W Lion (i poprzednich wersjach) było .MacOSX/environment.plist. Po aktualizacji do 10.8 plik nadal tam jest, ale zmienne nie są pobierane.
Próbowałem też je dodać /etc/launchd.confi będą one wyświetlane w Terminalu, ale nie w aplikacjach GUI (takich jak moje IDE).
/etc/launchd.conf?