Computational Science

Pytania i odpowiedzi dla naukowców używających komputerów do rozwiązywania problemów naukowych

4
Odwołanie do książki dla analizy numerycznej
Miałem wgląd w analizę numeryczną (głównie metody numeryczne, takie jak znajdowanie pierwiastków, równania kwadratowe i inne wstępne rzeczy) w mojej klasie Calculus, ale teraz chcę bardziej wyrafinować w swojej pracy. Czy istnieje dobra książka, która pomoże mi zrozumieć pojęcia takie jak stabilność algorytmów, projektowanie stabilnych algorytmów, propagacja błędów, analiza zbieżności …
2
SciComp Modeling Jobs
Meta zdawała się sugerować, że porady dotyczące kariery są w porządku. . . więc tutaj idzie. Mam kilku bliskich przyjaciół w dziedzinie ML i modelowania matematycznego, którzy właśnie kończą studia doktoranckie i zaczynają szukać pracy. Obaj są dość wykwalifikowani i utalentowani, ale nie są zainteresowani pobytem w środowisku akademickim. Poza …
3
Strategie I / O dla problemów obliczeniowych z dużymi zestawami danych?
Moja grupa badawcza koncentruje się na dynamice molekularnej, która oczywiście może generować gigabajty danych w ramach jednej trajektorii, którą należy następnie przeanalizować. Kilka problemów, którymi się zajmujemy, wiąże się z korelacjami w zbiorze danych, co oznacza, że ​​musimy śledzić duże ilości danych w pamięci i analizować je, zamiast stosować podejście …
15 python  c  efficiency 
3
Jakie są zalety i wady algorytmów równoległego rozkładu cząstek i dekompozycji domen?
Prowadzę symulacje dynamiki molekularnej (MD) przy użyciu kilku pakietów oprogramowania, takich jak Gromacs i DL_POLY. Gromacs obsługuje teraz zarówno algorytmy dekompozycji cząstek, jak i dekompozycji domen. Domyślnie symulacje Gromacs wykorzystują rozkład domen, chociaż przez wiele lat, do niedawna, rozkład cząstek był jedyną metodą zaimplementowaną w Gromacs. W jednym z artykułów …
1
Czy są jakieś wielopoziomowe implementacje ILU oparte na odwrotnych źródłach?
Jestem pod wielkim wrażeniem seryjnej wydajności wielopoziomowych odwracalnych warunków wstępnych ILU , szczególnie w przypadku heterogenicznego Helmholtza , ale jestem zaskoczony, że nie mogłem znaleźć żadnych implementacji typu open source. W szczególności ILUPACK udostępnia naukowo pliki binarne, ale nie wydaje się, aby publikowali swój kod źródłowy. Czy tak naprawdę nikt …
3
Dlaczego moje skalowanie mnożenia macierzy-wektora?
Przepraszam za długi post, ale chciałem załączyć wszystko, co uważałem za istotne za pierwszym razem. Czego chcę Wdrażam równoległą wersję Krystalicznych metod podprzestrzeni dla gęstych matryc. Głównie GMRES, QMR i CG. Zdałem sobie sprawę (po profilowaniu), że moja procedura DGEMV była żałosna. Postanowiłem więc skoncentrować się na tym, izolując to. …
4
Jakie aplikacje wymagają arytmetyki przedziałowej?
Mam bardzo podstawowe pojęcie na temat arytmetyki interwałowej (IA), ale wydaje się, że jest to bardzo interesująca gałąź nauki obliczeniowej zarówno teoretycznie, jak i praktycznie. Oczywiste jest, że oczywiste aplikacje to sprawdzone obliczenia i źle postawione problemy, ale jest to zbyt abstrakcyjne. Ponieważ w obliczeniach stosowanych jest wiele osób, jestem …
1
Czy można zastosować metodę podprzestrzeni Kryłowa jako wygładzającą dla wielu sieci?
O ile mi wiadomo, solwery wielosieciowe używają iteracyjnych wygładzaczy, takich jak Jacobi, Gauss-Seidel i SOR, aby tłumić błąd przy różnych częstotliwościach. Czy zamiast tego można zastosować metodę podprzestrzeni Kryłowa (jak gradient sprzężony, GMRES itp.)? Nie sądzę, że są one klasyfikowane jako „wygładzacze”, ale można ich użyć do przybliżenia rozwiązania zgrubnej …
4
Jak zmienić kolejność zmiennych, aby uzyskać pasmową macierz minimalnej przepustowości?
Próbuję rozwiązać równanie Poissona 2D na podstawie różnic skończonych. W tym procesie otrzymuję rzadką macierz z tylko zmiennymi w każdym równaniu. Na przykład, jeśli zmienne byłyby , dyskretyzacja dałaby:555UUU Ui−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jUi−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jU_{i-1,j} + U_{i+1,j} -4U_{i,j} + U_{i,j-1} + U_{i,j+1} = f_{i,j} Wiem, że mogę rozwiązać ten system za pomocą metody iteracyjnej, ale …
1
Jak wyprowadzić słabe sformułowanie częściowego równania różniczkowego dla metody elementów skończonych?
Wprowadziłem podstawowe wprowadzenie do Metody Elementów Skończonych, które nie podkreślało wyrafinowanego rozumienia „słabego sformułowania”. Rozumiem, że metodą Galerkina mnożymy obie strony (eliptycznego) PDE przez funkcję testową, a następnie całkujemy (przez części lub przez twierdzenie o dywergencji). Czasami musiałem zintegrować częściami dwa razy, zanim dotarłem do odpowiedniego słabego sformułowania (na podstawie …
3
Co to jest skalowalny warunek wstępny dla wysokiej częstotliwości Helmholtza?
Standardowe metody dekompozycji wielosiatkowej i domenowej nie działają, ale mam duże problemy z 3D, a bezpośrednie rozwiązania nie są możliwe. Jakie metody powinienem wypróbować? W jaki sposób na moje wybory mają wpływ następujące uwagi? współczynniki różnią się w zależności od szeregu wielkości lub element skończony kontra skończone stosowane są różne …
15 pde 
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.