Jakie narzędzia Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej są dostępne?

Dzisiaj zostałem poproszony o wyszukanie Naukowej wersji Ubuntu. W rzeczywistości szukają narzędzi do analizy sekwencji DNA, weryfikacji białek, szacunków i wielu zadań związanych z biologią.

Pierwszy:

1. Czy istnieje naukowa, zorientowana biologicznie wersja Ubuntu

2. Czy istnieją narzędzia do analizy naukowej, takie jak wspomniane powyżej punkty?

Zrobiłem trochę googlingu na różnych systemach operacyjnych opartych na Debianie, RHEL i Virtal i narzędziach badawczych do biologii obliczeniowej i bioinformatyki. Kilka godnych uwagi podsumowano poniżej:

Debian Med : system operacyjny Debian, który jest szczególnie dobrze dostosowany do wymagań praktyki medycznej i badań biomedycznych.

DNALinux : to maszyna wirtualna z preinstalowanym oprogramowaniem bioinformatycznym.

Bioknoppix : to spersonalizowana dystrybucja Knoppix Linux Live CD. Pochodzi z aplikacjami przeznaczonymi dla biologa molekularnego. Oprócz korzystania z pamięci RAM, Bioknoppix nie dotyka komputera hosta (ponieważ jest to Live-CD) i jest idealny do pokazów, studentów biologii molekularnej, warsztatów itp.

Vigyaan : („Vigyaan” oznacza w języku hindi „Science”. Ale to nie jest zbyt naukowy Linux). Vigyaan to elektroniczny stół warsztatowy dla bioinformatyki, biologii obliczeniowej i chemii obliczeniowej. Został zaprojektowany, aby zaspokoić potrzeby zarówno początkujących, jak i ekspertów. VigyaanCD to płyta CD z systemem Linux na żywo, zawierająca całe oprogramowanie wymagane do uruchomienia komputera z gotowym do użycia oprogramowaniem do modelowania. VigyaanCD v1.0 jest oparty na KNOPPIX v3.7.

VLinux : to dystrybucja i urządzenie Linux dla studentów i badaczy w dziedzinie bioinformatyki. Opiera się na OpenSUSE i jest zbudowany przy użyciu Suse Studio firmy Novell.

BioSLAX : to nowy pakiet narzędzi bioinformatycznych na CD / DVD, który został wydany przez zespół ds. Zasobów Centrum BioInformatics (BIC), National University of Singapore (NUS). Ta płyta CD / DVD, którą można uruchomić z dowolnego komputera, obsługuje skompresowany smak SLACKWARE systemu operacyjnego LINUX znanego również jako SLAX.

Bio-Linux 6.0 : to w pełni funkcjonalna, wydajna, konfigurowalna i łatwa w utrzymaniu stacja robocza bioinformatyki. Bio-Linux zapewnia ponad 500 programów bioinformatycznych w systemie Ubuntu Linux 10.04. Istnieje graficzne menu programów bioinformatycznych, a także łatwy dostęp do systemu dokumentacji bioinformatycznej Bio-Linux i przykładowych danych przydatnych do testowania programów. Możesz także zainstalować pakiety Bio-Linux, aby obsługiwać typy danych sekwencji nowej generacji.

Moim zdaniem jako bioinformatyka jest pobranie i uruchomienie dowolnego linuksowego smaku, który ci odpowiada. Prawie wszystkie można bezpłatnie pobrać i używać. W mojej pracy badawczej używam Ubuntu i CentOS. Podzielę się swoim doświadczeniem.

CentOS : Jeśli zainstalujesz wszystkie biblioteki podczas instalacji, później nie napotkasz wielu problemów. Użyłem na nim pakietu Molecular Dynamics AMBER i Desmond . Działa ogólnie bez większych problemów.

Ubuntu: Ponieważ nie ma go w preinstalowanych wielu bibliotekach, musisz wiedzieć, gdzie znaleźć informacje na temat uruchamiania na nim oprogramowania. Ponieważ jednak Ubuntu jest bardzo popularne wśród badaczy , nie znajduję powodu, dla którego nie powinieneś tego próbować. W przypadku problemów z instalacją lub uruchomieniem oprogramowania możesz publikować pytania na konkretnych listach mailingowych związanych z tym oprogramowaniem. W centrum oprogramowania Ubuntu dostępne są programy takie jak Pymol , AutoDock , Unipro UGENE itp. Gromacs był dostępny wcześniej (nie znalazłem go w 12.04).

Zdecydowanie zalecam podjęcie jednorazowego wysiłku i zainstalowanie całego przydatnego oprogramowania w systemie Ubuntu, a następnie użycie Remastersys do wykonania kopii systemu operacyjnego w celu zainstalowania go na dowolnej liczbie komputerów stacjonarnych i stacji roboczych.

Osobiście widzę ogromny zakres posiadania specjalistycznego systemu operacyjnego Linux przeznaczonego dla odbiorców badań w dziedzinie biologii i chemii.

Mam nadzieję, że to pomoże.

Bio-Linux to stacja robocza bioinformatyki oparta na systemie Ubuntu.

Poza tym jest tam całe mnóstwo biologii zorientowanych programów / narzędzi dla Ubuntu, wyliczone i opracowane na tutaj .

O ile mi wiadomo, nie ma specjalistycznej dystrybucji do tego celu.

(Istnieje dystrybucja o nazwie Scientific Linux , która jest oparta na RedHat / Centos, ale jest w dużej mierze opracowana i zaspokaja potrzeby fizyki wysokich energii (i nie ma żadnych ogólnych możliwości brakujących w standardowym systemie Ubuntu).)

Istnieje kategoria biologii (w nauce / inżynierii) z kolekcją pakietów, chociaż liczba specjalistycznych aplikacji naukowych spakowanych z Ubuntu jest stosunkowo niewielka (i spodziewam się, że tak też będzie w przypadku innych dystrybucji, na które możesz spojrzeć). Science + Engineering / Biology wymienia kilka, ale wydaje się, że nie są aktualne.

To powiedziawszy, wiele narzędzi naukowych, choć nie znajduje się w oficjalnych repozytoriach, zapewnia pakiety kompatybilne z Ubuntu (.deb), które można pobrać (np. LibSBML ), lub ogólne pliki binarne linux (np. Copasi ) lub są neutralne dla platformy (napisane w Javie, python itp.) i dlatego powinien działać całkiem dobrze w Ubuntu (np. ImageJ ).

Używam Ubuntu do biologii obliczeniowej, choć wymaga to głównie pracy z narzędziami ogólnego przeznaczenia (np. R, python), a nie ze specjalistycznymi aplikacjami.

Widzę, że dostępnych jest kilka remiksów Ubuntu Science, ale wszystkie wydają się umrzeć. Wydaje się, że tak jest w przypadku wielu remiksów Ubuntu, ponieważ wiele razy po prostu nie oferują wiele poza automatyczną instalacją niektórych aplikacji, więc nie otrzymują masy krytycznej potrzebnej programistom do ich utrzymania .

Moją propozycją byłoby użycie solidnej opartej na nauce dystrybucji, takiej jak Scientific Linux , która jest używana (i rozwijana przez) przez Fermilab, CERN itp. To jest dystrybucja, która wkrótce się nie pojawi i ma świetne wsparcie ze strony społeczności naukowej. Niestety, jest oparty na Red Hat, więc może nie idealnie pasować do twoich potrzeb.

Jeśli chcesz korzystać z Ubuntu, w repozytoriach dostępnych jest kilka aplikacji naukowych, po prostu uruchom Centrum oprogramowania Ubuntu i przeglądaj „Science & Engineering” -> Biologia. Nie jestem pewien przydatności tych programów, ponieważ wynika to z mojej wiedzy specjalistycznej. Jeśli były wystarczające, można skonfigurować szybki skrypt bash, który zainstaluje je wszystkie podczas konfigurowania nowego komputera.