Odpowiedzi:
To powinno to zrobić:
QgsProject.instance().writeEntry(plugin_name, property, value)
Następnie wystarczy zapisać projekt.
Odczytywanie odbywa się za pomocą jednej z następujących funkcji:
readEntry (plugin_name, property)
readNumEntry (plugin_name, property)
readDoubleEntry (plugin_name, property)
readBoolEntry (plugin_name, property)
Dokument: http://qgis.org/api/classQgsProject.html