Twoje pytanie jest trochę mylące. Pytasz o pobyt w Tokio, ale nie ma żadnych knajpek z gorącymi źródłami („ryokan”, jak już zauważyli inni), o których wiem w Tokio. W Tokio najlepszym wyborem na autentyczne japońskie wrażenia byłby prawdopodobnie jeden z pensjonatów.
Ryokan można jednak znaleźć w Kioto, chociaż to miasto nie jest szczególnie znane ze swoich gorących źródeł.
Jeśli chcesz dobrego ryokana w pobliżu Tokio, polecam miejscowość wypoczynkową Hakone w pobliżu Mt. Fuji Można tam znaleźć wiele ryokanów o różnych poziomach cenowych, wiele z własnymi prywatnymi kąpielami termalnymi. Jest trochę turystyczny, ale skierowany do Japończyków, a nie obcokrajowców.
Lubię też Nikko, która znajduje się w górach po drugiej stronie Tokio i oferuje kilka słynnych świątyń.
A jeśli jesteś typem żądnym przygód, posunąłbym się aż do polecania Kusatsu (prefektura Gunma, NIE Shiga), małej miejscowości wypoczynkowej w górach. Mają tam kilka „słynnych” publicznych łaźni termalnych („onsen”) i jest to jedno z najlepszych wspomnień z Japonii, jakie spędziłem tam przez rok. Nie jest tak łatwo dostać się jak inni. Zabrali nas tam niektórzy japońscy przyjaciele; pamiętam tylko, że pojechaliśmy szybkim pociągiem z tokijskiego dworca Ueno, a potem lokalnym autobusem przez kilka kilometrów. Ale zdecydowanie warto spróbować, jeśli masz czas.
Na koniec polecam skorzystanie z jednego z wielu biur podróży zlokalizowanych w całym Tokio. Nie wiem, czy o tym wiesz, ale turystyka to WIELKA firma w Japonii, a wszędzie są biura podróży, zwykle na dworcach kolejowych. Oferują zniżki na pakiety dla miejsc w całej Japonii (i na całym świecie) z doskonałą obsługą (usługa jest również czymś wielkim w Krainie Wschodzącego Słońca). Wyobrażam sobie, że agencje na jednej z głównych stacji metra (takich jak Shibuya, Shinjuku lub Tokio) będą mówić po angielsku, będą mogły dokonać rezerwacji, zarezerwować bilety kolejowe i wszystko, czego potrzebujesz.
Mam nadzieję, że to pomaga, przepraszam, że jestem tak rozwlekły, ale Japonia jest jednym z moich ulubionych miejsc ... :-)