Próbuję zainstalować pakiet python rpy2z instalacją pip na Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

ale otrzymaj komunikat o błędzie (patrz pełne wyjście poniżej):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

To samo dzieje się z innymi pakietami, takimi jak pip install unrolllub używającymi pip2. Myślałem, że ten post był tym samym problemem, ale tam został rozwiązany za pomocą sudo.

Rozwiązania wypróbowane

Próbowałem rozwiązań w tym poście , jak: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptools, lub sudo apt-get install python-setuptools, ale bezskutecznie.

informacje o python / pip

Ktoś zasugerował, że mogę mieć dziwną instalację Pythona / Pipa, oto kilka informacji:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Pełny komunikat wyjściowy błędu

pip install rpy2 == 2.2.7  
Zbieranie rpy2 == 2.2.7 Korzystanie z buforowanego pliku rpy2-2.2.7.tar.gz  
    Pełne wyjście z polecenia python setup.py egg_info:
    uruchamianie egg_info
    tworzenie pip-egg-info / rpy2.egg-info
    pisanie pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    pisanie nazw najwyższego poziomu do pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    zapisywanie dependence_links do pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    pisanie pliku manifestu „pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt”
    Traceback (ostatnie połączenie ostatnio):
      Plik „”, wiersz 1, w 
      Plik „/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py”, wiersz 462, w 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      Plik „/usr/lib/python2.7/distutils/core.py”, wiersz 151, w konfiguracji
        dist.run_commands ()
      Plik „/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py”, wiersz 953, w poleceniach run
        self.run_command (cmd)
      Plik „/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py”, wiersz 972, w poleceniu run
        cmd_obj.run ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py”,
linia 280, w biegu
        self.find_sources ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py”,
wiersz 295, w find_sources
        mm.run ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py”,
linia 526, w biegu
        self.add_defaults ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py”,
wiersz 562, w add_defaults
        sdist.add_defaults (self)
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py”,
wiersz 36, w add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py”,
wiersz 119, w _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      Plik „/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py”, wiersz 312, w poleceniu get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      Plik „/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py”, wiersz 109, w pliku sure_finalized
        self.finalize_options ()
      Plik „/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py”, wiersz 155, w opcji_finalizacji
        config + = get_rconfig (r_home, about)
      Plik „/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py”, wiersz 319, w get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      Plik „/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py”, wiersz 279, from_string
        + „\ nin ciąg \ n” + ciąg)
    ValueError: Niepoprawny podciąg
    -fopenmp
    w sznurku
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

Komenda „python setup.py egg_info” nie powiodła się z kodem błędu 1 w / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

instalacja pip rozwiń
Zbieranie rozwijania za pomocą pamięci podręcznej unroll-0.1.0.tar.gz
    Pełne wyjście z polecenia python setup.py egg_info:
    Pobieranie http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (ostatnie połączenie ostatnio):
      Plik „”, wiersz 1, w 
      Plik „/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py”, wiersz 2, w 
        ez_setup.use_setuptools ()
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py”, wiersz 145, w use_setuptools
        return _do_download (wersja, download_base, to_dir, download_delay)
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py”, wiersz 124, w _do_download
        to_dir, download_delay)
      Plik „/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py”, wiersz 193, w download_setuptools
        src = urlopen (url)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 154, w urlopen
        return opener.open (adres URL, dane, limit czasu)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 435, w otwartym
        odpowiedź = met (wymaganie, odpowiedź)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 548, w odpowiedzi http_
        „http”, żądanie, odpowiedź, kod, msg, hdrs)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 473, z błędem
        return self._call_chain (* args)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 407, w łańcuchu wywołań
        wynik = func (* argumenty)
      Plik „/usr/lib/python2.7/urllib2.py”, wiersz 556, w http_error_default
        podnieść HTTPError (req.get_full_url (), kod, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: Błąd HTTP 403: Wymagany jest protokół SSL

Komenda „python setup.py egg_info” nie powiodła się z kodem błędu 1 w tmp / pip-
build-QimGjp / unroll /

Uaktualnij setuptoolsza pomocąpip

Wersja python-setuptoolsrepozytorium pakietów Ubuntu 16.04 LTS jest nieaktualna / nieobsługiwana. Zaktualizuj go, pipzamiast polegać na menedżerze pakietów:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Rozwiązanie, które podjąłem na własne pytanie: zaproponowane odpowiedzi nie rozwiązały problemu, więc skończyło się na tym conda, że stworzyłem specyficzne środowisko dla pakietu, którego potrzebowałem, i zadziałało! Nie jest to najlepsze rozwiązanie, zwłaszcza, że ​​wymaga zainstalowania wersji równoległej (można użyć minikondy do przestrzeni kosmicznej), ale jest praktyczne!

Aktualizacja setuptoolsnie rozwiązała mojego problemu. Jednak powiedzenie pipowi, aby sam się zaktualizował.

Następujące polecenie rozwiązało mój problem (z tej odpowiedzi )

pip install --upgrade pip

musisz zdobyć narzędzia instalacyjne i prawdopodobnie moduły programistyczne wpisz następujące

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

warto najpierw zaktualizować pip, aby upewnić się, że nie ma nic poza płynnym działaniem, które odbywa się poprzez pisanie

sudo apt install python-pip

powodzenia