Powolny dostęp do systemu plików

Próbuję zdiagnozować problem z wolnym systemem plików na serwerze, którym się opiekuję. Trwa to już od dłuższego czasu i zabrakło mi pomysłów na to, co mogę spróbować. Oto jego grubość.

Sam serwer to Dell Poweredge T310. Ma w nim 4 dyski twarde SAS, skonfigurowane na RAID5, i działa Citrix XenServer 5.6. VM jest (względnie) starą instalacją Debiana 5.0.6. Ma 4 rdzenie i 4 GB pamięci RAM. Ma 3 tomy. Wolumin 10 Gb (ext3) dla systemu, wolumin 980 Gb (xfs) dla danych (pełny ~ 94%) i kolejny wolumen 200 Gb (xfs) dla danych (pełny ~ 13%).

Oto dziwna rzecz. Dostęp do odczytu / zapisu do woluminu 980 Gb jest naprawdę wolny. Mogę uzyskać z tego 5 Mb / s, jeśli będę miał szczęście. Na początku pomyślałem, że to właściwie dostęp do dysku w systemie lub na poziomie hiperwizora, ale wykluczyłem to całkowicie, ponieważ inne maszyny wirtualne na tym samym hoście działają idealnie w porządku (dobre kilkaset Mb / s dostępu do dysku z / w). Więc zacząłem celować w tę konkretną maszynę wirtualną. Zacząłem myśleć, że to XFS, ale aby to udowodnić, nie zamierzałem zmieniać systemu plików na dysku 980 Gb, z latami miliardów plików. Udostępniłem więc napęd 200 Gb i wykonałem ten sam test odczytu / zapisu (w zasadzie dd) i uzyskałem dobry dostęp do niego za kilkaset Mb / sr / w. To wykluczało maszynę wirtualną, sprzęt i typ systemu plików.

Jest ich również wiele w /var/log/kern.log; (przepraszam, to jest dość długie)

Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564689] httpd: page allocation failure. order:5, mode:0x4020
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564693] Pid: 7318, comm: httpd Not tainted 2.6.32-4-686-bigmem #1
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564696] Call Trace:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564705]  [<c1092a4d>] ? __alloc_pages_nodemask+0x476/0x4e0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564711]  [<c1092ac3>] ? __get_free_pages+0xc/0x17
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564716]  [<c10b632e>] ? __kmalloc+0x30/0x128
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564722]  [<c11dd774>] ? pskb_expand_head+0x4f/0x157
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564727]  [<c11ddbbf>] ? __pskb_pull_tail+0x41/0x1fb
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564732]  [<c11e4882>] ? dev_queue_xmit+0xe4/0x38e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564738]  [<c1205902>] ? ip_finish_output+0x0/0x5c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564742]  [<c12058c7>] ? ip_finish_output2+0x187/0x1c2
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564747]  [<c1204dc8>] ? ip_local_out+0x15/0x17
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564751]  [<c12055a9>] ? ip_queue_xmit+0x31e/0x379
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564758]  [<c1279a90>] ? _spin_lock_bh+0x8/0x1e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564767]  [<eda15a8d>] ? __nf_ct_refresh_acct+0x66/0xa4 [nf_conntrack]
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564773]  [<c103bf42>] ? _local_bh_enable_ip+0x16/0x6e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564779]  [<c1214593>] ? tcp_transmit_skb+0x595/0x5cc
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564785]  [<c1005c4f>] ? xen_restore_fl_direct_end+0x0/0x1
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564791]  [<c12165ea>] ? tcp_write_xmit+0x7a3/0x874
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564796]  [<c121203a>] ? tcp_ack+0x1611/0x1802
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564801]  [<c10055ec>] ? xen_force_evtchn_callback+0xc/0x10
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564806]  [<c121392f>] ? tcp_established_options+0x1d/0x8b
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564811]  [<c1213be4>] ? tcp_current_mss+0x38/0x53
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564816]  [<c1216701>] ? __tcp_push_pending_frames+0x1e/0x50
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564821]  [<c1212246>] ? tcp_data_snd_check+0x1b/0xd2
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564825]  [<c1212de3>] ? tcp_rcv_established+0x5d0/0x626
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564831]  [<c121902c>] ? tcp_v4_do_rcv+0x15f/0x2cf
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564835]  [<c1219561>] ? tcp_v4_rcv+0x3c5/0x5c0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564841]  [<c120197e>] ? ip_local_deliver_finish+0x10c/0x18c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564846]  [<c12015a4>] ? ip_rcv_finish+0x2c4/0x2d8
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564852]  [<c11e3b71>] ? netif_receive_skb+0x3bb/0x3d6
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564864]  [<ed823efc>] ? xennet_poll+0x9b8/0xafc [xen_netfront]
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564869]  [<c11e40ee>] ? net_rx_action+0x96/0x194
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564874]  [<c103bd4c>] ? __do_softirq+0xaa/0x151
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564878]  [<c103be24>] ? do_softirq+0x31/0x3c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564883]  [<c103befa>] ? irq_exit+0x26/0x58
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564890]  [<c118ff9f>] ? xen_evtchn_do_upcall+0x12c/0x13e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564896]  [<c1008c3f>] ? xen_do_upcall+0x7/0xc
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564899] Mem-Info:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564902] DMA per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564905] CPU    0: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564908] CPU    1: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564911] CPU    2: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564914] CPU    3: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564916] Normal per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564919] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd: 175
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564922] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd: 165
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564925] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:  30
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564928] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd: 140
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564931] HighMem per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564933] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd: 159
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564936] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd:  22
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564939] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:  24
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564942] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd:  13
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564947] active_anon:485974 inactive_anon:121138 isolated_anon:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564948]  active_file:75215 inactive_file:79510 isolated_file:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564949]  unevictable:0 dirty:516 writeback:15 unstable:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564950]  free:230770 slab_reclaimable:36661 slab_unreclaimable:21249
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564952]  mapped:20016 shmem:29450 pagetables:5600 bounce:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564958] DMA free:2884kB min:72kB low:88kB high:108kB active_anon:0kB inactive_anon:0kB active_file:5692kB inactive_file:724kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:15872kB mlocked:0kB dirty:8kB writeback:0kB mapped:0kB shmem:0kB slab_reclaimable:5112kB slab_unreclaimable:156kB kernel_stack:56kB pagetables:0kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564964] lowmem_reserve[]: 0 698 4143 4143
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564977] Normal free:143468kB min:3344kB low:4180kB high:5016kB active_anon:56kB inactive_anon:2068kB active_file:131812kB inactive_file:131728kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:715256kB mlocked:0kB dirty:156kB writeback:0kB mapped:308kB shmem:4kB slab_reclaimable:141532kB slab_unreclaimable:84840kB kernel_stack:1928kB pagetables:22400kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564983] lowmem_reserve[]: 0 0 27559 27559
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564995] HighMem free:776728kB min:512kB low:4636kB high:8760kB active_anon:1943840kB inactive_anon:482484kB active_file:163356kB inactive_file:185588kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:3527556kB mlocked:0kB dirty:1900kB writeback:60kB mapped:79756kB shmem:117796kB slab_reclaimable:0kB slab_unreclaimable:0kB kernel_stack:0kB pagetables:0kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565001] lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565011] DMA: 385*4kB 16*8kB 3*16kB 9*32kB 6*64kB 2*128kB 1*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 2900kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565032] Normal: 21505*4kB 6508*8kB 273*16kB 24*32kB 3*64kB 0*128kB 0*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 143412kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565054] HighMem: 949*4kB 8859*8kB 7063*16kB 6186*32kB 4631*64kB 727*128kB 6*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 776604kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565076] 198980 total pagecache pages
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565079] 14850 pages in swap cache
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565082] Swap cache stats: add 2556273, delete 2541423, find 82961339/83153719
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565085] Free swap  = 250592kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565087] Total swap = 385520kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575454] 1073152 pages RAM
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575458] 888834 pages HighMem
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575461] 11344 pages reserved
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575463] 1090481 pages shared
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575465] 737188 pages non-shared

Nie mam pojęcia, co to znaczy. Jest dużo wolnej pamięci;

             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:       4247232    3455904     791328          0       5348     736412
-/+ buffers/cache:    2714144    1533088
Swap:       385520     131004     254516

Chociaż teraz widzę, że zamiana jest stosunkowo niewielka, ale czy to ma znaczenie?

Zaczynałem myśleć o fragmentacji lub użyciu i-węzła na tej dużej partycji, ale ostatnie fsck pokazało, że jest ona fragmentowana jak 0,5%. Co pozostawia mi użycie i-węzła, ale jaki efekt miałby naprawdę duży stół i-węzeł lub system plików TOC?

Uwielbiam słyszeć opinie ludzi na ten temat. To doprowadza mnie do nocnika!

df -h wyjście;

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1            9.5G  6.6G  2.4G  74% /
tmpfs                 2.1G     0  2.1G   0% /lib/init/rw
udev                   10M  520K  9.5M   6% /dev
tmpfs                 2.1G     0  2.1G   0% /dev/shm
/dev/xvdb             980G  921G   59G  94% /data

wyjście xfs_db;

# xfs_db -r -c frag /dev/xvdb
actual 15687263, ideal 15385050, fragmentation factor 1.93%

W tym przypadku może to być nadal system plików XFS. Możesz mieć poważne problemy z fragmentacją, a także spowolnienie związane z prawie pełnym systemem plików. W obu przypadkach możesz zyskać więcej miejsca.

Sprawdź fragmentację systemu plików XFS. Możesz to zrobić za pomocą xfs_dbpolecenia. Jeśli /dev/sdb1na przykład systemem plików jest polecenie, polecenie wyglądałoby następująco:

xfs_db -r -c frag /dev/sdb1

To wygeneruje współczynnik fragmentacji:

actual 66524, ideal 55966, fragmentation factor 15.87%

Możesz uruchomić narzędzie do defragmentacji online xfs_fsr -v, w screensesji, aby spróbować to naprawić. Domyślnie polecenie działa przez 2 godziny lub TEN przechodzi do systemu plików. Być może będziesz musiał uruchomić go wiele razy. Sprawdź współczynnik fragmentacji między przebiegami.

Uniksowe systemy plików nie lubią być pełne. Spróbuj rozwinąć wolny system plików. Jeśli nie jest to możliwe, spróbuj go zdefragmentować za pomocą xfs_fsr

Istnieją dwa narzędzia, za pomocą których można sprawdzić, co dzieje się na serwerze. iostat i iotop pomogą zlokalizować problem.

Jeśli chcesz dwa przypisać priorytety, które inny proces ma na twoim serwerze w stosunku do IO, możesz użyć ionice . Może to wystarczyć do rozwiązania problemów, ale prawdopodobnie jest to rozwiązanie tymczasowe. Możesz zajrzeć do innej pamięci lub alokacji zasobów dla swojego serwera.

iostat
Iostat można wykorzystać do określenia, które urządzenia pamięci / pamięci spowalniają Twój serwer. Ma kilka fajnych statystyk iowait. Gdy dowiesz się, które urządzenie spowalnia ruch, możesz mieć lepszy pomysł na to, gdzie skupić uwagę.

$ iostat
Linux 3.2.0-30-generic (aaron-laptop) 11/09/2012 _x86_64_ (4 CPU)

avg-cpu:% user% nice% system% iowait% steal% idle
           5,83 0,07 3,00 1,81 0,00 89,29

Urządzenie: tps kB_read / s kB_wrtn / s kB_read kB_wrtn
sda 20,64 231,97 76,26 1290702 424315

iotop Doskonale nadaje się
do identyfikowania, który proces czeka najdłużej na zakończenie operacji we / wy, lub jest najbardziej intensywny.

Całkowity odczyt dysku: 0,00 B / s | Całkowita ZAPIS DYSKU: 9,89 K / s
  TID PRIO DYSK UŻYTKOWNIKA ODCZYTAJ DYSK PISZ SWAPIN IO> POLECENIE          
  349 be / 3 root 0,00 B / s 1012,49 B / s 0,00% 1,79% [jbd2 / sda3-8]
    1 be / 4 root 0,00 B / s 0,00 B / s 0,00% 0,00% init
    2 be / 4 root 0,00 B / s 0,00 B / s 0,00% 0,00% [kthreadd]
    3 be / 4 root 0,00 B / s 0,00 B / s 0,00% 0,00% [ksoftirqd / 0]

jonice

 ionice --help

ionice - ustawia lub pobiera klasę i priorytet szeregowania procesów io.

Stosowanie:
  ionice [OPCJA] -p PID [PID ...]
  ionice [OPCJA] POLECENIE

Opcje:
  -c, --class nazwa lub numer klasy planowania
                           0: brak, 1: czas rzeczywisty, 2: najlepszy wysiłek, 3: bezczynność
  -n, --classdata dane klasy planowania
                           0–7 dla zajęć w czasie rzeczywistym i najlepszych ćwiczeń
  -p, --pid = Wyświetl PID lub zmodyfikuj już uruchomiony proces
  -t, --ignore ignoruje awarie
  -V, - wersja informacji o wersji wyjścia i wyjście
  -h, --help wyświetl tę pomoc i wyjdź