Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

4
Jakie narzędzia lub metody są dostępne, aby przyspieszyć kod napisany w Pythonie?
Tło: Myślę, że mógłbym chcieć przenieść część kodu, który oblicza macierzowe produkty wykładnicze-wektorowe za pomocą metody podprzestrzeni Kryłowa od MATLAB-a do Pythona. (W szczególności funkcja expmvp Jitse Niesen , która wykorzystuje algorytm opisany w tym artykule ). Wiem jednak, że chyba, że ​​intensywnie korzystam z funkcji modułów pochodzących ze skompilowanych …
9
Jaki jest dobry sposób na uruchomienie badań parametrów w C ++
Problem Obecnie pracuję nad symulacją elementów skończonych Naviera Stokesa i chciałbym zbadać wpływ różnych parametrów. Niektóre parametry są określone w pliku wejściowym lub za pomocą opcji wiersza poleceń; inne parametry są dostarczane jako flagi w pliku Makefile, więc mój kod musi być rekompilowany za każdym razem, gdy zmieniam te opcje. …
16
Dobre przykłady „dwa są łatwe, trzy są trudne” w naukach obliczeniowych
Ostatnio spotkałem się z sformułowaniem meta-zjawiska : „ dwa są łatwe, trzy są trudne ” (sformułowane w ten sposób przez Federico Poloni), które można opisać następująco: Kiedy sformułowany jest pewien problem dla dwóch podmiotów, jest on stosunkowo łatwy do rozwiązania; jednak algorytm formułowania trzech podmiotów ogromnie zwiększa trudność, być może …
7
Gdzie rozkładają się zasady mechaniki kwantowej w symulacjach?
Jako osoba posiadająca licencjat z fizyki byłem nieco zgorszony, kiedy zacząłem pracować z symulacjami molekularnymi. Szokiem było odkrycie, że nawet najbardziej szczegółowe i kosztowne obliczeniowo symulacje nie są w stanie odtworzyć ilościowo pełnego zachowania wody z pierwszych zasad. Wcześniej miałem wrażenie, że podstawowe prawa mechaniki kwantowej stanowią rozwiązany problem (oprócz …
5
Jakich funkcji potrzebują użytkownicy interfejsu MPI C ++?
Chcesz poprawić ten post? Podaj szczegółowe odpowiedzi na to pytanie, w tym cytaty i wyjaśnienie, dlaczego Twoja odpowiedź jest poprawna. Odpowiedzi bez wystarczającej ilości szczegółów mogą być edytowane lub usuwane. Wersja 3.0 standardu MPI formalnie usunęła interfejs C ++ (wcześniej był przestarzały). Chociaż implementacje mogą nadal go obsługiwać, funkcje nowe …
28 c++  mpi 
4
Radzenie sobie z odwrotnością dodatniej określonej macierzy symetrycznej (kowariancji)?
W statystyce i jej różnych zastosowaniach często obliczamy macierz kowariancji , która jest pozytywnie określona (w rozważanych przypadkach) i symetryczna, dla różnych zastosowań. Czasami potrzebujemy odwrotności tej macierzy do różnych obliczeń (na przykład formy kwadratowe z odwrotnością jako (jedyną) macierzą środkową). Biorąc pod uwagę cechy tej matrycy i zamierzone zastosowania, …
5
Czy są jakieś znane problemy / algorytmy w obliczeniach naukowych, których nie można przyspieszyć przez równoległość
To pytanie zostało przeniesione z przepełnienia stosu, ponieważ można na nie odpowiedzieć w programie Computational Science Stack Exchange. Migrował 7 lat temu . Czy są jakieś znane problemy / algorytmy w obliczeniach naukowych, których nie można przyspieszyć przez równoległość? Podczas czytania książek na temat CUDA wydaje mi się, że większość …
7
Jaki jest najszybszy sposób obliczenia największej wartości własnej ogólnej macierzy?
EDYCJA: Testuję, czy jakieś wartości własne mają wartość jednego lub więcej. Muszę znaleźć największą absolutną wartość własną dużej, rzadkiej, niesymetrycznej macierzy. Korzystam z eigen()funkcji R , która korzysta z algo QR z EISPACK lub LAPACK, aby znaleźć wszystkie wartości własne, a następnie używam, abs()aby uzyskać wartości bezwzględne. Jednak muszę to …
5
Zezwól na macierz w miejscu w numpy
Chcę zmodyfikować gęstą kwadratową macierz przejścia w miejscu, zmieniając kolejność kilku jej wierszy i kolumn, używając biblioteki numpy Pythona. Matematycznie odpowiada to pomnożeniu macierzy przez macierz permutacji P i pomnożeniu jej przez P ^ -1 = P ^ T, ale nie jest to uzasadnione obliczeniowo rozwiązanie. W tej chwili ręcznie …
3
Jak można przetestować numeryczną implementację solvera ODE?
To pytanie zostało przeniesione z Mathematics Stack Exchange, ponieważ można na nie odpowiedzieć w Computational Science Stack Exchange. Migrował 6 lat temu . Zaraz zacznę pracować nad biblioteką oprogramowania numerycznych solverów ODE i mam problemy z opracowaniem testów dla implementacji solvera. Moją ambicją jest, że biblioteka ostatecznie obejmie rozwiązują zarówno …
26 ode 
2
Czy Crank-Nicolson jest stabilnym schematem dyskretyzacji równania reakcji-dyfuzji-doradztwa (konwekcji)?
Nie znam zbyt dobrze wspólnych schematów dyskretyzacji dla PDE. Wiem, że Crank-Nicolson jest popularnym schematem dyskretyzacji równania dyfuzji. Czy jest to również dobry wybór na okres doradztwa? Interesuje mnie rozwiązanie równania Reakcja-Dyfuzja-Doradztwo , ∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f\frac{\partial u}{\partial t} + \nabla \cdot \left( \boldsymbol{v} u - D\nabla u \right) = f gdzie DDD …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.