Odpowiedzi:
W tej chwili nie ma łatwego sposobu na zrobienie tego.
Obecnie jest otwarty raport o błędzie dotyczący tego problemu: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=599453
W międzyczasie zaleciłbym przejście na xchat lub irssi, które są świetnymi programami do czatowania (xchat to GUI, a irssi to CLI) i są znacznie mniej problematyczne niż empatia. (chyba że masz ochotę testować / debugować / rozszerzać empatię)
Mogę zasugerować, że możesz wyczyścić rozmowę. Nie uniemożliwia posiadania tych wiadomości, ale może je ręcznie usunąć.