Istnieją dwa różne rodzaje kopiowania i wklejania - jeden z nich zapewnia podstawowy system graficzny X11, a drugi - menedżer okien (Gnome, KDE itp.).
Wystarczy podświetlić tekst bez klikania, aby go skopiować do przestrzeni buforowej X11, a kliknięcie środkowe zniknie. Jeśli użyjesz control-X lub control-C, to również wykorzysta przestrzeń buforową menedżera okien (ponieważ musiałeś ją zaznaczyć, aby użyć tych klawiszy), ale tylko control-V wyciągnie z niej tekst - środkowe kliknięcie nie.
Aby wszystko było bardziej mylące, kopiowanie i wklejanie menedżera okien również będzie działać z elementami nietekstowymi, więc nawet jeśli twoje wyróżnienie dostarczyło trochę tekstu do obu buforów, możesz zamiast tego mieć jakieś pliki lub złożone dane w buforze menedżera okien i oba będą niezsynchronizowane.
Niektóre aplikacje są wystarczająco inteligentne, aby je zrozumieć i korzystać z obu, inne nie. Okna terminali są zwykle głupią odmianą, jeśli chodzi o kopiowanie i wklejanie. Zwykle są ustawienia dla każdej aplikacji, które mówią im, jak naprawić bałagan kopiowania i wklejania, ale ich prawidłowe skonfigurowanie to dużo pracy. Myślę, że Ubuntu dostaje większość z nich.
Sytuacja była historycznie znacznie gorsza i doprowadziła do zdefiniowania wokół niej standardów przez freedesktop:
http://standards.freedesktop.org/clipboards-spec/clipboards-latest.txt