Najlepszy sposób na interakcję z sesją R. działającą w chmurze

Mam R działającą na Amazon EC2, używając zmodyfikowanej wersji bioprzewodnika AMI . Obecnie używam putty do ssh na moim serwerze, rozpoczynając R z wiersza poleceń, a następnie kopiując i wklejając mój skrypt z notatnika ++ do mojej sesji putty.

Chodzi o to, że nienawidzę cięcia i wklejania. Czuję się jak w epoce kamienia łupanego i czasami mam dziwne problemy z buforowaniem, które psują mój kod. Nie mogę korzystać z RStudio , ponieważ nie obsługuje on wielordzeniowych rdzeni , od których w dużej mierze zależę .

Jaki jest bardziej elegancki sposób to zrobić?

/ Edycja: Dziękujemy za wszystkie świetne sugestie. Na razie przeszedłem na używanie foreach z backendem doRedis, który działa świetnie na moim Macu, komputerze i amazonie za pośrednictwem RStudio. Ta zmiana była dość łatwa, gdy nauczyłem się pisać funkcję, która emuluje „lapply” za pomocą „foreach”. (Również doRedis jest niesamowity!)

Mogę wymyślić kilka sposobów. Zrobiłem to całkiem sporo i oto sposoby, które uważam za najbardziej przydatne:

1. Tryb demona Emacsa . ssh do instancji EC2 za pomocą przełącznika -X, więc przesyła X okna z powrotem do twojego komputera usuwającego. Korzystanie z trybu demona zapewni, że nie stracisz stanu, jeśli połączenie zostanie przekroczone lub zostanie zerwane
2. Zamiast korzystać z pakietu wielordzeniowego, użyj innego równoległego zaplecza z pakietem foreach. W ten sposób możesz korzystać z RStudio, co jest fantastyczne. Foreach jest świetny, ponieważ możesz przetestować swój kod w trybie nierównoległym, a następnie przejść do trybu równoległego, po prostu zmieniając backend (1 lub 2 linie kodu). Polecam backend doRedis. Jesteś w chmurze, równie dobrze możesz odpalić wiele maszyn!

Najwygodniej jest po prostu zainstalować serwer VNC i niektóre lekkie środowisko, takie jak XFCE, i stworzyć wirtualną sesję, z której można korzystać z dowolnego miejsca (nadal się rozłącza), tj. Coś takiego:

Dodatkowymi zaletami jest to, że możesz używać lokalnego schowka na wirtualnym pulpicie i widzieć wykresy R znacznie szybciej niż przez przesyłanie lub kopiowanie plików graficznych za pomocą X11.

Trwa trochę wysiłku, aby wszystko poprawnie skonfigurować (X init, tunel ssh), ale Internet jest pełen samouczków, jak to zrobić.

Nie wiem, jak działa Amazon EC2, więc może moje proste rozwiązania nie działają. Ale zwykle używam scp lub sftp (przez WinSCP, jeśli jestem w systemie Windows) lub git.

Użyłbym rsync do wypchnięcia skryptów i plików danych na serwer, a następnie „nohup Rscript myscript.R> output.out &”, aby uruchomić rzeczy, a po zakończeniu rsync, aby pobrać wyniki.

VIM + tmux + VIM Slime. Otrzymasz największy edytor tekstu i możliwość wysyłania kodu z edytora do wiersza poleceń R. (tak jak w Rstudio).

Używam R Studio na EC2 cały czas dzięki AMI stworzonym przez Louisa Asletta . Nie musisz znać żadnego SSH ani niczego (oczywiście innego niż R). Potrzebujesz tylko konta EC2. Jak wspomniano w jednej z pozostałych odpowiedzi, R Studio obsługuje obliczenia równoległe, na przykład za pośrednictwem pakietu foreach . To naprawdę pozwala wykorzystać moc EC2. Korzystając z instancji zoptymalizowanej pod kątem obliczeń (32 rdzenie), byłem w stanie znacznie skrócić czas szkolenia dla moich modeli ML bez żadnych kosztów (kilka dolców za godzinę).