, które wcześniej nie były używane, i chciałbym o tym napisać w mojej pracy magisterskiej. Zamiast po prostu powiedzieć „Dodałem testy jednostkowe”, chcę móc napisać coś takiego: J. Doe wynalazł …
3
Porównanie metod iteracji: liczba iteracji vs. czas procesora
Porównuję dwie iteracyjne metody odwracania losowych macierzy kwadratowych. Ponieważ macierze są losowe, każdy przypadek testowy wymaga zarówno różnych ilości iteracji, jak i różnych czasów, które upłynęły. Moje pytanie, oprócz średniego czasu procesora, to średnia wartość iteracji pobranych przez obie metody, przydatne informacje do porównania metod.
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.