Protokół SSH jest określony przez to, co akceptują programy sshi sshd. (Jest dla niego zdefiniowany standard, ale jest to kwestia po fakcie i jest najczęściej ignorowany, gdy jedna z implementacji dodaje nowe funkcje.) Ponieważ istnieje wiele implementacji tych (OpenSSH, F-Secure, PuTTY itp. ) czasami okazuje się, że jeden z nich nie obsługuje tego samego protokołu, co inne. Zasadniczo definiuje negocjację uwierzytelnienia i tworzenie multipleksowanego strumienia danych. Ten strumień może przenosić jeden lub więcej (z OpenSSH iControlMaster) sesje terminali i zero lub więcej tuneli (połączenia gniazd przesyłania dalej z lokalnego lub zdalnego na drugą stronę; przekazywanie X11 jest szczególnym przypadkiem zdalnego przesyłania). Definiuje także „podsystemy”, które można wykorzystywać w strumieniu; sesje terminalowe są podstawowym podsystemem, ale można zdefiniować inne. sftpjest jednym z nich.
sshnarzędzie korzysta z protokołu SSH, aby rozmawiać z sshdinnym komputerem. Jak to działa, zależy od wersji (patrz wyżej), ale jego sedno polega na tym, że próbuje dowiedzieć się, której wersji protokołu SSH użyć, a następnie sshdwynegocjować obsługiwane metody uwierzytelniania, a następnie próbuje uwierzytelnić się przy użyciu jedna z tych metod (w razie potrzeby prośba o hasło użytkownika zdalnego / hasło klucza prywatnego / frazę klucza S), a po udanym uwierzytelnieniu konfiguruje multipleksowany strumień z sshd.
sshd, jak wspomniano powyżej, implementuje stronę serwera protokołu SSH.
sftpjest (obecnie jedynym standardowym) podsystemem zdefiniowanym w większości sshdwdrożeń. Gdy żądany jest podsystem SFTP, sshdłączy sftp-serversię z sesją podsystemu; sftpProgram następnie mówi do niego, podobnie ftp, ale z transferu plików multipleksowany strumień zamiast korzystania z oddzielnych połączeń jak ftp.
sunie ma nic wspólnego z ssh, sshdlub sftp, z wyjątkiem przypadku, gdy nie mogą być moduły PAM zorganizować dla multipleksowany strumień będzie dostępna w skorupkach lub przebiegu programu przez nią.