Jakie są łatwe do zinterpretowania miary dopasowania do liniowych modeli efektów mieszanych?


37

Obecnie używam pakietu R. lme4 .

Używam liniowych modeli efektów mieszanych z efektami losowymi:

library(lme4)
mod1 <- lmer(r1 ~ (1 | site), data = sample_set) #Only random effects
mod2 <- lmer(r1 ~ p1 + (1 | site), data = sample_set) #One fixed effect + 
            # random effects
mod3 <- lmer(r1 ~ p1 + p2 + (1 | site), data = sample_set) #Two fixed effects + 
            # random effects

Aby porównać modele, używam anovafunkcji i patrzę na różnice w AIC w stosunku do najniższego modelu AIC:

anova(mod1, mod2, mod3)

Powyższe jest odpowiednie do porównywania modeli.

Potrzebuję jednak również prostego sposobu interpretacji miar dopasowania dla każdego modelu. Czy ktoś ma doświadczenie z takimi środkami? Zrobiłem trochę badań, i są czasopisma na temat kwadratu R dla stałych efektów modeli efektów mieszanych:

  • Cheng, J., Edwards, LJ, Maldonado-Molina, MM, Komro, KA i Muller, KE (2010). Rzeczywista analiza danych podłużnych dla prawdziwych ludzi: zbudowanie wystarczająco dobrego modelu mieszanego. Statystyka w medycynie, 29 (4), 504–520. doi: 10.1002 / sim.3775
  • Edwards, LJ, Muller, KE, Wolfinger, RD, Qaqish, BF i Schabenberger, O. (2008). Statystyka R2 dla stałych efektów w liniowym modelu mieszanym. Statystyka w medycynie, 27 (29), 6137-6157. doi: 10.1002 / sim.3429

Wydaje się jednak, że istnieje pewna krytyka dotycząca stosowania środków takich jak te zaproponowane w powyższych dokumentach.

Czy ktoś mógłby zasugerować kilka łatwych do interpretacji miar dobroci dopasowania, które mogą mieć zastosowanie do moich modeli?


2
Naprawdę podoba mi się pytanie, ale stosowanie testów współczynnika wiarygodności w celu ustalenia, czy potrzebne są stałe efekty, nie jest zalecaną strategią, zobacz często zadawane pytania . Dlatego powyższe nie jest odpowiednie do porównywania modeli.
— Henrik

Dzięki, Henrik. Często zadawane pytania są bardzo pomocne. Wygląda na to, że próbkowanie Monte Carlo przez Markova może być dobrą strategią do porównania moich modeli.
— mjburns

1
Problem z MCMC polega na tym, że możesz mieć tylko proste losowe efekty (jak w twoim przykładzie). Postawiłbym na przybliżenie Kenwarda-Rogera do stopni swobody, ponieważ dotyczy to również bardziej skomplikowanych modeli. Zobacz funkcję mixed()w moim pakiecie afex ( wersja rozwojowa ma również parametryczny bootstrap ). Zobacz tutaj, aby uzyskać odniesienia .
— Henrik

OK, Henrik. Udało mi się uruchomić twoją funkcję mixed () z pakietu afex. Czy mógłby Pan doradzić, w jaki sposób mogę wykorzystać Afex do porównania modeli? Jakich środków mogę użyć, aby zdecydować, czy jeden model jest bardziej prawdopodobny niż inny? Dzięki.
— mjburns

Odpowiedź na to pytanie jest trudna, być może zadajesz osobne pytanie, podając więcej szczegółów. Ale krótko mówiąc, afex stara się pomóc ci ocenić, czy pewne efekty (lub lepsze modele, w tym ten efekt) są znaczące. W tym celu korzysta KRmodcompz pakietu pbkrtest. Możesz także użyć KRmodcompbezpośrednio do porównania modeli.
— Henrik

Odpowiedzi:


3

Nie ma nic takiego jak łatwa do interpretacji miara dopasowania dla liniowych modeli mieszanych :)

Losowego Fit (mod1) może być mierzona ICCi ICC2(stosunek wariancja rozliczony poprzez losowych, a pozostały wariancji). pakiet psychometryczny R zawiera funkcję wyodrębnienia ich z obiektu lme.

Można użyć R2do oceny ustalonego efektu (mod2, mod3), ale może to być trudne: gdy dwa modele pokazują podobny R2, może być tak, że jeden jest bardziej „dokładny”, ale jest maskowany przez jego stały współczynnik ” odejmując „większy komponent wariancji od efektu losowego. Z drugiej strony łatwo jest zinterpretować większy R2 modelu najwyższego rzędu (np. Mod3). W rozdziale o modelach mieszanych Baayen jest miła dyskusja na ten temat. Ponadto samouczek jest bardzo jasny.

Możliwym rozwiązaniem jest rozważenie każdego z nich variance componentniezależnie, a następnie użycie ich do porównania modeli.


1
Czy możesz nam powiedzieć, do jakiego odniesienia się odwołujesz, gdy mówisz rozdział Baayena?
— KH Kim

tak, referencja jest zepsuta!
— Ciekawy

Znalazłem ten cytat, nie jestem pewien, czy to jest to, ale nigdzie nie mogę uzyskać pliku PDF: BaayenR. H., Analiza danych językowych: Praktyczne wprowadzenie do statystyki za pomocą R. Cambridge: Cambridge University Press, 2008. Pp. 368. ISBN-13: 978-0-521-70918-7. - Tom 37 Numer 2 - Grzegorz Krajewski, Danielle Matthews
— Ciekawy

1
Dawajcie ludzie. Gdzie jest twój google-foo? Wyszukaj w „baayenCUPstats.pdf: pierwsze uderzenie: sfs.uni-tuebingen.de/~hbaayen/publications/baayenCUPstats.pdf
— DW12
Korzystając z naszej strony potwierdzasz, że przeczytałeś(-aś) i rozumiesz nasze zasady używania plików cookie i zasady ochrony prywatności.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.