Jak mogę oszacować 95% przedziały ufności za pomocą profilowania parametrów oszacowanych przez maksymalizację funkcji wiarygodności logarytmicznej przy użyciu funkcji Optim w R?

9

Wiem, że mogę asymptotycznie oszacować macierz kowariancji, odwracając hessian , ale obawiam się, że moje dane nie spełniają założeń wymaganych do prawidłowości tej metody. Wolałbym oszacować przedziały ufności za pomocą innej metody.

Czy metoda wiarygodności profilu jest odpowiednia, jak omówiono w Stryhn i Christensen oraz w książce Venables and Ripley's MASS, § 8.4, s. 220–221?

Jeśli tak, to czy są jakieś pakiety, które mogą pomóc mi to zrobić w R? Jeśli nie, to jak wyglądałby pseudo-kod dla takiej metody?

— fmark
źródło

6

mleFunkcji z pakietu stats4 jest otoką optim, który sprawia, że dość łatwe do wykonania obliczeń profil wiarogodności. Zobacz help("profile,mle-method", package = "stats4")po więcej informacji.

— NRH
źródło

Właśnie to chcę zrobić :) Teraz, aby działało!

— fmark

@fmark, jak łatwe jest poprawne działanie, zależy od problemu optymalizacji. Często go używam do nauczania z dość prostymi problemami (jeden do trzech parametrów) i „ładnymi” modelami oraz do prostych problemów praktycznych. Jednak jeśli prawdopodobieństwo optymalizacji i profilowania jest trudne, prawdopodobnie nie będzie działać od razu po wyjęciu z pudełka.

— NRH

2

Jest to pakiet ProfileLikelihood jeśli używasz nlme. Osobiście nie udało mi się z niego skorzystać.

Za pomocą pakietu lme4a lub lmeEigen dostępna jest funkcja profile (), która dokładnie ma na celu robienie tego, co chcesz. Spróbuj czegoś takiego, aby zainstalować te pakiety:

install.packages("lme4a",repos="http://lme4.r-forge.r-project.org/repos")

lub przejdź do strony internetowej, aby uzyskać archiwum zip. Podobnie i niestety nie udało mi się go użyć :) Może powinniśmy poczekać na aktualizację lme4.

Metodę tę opisano szczegółowo w książce Douglasa Batesa

EDYCJA: Fajnie! Funkcja profile () dla mniejszych modeli jest teraz dostępna w najnowszej wersji lme4, którą można zainstalować, wpisując:

install.packages("lme4",repos="http://r-forge.r-project.org")

— Stéphane Laurent
źródło

Zdaję sobie sprawę, że nie przeczytałem wystarczająco oryginalnego pytania. Moja odpowiedź dotyczy przypadku modeli mieszanych. Myślę, że odpowiedź NRH poniżej dotyczy klasycznych modeli.

— Stéphane Laurent