Niektóre osoby uważają, że Microsoft posiada patenty na oprogramowanie w stosunku do .NET i że jako implementacja .NET, Mono narusza te patenty. W związku z tym ci ludzie uważają, że korzystanie z Mono może pozostawić otwartą na pozwy patentowe.
Podejrzewam, że Mono jest tak kontrowersyjne, ponieważ prawo patentowe ogólnie jest kontrowersyjne. Ale są też szczególne przypadki, w których podmioty promujące Mono zawarły umowy z Microsoftem, które wyglądają bardzo podobnie do umów patentowych, co można następnie wzmocnić argumentem Microsoftu na temat ważności takich patentów. (Oczywiście, Microsoft nie przedstawił żadnego dowodu na istnienie patentów, utrzymując w ten sposób stan niepewności, tak jak w przypadku ich roszczeń dotyczących patentów naruszonych przez jądro Linuksa.) Umowy te powodują poczucie zdrady i nieufności wobec innych społeczności członków, ponieważ umowa wydaje się szkodzić całej społeczności (poprzez zwiększenie postrzeganego ryzyka patentowego), przynosząc jednocześnie korzyść podmiotowi, który zawarł umowę z Microsoftem. To prowadzi do kolejnego powodu, dla którego Mono jest kontrowersyjny:
Nawiasem mówiąc, powinienem wspomnieć, że piszę z perspektywy widza i nie mam szczegółowej ani konkretnej wiedzy o całej sytuacji. Próbowałem pozostać bezstronny i przeważnie unikałem właściwych rzeczowników, aby uniknąć przeciągania tego pytania do kontrowersyjnej kwestii, o którą pyta.
Edycja: W komentarzach ktoś zauważył, że Microsoft ma obietnicę społeczności, że nie będzie dochodzić praw patentowych przeciwko implementacjom .NET. Ale w obietnicy jest wystarczająco dużo legalizmu, więc nie sądzę, że naprawdę mogę być pewny, że obietnica zapewnia hermetyczną ochronę bez zatrudniania prawnika, który by ją przekroczył. Po przeczytaniu mogę wymyślić kilka potencjalnych luk, które mogłyby pozwolić Microsoftowi dochodzić praw patentowych w stosunku do Mono, ale od IANAL nie mam pojęcia, czy któraś z tych luk jest prawnie uzasadniona, czy tylko moje niezrozumienie legalizmu Microsoftu. Tak więc, choć obietnica społeczności jest zachęcająca, z pewnością nie może zakończyć kontrowersji między możliwą odpowiedzialnością patentową Mono.