wstrzymywanie skryptu bash do momentu zakończenia poprzednich poleceń

Mam skrypt bash, który wygląda następująco:

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Chciałbym utworzyć kolejną pętlę for po pierwszej, aby kontynuować przez kolejne 30. Na przykład

##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done

Chciałbym, aby pierwszy zestaw zadań zakończył się przed rozpoczęciem nowego zestawu. Ale z tego nohuppowodu wydaje się, że wszystkie działają jednocześnie.

Mam, nohupponieważ zdalnie loguję się na mój serwer i uruchamiam tam zadania, a następnie zamykam bash. Czy istnieje alternatywne rozwiązanie?

Będziesz chciał użyć tego waitpolecenia, aby zrobić to za Ciebie. Możesz przechwycić wszystkie identyfikatory procesów potomnych i poczekać na nie, lub jeśli są to jedyne procesy w tle tworzone przez skrypt, możesz po prostu zadzwonić waitbez argumentu. Na przykład:

#!/bin/bash
# run two processes in the background and wait for them to finish

nohup sleep 3 &
nohup sleep 10 &

echo "This will wait until both are done"
date
wait
date
echo "Done"

Kilka punktów:

• Jeśli Twoim celem nohupjest zapobieganie zabijaniu procesów roboczych przez zdalną powłokę, powinieneś użyć nohupsamego skryptu, a nie poszczególnych tworzonych przez niego procesów roboczych.

• Jak wyjaśniono tutaj , nohuptylko uniemożliwia procesom otrzymywanie SIGHUP i interakcję z terminalem, ale nie przerywa relacji między powłoką a jej procesami potomnymi.

• Z powodu powyższego punktu, z lub bez nohup, prosta waitmiędzy dwiema forpętlami spowoduje, że druga forzostanie wykonana dopiero po zakończeniu wszystkich procesów potomnych rozpoczętych przez pierwszą for.

• Prostym wait:

  wszystkie aktualnie aktywne procesy potomne są oczekiwane, a zwracany status to zero.

• Jeśli musisz uruchomić drugi, fortylko jeśli nie wystąpiły błędy w pierwszym, musisz zapisać każdy identyfikator PID pracownika $!i przekazać je wszystkim wait:

  pids=
  for ...
      worker ... &
      pids+=" $!"
  done
  wait $pids || { echo "there were errors" >&2; exit 1; }

Użyj fgwbudowanego. Czeka na zakończenie procesów w tle.

Spróbuj help fgpo szczegóły.

Jeśli wstawisz coś takiego jak poniższy segment kodu między dwiema forpętlami, może to pomóc.

flag=0

while [ flag -eq 0 ]
do
  ps -ef | grep "Rscript --vanilla" | grep -v grep > /dev/null
  flag=${?}
  sleep 10
done

Oczywiście, jeśli Twoja aplikacja Rscriptma szansę nie ukończyć się pomyślnie i pozostać w tyle, druga pętla for może nie mieć szansy na uruchomienie. Powyższy segment kodu zakłada, że ​​wszystkie procesy z identyfikatorem Rscript --vanillazakończą się i znikną poprawnie. Nie wiedząc, co robi Twoja aplikacja i jak działa, muszę polegać na tym założeniu.

EDYTOWAĆ

W świetle komentarzy lepiej to spełni twoje potrzeby. (zawiera twój oryginalny kod, a także logikę sprawdzania ukończenia)

for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
pids[$i]=${!}
done

flag=0

while [ flag -eq 0 ] 
do
  for PID in $(echo ${pids[@]})
  do
    flag=1
    ps -ef | grep ${PID} | grep -v grep >/dev/null; r=${?}
    if [ ${r} -eq 0 ]
    then 
      flag=0
    fi
  done
done

for i in {31..60}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done