Jakiego testu statystycznego należy użyć do testowania wzbogacenia list genów?

Przeprowadziłem eksperyment, aby przetestować wrażliwość komórkową na określony czynnik uszkadzający DNA. Znaleźliśmy 270 genów, które były szczególnie wrażliwe na lek, a całkowita liczba analizowanych genów wyniosła 3668. 38 z 270 wrażliwych genów jest klasyfikowanych jako „geny naprawy DNA”. Jeśli liczba „genów naprawy DNA” zawartych w genomie wynosi 112, a całkowita liczba genów w genomie wynosi 3668, to czy wrażliwe geny wzbogacają się w geny naprawy DNA? Jakiego testu statystycznego należy użyć? Byłbym wdzięczny, gdybyś mógł mi powiedzieć jakieś narzędzie do obliczania wartości p online.

Standardową praktyką testowania wzbogacania list genów jest wykonanie testu hipergeometrycznego lub, równoważnie, jednostronnego dokładnego testu Fishera . Masz następującą zdarzeń :$2\times2$

Możesz przeprowadzić test w Rnastępujący sposób:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Co daje bardzo znaczący wynik:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Zauważ, że gdy testujemy nadmierną reprezentację (zamiast niedostatecznej reprezentacji), alternativeparametr jest ustawiony na "greater".