Ograniczasz pamięć używaną przez pakiet rastrowy w R?

Jaki jest najłatwiejszy sposób ograniczenia pamięci używanej przez rasterpakiet Rdo 5 GB pamięci RAM?

Idealnie byłoby, gdyby każdy raster przekraczający ten rozmiar był zapisywany na dysku twardym i analizowany z pliku tymczasowego.

Korzystam z systemu Windows 7 (64Bit) i wersji R 3.0.3.

Oto kod, na którym bawiłem się na maszynie z 16 GB pamięci RAM, ale wciąż się rozwija, ponieważ mam do czynienia z dużymi rastrami:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

Na tym etapie skryptu zwiększa się użycie pamięci RAM, aby zabrać wszystkie 16 GB, a następnie przestaje działać i anuluje funkcję.

Co muszę tutaj zmienić?

Musisz czytać rastry w kawałkach zamiast wszystkich naraz. Zobacz dokumentację pakietu rastrowego , w szczególności - Funkcje zapisu dużych plików rastrowych .