Mam zestaw danych zawierający 1000 różnych szerokości i długości geograficznych. Chcę wyliczyć średnią roczną temperaturę i roczne opady dla każdej z tych współrzędnych. Dane te można łatwo uzyskać z WorldClim i przetwarzać za pomocą DIVA-GIS.
Czy można to zrobić na R?
Chcę, aby mój końcowy wynik był ramką danych z roczną temperaturą i opadami dla każdej współrzędnej. Jestem nowy w GIS w R, więc szukam podstawowego fragmentu kodu wraz z wymaganymi bibliotekami dla tego wyjścia.
Odpowiedzi:
Możesz użyć rasterpakietu do pobrania danych WorldClim, dowiedzieć ?getdatasię o rozdzielczości, zmiennych i współrzędnych.
Jako przykład:
library(raster)
library(sp)
r <- getData("worldclim",var="bio",res=10)Bio 1 i Bio12 to średnia roczna temperatura i roczne opady:
r <- r[[c(1,12)]]
names(r) <- c("Temp","Prec")Jako przykład tworzę losowe punkty, w twoim przypadku użyj współrzędnych, aby utworzyć SpatialPointobiekt.
points <- spsample(as(r@extent, 'SpatialPolygons'),n=100, type="random") Wreszcie użyj extract. Z cbind.data.framea coordinatesdostaniesz data.frame pragnienie.
values <- extract(r,points)
df <- cbind.data.frame(coordinates(points),values)Użyłem losowych punktów, więc mam ich dużo NA. Należy się tego spodziewać.
head(df)
x y Temp Prec
1 112.95985 52.092650 -37 388
2 163.54612 85.281643 NA NA
3 30.95257 5.932434 270 950
4 64.66979 40.912583 150 150
5 -169.40479 -58.889104 NA NA
6 51.46045 54.813600 36 549
plot(r[[1]])
plot(points,add=T)
Nie zapominaj, że dane WorldClim mają współczynnik skali 10, a więc Temp = -37-3,7 ºC.
Przykładem współrzędnych:
library(raster)
library(sp)
r <- getData("worldclim",var="bio",res=10)
r <- r[[c(1,12)]]
names(r) <- c("Temp","Prec")
lats <- c(9.093028 , 9.396111, 9.161417)
lons <- c(-11.7235, -11.72975, -11.709417)
coords <- data.frame(x=lons,y=lats)
points <- SpatialPoints(coords, proj4string = r@crs)
values <- extract(r,points)
df <- cbind.data.frame(coordinates(points),values)
df
x y Temp Prec
1 -11.72350 9.093028 257 2752
2 -11.72975 9.396111 257 2377
3 -11.70942 9.161417 257 2752pointsktóra jest ramką danych łat i długości mojego zestawu danych. Potem biegnę dokładnie tak jak ty. Jednak gdy uruchamiam valuespojawia się błąd: not compatible with requested type. Zauważyłem również, że pointspo prostu zaznaczasz zasięg próbki, ale nie tworzysz wektora o współrzędnych długości
spTransform. Jeśli masz współrzędne w DDMMSS, przekształć je w DD.MMM. Po drugie, pisałeś o różnych współrzędnych, więc interpretuję to jako punkty, zamiast tego możesz używać wielokątów z tym samym schematem. Jeśli masz warstwę z tymi informacjami, użyj, shapefileaby ją załadować.
spsamplewymaga obiektu przestrzennego do ustawienia granic próbki. Dane wejściowe to siatki, wielokąty lub linie. To, co zrobiłem, to użyć ramki granicznej WorlClim do ustawienia zakresu próbki. Zrobiłem to, aby dać powtarzalny przykład w mojej odpowiedzi. W twoim przypadku nie musisz używać spsample, masz już współrzędne do próbkowania.