Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

3
Jaki jest koszt obliczeniowy
Jednym z głównych problemów, z którymi musimy się zmierzyć w symulacjach molekularnych, jest obliczanie sił zależnych od odległości. Jeśli możemy ograniczyć funkcje siły i odległości do uzyskania równych mocy odległości separacji , możemy po prostu obliczyć kwadrat odległości r 2 = r ⋅ r i nie musimy się martwić o …
26 efficiency 
9
Kompresowanie danych zmiennoprzecinkowych
Czy są jakieś narzędzia zaprojektowane specjalnie do kompresji danych naukowych zmiennoprzecinkowych? Jeśli funkcja jest płynna, istnieje oczywiście duża korelacja między liczbami reprezentującymi tę funkcję, więc dane powinny być dobrze kompresowane. Binarne dane zmiennoprzecinkowe zip / gzipping nie są jednak tak dobrze kompresowane. Zastanawiam się, czy istnieje metoda opracowana specjalnie do …
10
Zalecenia i doświadczenia dotyczące wyboru licencji na oprogramowanie?
Twórcy oprogramowania mogą wybrać odpowiednią licencję zgodnie z celem (celami) pracy. Czy ktoś może podać jakieś rekomendacje / doświadczenia dotyczące licencji na oprogramowanie? Jakie są zalety / wady „rozdawania” całej zakodowanej pracy jako kodów open source? Jak radzić sobie z graczami przemysłowymi, którzy chcieliby skorzystać z kodu badań?
26 software 
6
Wizualizacja bardzo dużych wykresów linków
Szukam narzędzia do wizualizacji bardzo dużych grafów linków kierunkowych. Obecnie mam ~ 2 miliony węzłów z ~ 10 milionami krawędzi. Próbowałem kilku różnych rzeczy, ale większość zajmuje nawet godziny, aby zrobić nawet 100 000 wykresów węzłów Co próbowałem: spędziłem dzień z gephi, ale dodanie węzłów 80K zajmuje około godziny, a …
4
Metoda całkowania numerycznego trudnej całki oscylacyjnej
Muszę ocenić liczbowo całkę poniżej: ∫∞0y : i n c′( x r ) r E( r )----√rer∫0∞sinc′(xr)rE(r)dr\int_0^\infty \mathrm{sinc}'(xr) r \sqrt{E(r)} dr gdzie ,x∈R+iλ,κ,ν>0. TutajKjest zmodyfikowaną funkcją Bessela drugiego rodzaju. W moim szczególnym przypadku mamλ=0,00313,κ=0,00825iν=0,33.mi( r ) = r4( λ κ2)+ r2)------√)- ν- 5 / 2K.- ν- 5 / 2( λ …
5
Czy istnieje oprogramowanie, które może automatycznie generować liczbowo dokładne zmiennoprzecinkowe procedury C z formuł symbolicznych?
Biorąc pod uwagę rzeczywistą funkcję rzeczywistych zmiennych, czy jest dostępne oprogramowanie, które może automatycznie generować dokładny numerycznie kod do obliczenia funkcji dla wszystkich danych wejściowych na maszynie wyposażonej w arytmetykę IEEE 754? Na przykład, jeśli rzeczywistą funkcją do oceny były: Oprogramowanie rozważyłoby katastrofalne anulowanie i możliwe wyszukiwanie tablic wyników dla …
3
Jak zainstalować kompilator Fortran na komputerze Mac? (OS X 10.x, x> = 4)
Powiązane pytanie: stan systemu Mac OS w Scientific Computing i HPC Znaczna liczba pakietów oprogramowania dla nauk obliczeniowych została napisana w Fortranie, a Fortran nie odchodzi. Kompilator Fortran jest także wymagany do budowania innych pakietów oprogramowania (jednym z godnych uwagi przykładów jest SciPy ). Jednak Mac OS X nie zawiera …
25 software  fortran 
3
BFGS vs. Koniugatowa metoda gradientowa
Jakie uwagi powinienem wziąć pod uwagę przy wyborze między BFGS a gradientem sprzężonym w celu optymalizacji? Funkcją, którą próbuję dopasować do tych zmiennych, są funkcje wykładnicze; jednak faktyczna funkcja celu obejmuje między innymi integrację i jest bardzo kosztowna, jeśli w ogóle pomaga.
2
Co oznacza „symplektyczny” w odniesieniu do integratorów numerycznych i czy używa ich odeint SciPy?
W tym komentarzu napisałem: ... domyślny integrator SciPy, który, jak zakładam, używa tylko metod symplektycznych. w którym mam na myśli SciPy odeint, który używa albo „metody niesztywnej (Adamsa)”, albo „metody sztywnej (BDF)”. Według źródła : def odeint(func, y0, t, args=(), Dfun=None, col_deriv=0, full_output=0, ml=None, mu=None, rtol=None, atol=None, tcrit=None, h0=0.0, hmax=0.0, …
1
Zachowanie wielkości fizycznej przy zastosowaniu warunków brzegowych Neumanna zastosowanych do równania dyfuzyjno-doradczego
Nie rozumiem różnych zachowań równania rada-dyfuzja, kiedy stosuję różne warunki brzegowe. Moją motywacją jest symulacja rzeczywistej wielkości fizycznej (gęstości cząstek) w warunkach dyfuzji i doradztwa. Gęstość cząstek należy zachować we wnętrzu, chyba że wypłynie ona z krawędzi. Zgodnie z tą logiką, jeśli wymuszę warunki brzegowe Neumanna, końce systemu, takie jak …
3
Jaki jest cel wykorzystania integracji przez części w celu uzyskania słabej formy dyskretyzacji MES?
Przechodząc od silnej formy PDE do postaci MES, wydaje się, że zawsze należy to zrobić, najpierw określając formę wariacyjną. Aby to zrobić, pomnóż silną formę przez element w pewnej przestrzeni (Sobolewa) i zintegruj w swoim regionie. Mogę to zaakceptować. Nie rozumiem, dlaczego trzeba także użyć formuły Greena (jeden lub kilka …
4
Kiedy powinienem używać szablonów wyrażeń C ++ w informatyce, a kiedy * nie * powinienem ich używać?
Załóżmy, że pracuję nad kodem naukowym w C ++. W niedawnej dyskusji z kolegą argumentowano, że szablony wyrażeń mogą być bardzo złe, potencjalnie czyniąc oprogramowanie kompilowalnym tylko w niektórych wersjach gcc. Podobno problem ten wpłynął na kilka kodów naukowych, jak wspomniano w podtytułach tej parodii Downfall . (Są to jedyne …
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.