Zero-napompowany ujemny dwumianowy model mieszanych efektów w R.

17

Czy istnieje taki pakiet, który przewiduje oszacowanie modelu mieszanych efektów dwumianowych z zerowym napełnieniem ujemnym w R?

Rozumiem przez to:

Inflacja zerowa, w której można określić model dwumianowy dla inflacji zerowej, jak w funkcji zeroinfl w pakiecie pscl:
```
zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
```
gdzie Z jest wzorem na model zerowej inflacji;
Ujemny rozkład dwumianowy dla części zliczającej modelu;
Określono losowe efekty podobne do funkcji lmer pakietu lme4.

Rozumiem, że glmmADMB może to wszystko zrobić, z wyjątkiem tego, że nie można określić formuły zerowej inflacji (jest to tylko punkt przecięcia, tzn. Z to tylko 1). Ale czy są jakieś inne pakiety, które mogą to wszystko zrobić?

Będę bardzo wdzięczny za twoją pomoc!

— Nikita Samoylov
źródło

Szukam tego samego. Myślę, że glmmADMB jest tym, czego chcę, ale nie mogę go uruchomić.

— gregmacfarlane,

Zastanawiam się, czy pakiety ZIM lub AOD mogą robić to, co chcesz?

— Graeme Walsh

2

W ramach aktualizacji pakiet glmmTMB firmy Ben Bolker obsługuje zerowy napompowany uogólniony liniowy model mieszany (ZIGLMM).

— JWilliman

5

Myślę, że to jest pakiet, którego potrzebujesz: glmmADMB. Pobrałem go tutaj: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Ale nadal miałem problemy z uruchomieniem go, więc postępowałem zgodnie z instrukcjami podanymi w tym linku i teraz działa dobrze http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Mam nadzieję że to pomoże!

— RocioC
źródło

Należy pamiętać, że ten pakiet pozwala jedynie na dopasowanie stałego terminu dla części modelu o zerowej inflacji.

— user2390246

1

Pscl pakiet przewiduje zerową zawyżone modelu Poissona. Nie sądzę, że może zrobić negatywny model dwumianowy, ale może to być miejsce, od którego można zacząć. Połączony artykuł o JSS omawia również powiązane pakiety, które mogą prowadzić do tego, czego szukasz.

— Charlie
źródło

1

Pakiet pscl zezwala (teraz) na ujemne modele dwumianowe przy użyciuzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)

— user2390246 19.04.18

0

W zależności od tego, co próbujesz zrobić, możesz spojrzeć na pakiet aster . Modele Aster pozwalają na wspólną analizę wielu zmiennych o różnych rozkładach prawdopodobieństwa, a ostatnio zostały zaktualizowane, aby umożliwić losowe efekty . Zostały one zaprojektowane do analizy historii życia i będą działać w sytuacjach, w których możesz podzielić swoją reakcję na różne części o różnych rozkładach (np. Przeżycie = Bernoulli, rozmnażanie = Poisson). Potrafią poradzić sobie z „inflacją zerową”, modelując większość zer jako bernoulli, a resztę odpowiedzi jako ujemny dwumianowy.

Znajdziesz mnóstwo dokumentacji tutaj:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

— JohnSG
źródło