Konfiguracja Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [zamknięte]

12

Kilka dni temu widziałem post, jak skonfigurować SweaveR, który pozwoliłby użytkownikowi na bezpośrednie eksportowanie rzeczy takich jak tabele, wykresy itp. Do Latex. Nie mogłem do końca postępować zgodnie ze wskazówkami.

Czy ktoś może podać instrukcje krok po kroku, jak to zrobić na komputerach Mac i Windows?

r

— GKED
źródło

1

To pytanie nie ma nic wspólnego ze statystykami stosowanymi lub teoretycznymi, i głosowałbym za jego zamknięciem, gdyby nie udzielono (dokładnych) odpowiedzi.

— chl

1

@ chl gdzie by te pytania poszły? Kiedy zacząłem, ciężko było mi znaleźć odniesienia do konfigurowania R, splotu i lateksu, dlatego odpowiedziałem.

— richiemorrisroe

1

@richiemorrisroe Cóż, przynajmniej szybkie sprawdzenie SO i Google byłoby pomocne (IMHO). Nie krytykuję samego pytania, tylko fakt, że takie pytania tak naprawdę nie są zgodne z CV FAQ i innymi pytaniami tutaj, ale mogę się mylić. Głosowałem za twoją odpowiedzią, a także z odpowiedzią @ PaulHurleyuk. Wydaje mi się, że to pytanie pozostanie żywe z powodu twoich odpowiedzi (chociaż głosowanie już się zakończyło, co było również powodem mojego ostrzeżenia).

— chl

7

Używam Eclipse / StatEt do tworzenia dokumentów przy pomocy Sweave i LaTex, i uważam, że Eclipse jest idealny jako środowisko edycyjne. Mogę polecić następujące przewodniki:

Przewodnik w formacie Longhow Lam
Post Jeromy Anglim (uwaga ta zawiera informacje na temat instalacji pakietu RJ wymaganego dla najnowszych wersji StatEt.)

Używam również MikTexa w systemie Windows i po skonfigurowaniu wszystko działa naprawdę dobrze. Istnieje również kilka dobrych pytań i odpowiedzi na temat Przepełnienia stosu .

— PaulHurleyuk
źródło

3

Dla mnie odkryłem, że Eclipse był przesadą w tworzeniu prac naukowych. Tak więc w przypadku systemu Windows wykonałem następujące czynności: Zainstaluj Miktex 2.8 (nie jestem pewien wersji). Upewnij się, że instalujesz Miktex w katalogu takim jak C: \ Miktex, ponieważ Latex nienawidzi ścieżek plików ze spacjami. Pamiętaj, aby wybrać opcję instalacji pakietów w locie.

Upewnij się także, że R jest zainstalowany gdzieś, gdzie lateks może go znaleźć, tj. Na ścieżce bez spacji. Zainstalowałem Centrum TechNix jako mój program do pisania dokumentów, ale istnieje wiele innych, takich jak WinEdt, eclipse, texmaker lub rzeczywiście Emacs. Teraz upewnij się, że masz \ usepackage {Sweave} i usepackage {graphicx} w preambule. Jak zapewne wiesz, musisz umieścić <> = na początku swojej części R i zakończyć ją @. Będziesz potrzebował pakietu xtable lub Hmisc, aby przekonwertować obiekty R na format lateksowy.

Lubię xtable, ale prawdopodobnie będziesz musiał zrobić sporo żonglowania obiektami, aby uzyskać formę akceptowaną przez xtable (wyjścia lm, ramki danych, macierze). Wstawiając tabelę, pamiętaj o umieszczeniu opcji results = tex w preambule dla fragmentu kodu, a jeśli potrzebujesz figury, upewnij się, że jest tam również opcja fig = TRUE. Możesz także wygenerować tylko jedną liczbę na porcję, więc miej to na uwadze. Należy być bardzo ostrożnym, ponieważ kod R znajduje się w skrajnym lewym rogu strony, tak jakby był zamknięty w środowisku, wówczas zostanie zignorowany (zajęło mi to dużo czasu, aby to zrozumieć).

Musisz zapisać plik jako .Rnw - upewnij się, że żaden program tekstowy, którego używasz, nie dołącza później .tex, ponieważ spowoduje to problemy.

Następnie albo uruchom R CMD Sweave foo.Rnw z linii poleceń, albo z poziomu R uruchom Sweave („foo.Rnw”). Nieuchronnie zawiedzie w pewnym momencie (zwłaszcza jeśli nie zrobiłeś tego wcześniej), więc po prostu debuguj plik .Rnw, spłucz i powtórz.

Jeśli robisz to po raz pierwszy, może okazać się łatwiej kodować wszystkie analizy R z poziomu r, a następnie użyć instrukcji print, aby wstawić je do LaTex. Nie zaleciłbym tego jednak jako dobrego pomysłu, ponieważ jeśli odkryjesz, że w pliku danych występują błędy na końcu tej procedury (tak jak zrobiłem to w zeszły weekend), będziesz musiał ponownie uruchomić wszystkie analizy, co jeśli możesz poprawnie od samego początku można uniknąć lateksu.

Obliczenia Sweave mogą również zająć trochę czasu, więc możesz skorzystać z pakietu cacheSweave pakietu R, aby zapisać analizy ponownego uruchamiania. Najwyraźniej wyróżnienie pakietu R pozwala na kodowanie kolorami kodu R w dokumentach, ale nie użyłem tego.

Nigdy nie używałem lateksu ani R na komputerze Mac, więc zostawię to wytłumaczenie komuś innemu. Mam nadzieję że to pomoże.

— richiemorrisroe
źródło

2

RStudio (rstudio.org) sprawia, że wszystko jest całkiem proste, zakładając, że LaTeX jest już zainstalowany w twoim systemie. Istnieje przycisk PDF, który uruchamia kod przez Sweave, następnie uruchamia go przez pdflatex i uruchamia przeglądarkę pdf.

— Frank Harrell
źródło

+1 Zgadzam się. Chociaż nie jest to bezpośrednia odpowiedź na pytanie GKED, myślę, że użytkownicy szukający narzędzi takich jak StatET są często tacy sami, jak ci, którzy mogliby skorzystać z RStudio (tj. Niekoniecznie użytkownicy zanurzeni w Emacs / ESS z entuzjazmem). Podczas gdy zarówno R Studio, jak i StatET oferują podobną funkcjonalność, RStudio wygrywa pod względem łatwości konfiguracji.

— Jeromy Anglim

1

Zainstalowałem ten pakiet całkiem niedawno i postępowałem zgodnie z instrukcjami według instrukcji tutaj .

Istnieją linki do wszystkich wymaganych wymaganych komponentów oprogramowania. Używam MiKTex dla wszystkich komponentów LaTex.

Istnieje kilka pułapek, jeśli planujesz używać 64-bitowych okien, ponieważ będziesz potrzebować dodatkowego 64-bitowego środowiska wykonawczego java. Jest to dość łatwe do przezwyciężenia, jeśli przejdziesz do java.com w 64-bitowej przeglądarce IE i zweryfikujesz swoją instalację, wskaże ci 64-bitowy instalator, który w innym przypadku byłby trudny do znalezienia.

Aby uniknąć chodzenia ze zmiennymi ścieżek, po prostu wyodrębniłem folder eclipse w C: \ Program Files, ponieważ tutaj mieszka java i 64-bitowy R. Stąd opcje konfiguracji w eclipse można łatwo uruchomić automatycznie i znaleźć odpowiednie parametry.

Mam nadzieję, że to pomoże.

— Jan
źródło