Mam folder z wieloma plikami (xyz1, xyz2, aż do xyz5025) i muszę uruchomić skrypt na każdym z nich, otrzymując xyz1.faa, xyz2.faa i tak dalej jako dane wyjściowe.
Polecenie dla pojedynczego pliku to:
./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11Czy istnieje sposób, aby to zrobić automatycznie? Może kombinacja for-do?
Odpowiedzi:
for file in xyz*
do
./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11
doneJest to prosta forpętla, która będzie iterować po każdym pliku, który zaczyna się xyzw bieżącym katalogu, i ./transeqwywoła program z nazwą pliku jako pierwszym argumentem, a następnie nazwą pliku „.faa” jako drugim argumentem, a następnie „-tabela 11” .
"$file".faajest nieco łatwiejszy do wpisania jako część interaktywnej jednowierszowej i jest bezpieczny, ponieważ .faanie zawiera żadnych metaznaków powłoki, które należy cytować.
xyz*glob również pobierze pliki .faa. Aby uruchomić bash, uruchom shopt -s extglob( odwołanie ), a następnie użyj, for file in xyz!(*.faa) ...aby wykluczyć wysyłanie plików .faa przez pętlę.
Jeśli zainstalujesz GNU Parallel , możesz to zrobić równolegle w następujący sposób:
parallel ./transeq {} {}.faa -table 11 ::: xyz*Jeśli program intensywnie wykorzystuje procesor, powinien znacznie przyspieszyć.
Możesz zrobić coś takiego w bashwierszu poleceń:
printf '%s\n' {1..5025} | xargs -l -I {} -t ./transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11Generujemy liczby całkowite od 1 do 5025, jeden / wiersz, a następnie podajemy je jeden po drugim do xargs, który hermetyzuje liczbę całkowitą do, {}a następnie transplantuje ją do wiersza poleceń ./transeq w odpowiedni sposób.
Jeśli nie masz funkcji rozwijania nawiasów klamrowych, {n..m}możesz wywołać seqnarzędzie do wygenerowania tych liczb.
Lub zawsze możesz emulować generowanie liczb za pomocą:
yes | sed -n =\;5025q | xargs ...for i in {1..5025}; do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; donejest o wiele łatwiejsze do myślenia i pisania. Jeśli chcesz, aby drukował polecenia przed ich wykonaniem, użyj set -x.
for i in {1..5025}osiągnąć dokładnie taki sam wynik jak twój. Możesz także pisać for ((i=1 ; i<=5025 ; i++)); do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; donebash, ale zwykle używam {a..b}składni zakresu, ponieważ szybciej jest pisać.
Zakładając, że masz więcej niż jeden rdzeń i każde wywołanie może działać niezależnie od reszty, zyskasz całkiem przyspieszenie dzięki równoległym biegom.
Względnie prosty sposób to zrobić za pomocą -Pparametru xargs- na przykład, jeśli masz 4 rdzenie:
echo xyz{1..5025} | \
xargs -n 1 -P 4 -I{} /path/to/transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11-n 1Mówi xargswybrać tylko jeden argument z listy dla każdej inwokacji (domyślnie byłoby przekazać mnóstwo) , a -P 4mówi się na tarło 4 procesów w tym samym czasie - gdy ktoś umiera, jest nowy zrodził.
IMHO, nie musisz instalować GNU równolegle dla tej prostej skrzynki - xargswystarczy.
for file in xyz*; do ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11; done. Cały czas piszę takie rzeczy. A jeśli chcesz sprawdzić, czy nazwy plików itp. Są rozwijane tak, jak chcesz, po prostuechopodoraz pierwszy umieść poprawkę, a następnie wróć do historii powłoki i usuń ją po raz drugi.