Test Brant w R [zamknięty]

W testowaniu założenia regresji równoległej w regresji logistycznej porządkowej stwierdzam, że istnieje kilka podejść. Użyłem zarówno podejścia graficznego (jak wyszczególniono w książce Harrella), jak i podejścia wyszczególnionego przy użyciu pakietu porządkowego w R.

Chciałbym jednak również uruchomić test Brant (od Staty) zarówno dla poszczególnych zmiennych, jak i dla modelu całkowitego. Rozejrzałem się, ale nie mogę go znaleźć w R.

Czy istnieje implementacja testu Brant w R?

Zaimplementowałem test brant w R. Pakiet i funkcja nazywa się brant i jest teraz dostępny w CRAN.

Test Branta został zdefiniowany przez Rollina Branta w celu przetestowania założenia regresji równoległej (Brant, R. (1990). Ocena proporcjonalności w modelu proporcjonalnych szans dla porządkowej regresji logistycznej. Biometrics , 46 , 1171–1178).

Oto przykład kodu:

data = MASS::survey
data$Smoke = ordered(MASS::survey$Smoke, levels=c("Never","Occas","Regul","Heavy"))
model1 = MASS::polr(Smoke ~ Sex + Height, data=data, Hess=TRUE)
brant(model1)

W tym przykładzie obowiązuje regresja równoległa, ponieważ wszystkie wartości p są powyżej 0,05. Omnibus jest przeznaczony dla całego modelu, a reszta dla poszczególnych współczynników.

Tak - w rzeczywistości pakiet porządkowy, który podłączyłeś, może to zrobić (chociaż nie nazywają go testem Brant). Spójrz na strony 6 i 7 linku, które pokazują „test współczynnika prawdopodobieństwa równych nachyleń lub założenia proporcjonalnych szans”, czyli dokładnie tego, czego szukasz.

Kilka uwag na ten temat

Pakiet R VGAMw Cumulativepoleceniu (Regresja porządkowa ze skumulowanymi prawdopodobieństwami) pozwala zmienić założenia proporcjonalności szans, z opcją parallel=FALSE.

Wiadomo, że jest to częsty problem (z książki: Modele regresji dla zmiennych zależnych kategorycznie przy użyciu Staty, drugie wydanie, J. Scott Long, Jeremy Freese)

„Zastrzeżenie dotyczące założenia regresji równoległej: Stwierdzamy, że często naruszane jest założenie regresji równoległej (PRA). W przypadku odrzucenia należy rozważyć modele alternatywne, które nie narzucają ograniczenia regresji równoległych. Naruszenie PRA nie jest uzasadnieniem dla wykorzystanie regresji OLS, ponieważ założenia wynikające z zastosowania LRM do danych porządkowych są jeszcze silniejsze Alternatywne modele, które można rozważyć, obejmują modele dla nominalnych wyników [...] Model logistyczny stereotypu lub model uporządkowany stereotypu; model wskaźnika kontynuacji jest alternatywą ”(strona 221)

Ten artykuł jest dogłębnie poruszony w tym temacie, jest jasny i dobrze napisany, ale nie uwzględnia pakietu VGAM ani polecenia „kumulatywnego”: regresja logistyczna porządkowa w badaniach epidemiologicznych

Ten samouczek na temat porządkowej regresji logistycznej w R obejmuje testowanie założenia proporcjonalności szans.