Miejsca publikacji artykułów podkreślających oprogramowanie

Oprogramowanie jest podstawową częścią nauki obliczeniowej i jest coraz częściej uznawane za istotną część dokumentacji naukowej. Biorąc pod uwagę wartość wykorzystania istniejącego i dobrze przetestowanego kodu, warto zakomunikować istnienie użytecznych kodów tak szeroko, jak to możliwe, i pochwalić ich twórców. W środowisku akademickim oznacza to publikowanie niektórych artykułów, które koncentrują się głównie na oprogramowaniu.

Gdzie można publikować prace naukowe, których głównym celem jest oprogramowanie komputerowe? Aby być całkowicie jasnym, odnoszę się do prac, które mogą nie zawierać żadnej nowej matematyki, algorytmów itp. - naprawdę koncentrują się na oprogramowaniu.

Chciałbym również dowiedzieć się od tych, którzy przesłali takie dokumenty do tych czasopism, jakie były doświadczenia i jakie miejsca polecają.

Podsumowanie udzielonych odpowiedzi:

• Transakcje na oprogramowaniu matematycznym
• Programowanie naukowe
• SIAM Journal on Scientific Computing (SISC) sekcja oprogramowania
• Archiwum oprogramowania numerycznego
• Otwarte obliczenia badawcze
• Komunikacja w dziedzinie fizyki komputerowej
• Postępy w oprogramowaniu inżynierskim
• Journal of Statistics Software
• Journal of Chemical Theory and Computation
• Kod źródłowy dla biologii i medycyny
• PLoS ONE
• International Journal of Quantum Chemistry
• Epidemiologia
• Informatyka w nauce i inżynierii
• Journal of Computational Chemistry
• Opracowanie modelu geonaukowego
• Journal of Machine Learning Research
• Obliczenia programowania matematycznego
• Journal of Open Source Software
• Oprogramowanie X

Istnieje kilka innych czasopism specyficznych dla aplikacji: na przykład Journal of Computational Physics lub Computer Physics Communications , które akceptują artykuły zarówno o algorytmach, jak i oprogramowaniu stosowanym do ich implementacji. Jeśli jesteś w dziedzinie chemii, Journal of Chemical Theory and Computation może być kolejnym czasopismem do rozważenia. Wszystkie te pozwalają na publikację pakietów - widziałem omówione w nich kody. Komputery i inżynieria chemiczna zezwalają na dokumenty z implementacją oprogramowania, ale muszą zrobić coś oryginalnego - nie może to być dokument „stopniowego postępu”.

Postępy w oprogramowaniu inżynierskim są dobre, a aplikacje różnią się znacznie.

Journal of Statistical Software jest jeszcze jeden, który koncentruje się na oprogramowaniu, ale jest specyficzne dla aplikacji. Dużo R ​​w tym.

Powinienem dodać, że nigdy nie publikowałem w żadnym z nich, więc nie mogę mówić o tym doświadczeniu, ale śledzę je i uważam, że artykuły są dobrej jakości.

Opublikowałem kilka artykułów na temat oprogramowania. Jednym z nich był Kod źródłowy BMC w biologii i medycynie - Projekt Multiscale Systems Immunology: oprogramowanie do symulacji immunologicznej opartej na komórkach oraz PLoS ONE - SNPpy - zarządzanie bazą danych dla danych SNP z badań Genome Wide Association .

To dwa bardzo różne projekty. Ten pierwszy jest systemem opartym na czynnikach symulacyjnych napisanym do modelowania układów immunologicznych, więc należy do biologii obliczeniowej. Ten ostatni jest systemem baz danych do zarządzania danymi SNP w kontekście GWAS, więc należy do bioinformatyki.

Jeśli chodzi o doświadczenie wydawnicze - czas oczekiwania był krótki w porównaniu do prac matematycznych, co było dobre. Recenzenci nie sprawili mi trudności, co też było dobre. Z drugiej strony, publikacja dokumentu programowego jest niezwykle czasochłonna. Masz do czynienia z papierem i bazą kodów, nie wspominając o dokumentacji użytkownika.

Niepokojące było to, że widziałem niewiele dowodów, że recenzenci rzeczywiście starali się uruchomić oprogramowanie i zero dowodów, że rozumieli projekt kodu, a nawet patrzyli na kod. Oba dzienniki powyżej miały po dwa raporty recenzentów. W pierwszym przypadku (BMC) jeden z recenzentów wskazał, że próbował zainstalować / uruchomić oprogramowanie i nie powiódł się (problem, który rozwiązaliśmy), ale z czterech recenzji, to był jedyny, który konkretnie wspominał cokolwiek o rzeczywistym oprogramowaniu. Większość komentarzy była bardziej ogólna, dotyczyła kwestii naukowych i odnosiła się do kwestii, które przedstawiłem w artykule. Ogólnie rzecz biorąc, mam wrażenie, że recenzenci po prostu czytali gazetę. W idealnym świecie recenzent zainteresowałby się również projektem oprogramowania i szczegółami kodu, w tym takimi kwestiami jak wydajność, zależności, przenośność, rozszerzalność i testowanie. Recenzenci SNPpy pytali o przenośność i rozszerzalność. tak jak twierdziłem w artykule, że oprogramowanie jest zarówno przenośne, jak i rozszerzalne, ale nie sądzę, żeby faktycznie patrzyli na kod. Mówiąc uczciwie, zrozumienie, na czym polega nietrywialna baza kodu, jest ciężką pracą, a być może więcej niż można się spodziewać po nieopłaconym recenzencie.

Użyłem LaTeXa do obu tych dokumentów. W przypadku PLoS wymagało to sporo skoków przez obręcze, aby manuskrypt wyglądał tak, jak chcieli, ponieważ tak naprawdę nie używają LaTeXa i uruchomili jakiś program do konwersji. PLoS zrobił bałagan w konwersji moich danych, które zostały wykonane przy użyciu TikZ, i były bardzo miłe, ale nie wiedziałbyś, że patrząc na ich wersję. Warto również zauważyć, że PLoS nie dostarcza dowodów manuskryptu.

Raport Journal of Computational Chemistry (sekcja artykułów specjalnych) i International Journal of Quantum Chemistry dotyczący oprogramowania i algorytmów.

Dwa, których jeszcze nie widziałem na tej liście, które mogą kiedyś zainteresować kogoś poza mną, to American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Jeśli napisałeś sprytne oprogramowanie, by osiągnąć coś, na czym im zależy Epidemiolog, mogą go opublikować. Widziałem ostatnio przynajmniej krótkie artykuły na temat makr SAS, aby przeprowadzić nieco bardziej wyrafinowaną analizę statystyczną, program, który wykonuje regresję punktów łączenia, i który wykonuje pewne specyficzne dla danego pola rzeczy z ukierunkowanymi wykresami acyklicznymi.

Okazuje się, że jedna ze wspomnianych publikacji była w Epidemiologii : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Żaden dziennik, który, jak podejrzewam, nie mówi, że szukają artykułów na temat oprogramowania - co jest związane z branżowymi czasopismami w dyscyplinie, która nie jest oprogramowaniem, ale analiza obejmująca oprogramowanie nie jest rzadkością, a link jest przykładem artykuł w całości poświęcony oprogramowaniu.

AJE:

Artykuły dotyczące praktycznego zastosowania metod epidemiologicznych lub statystycznych (takich jak wdrażanie technik statystycznych lub ocena strategii wywiadów) są publikowane w części zatytułowanej Praktyka epidemiologii.

Epidemiologia: powyższy artykuł został opublikowany jako list. Akceptują również recenzje oprogramowania, jeśli masz przyjaznego kolegę lub kogoś w terenie, który może być zainteresowany.

Wiem, że zachęcają do suplementów elektronicznych z kodem i przynajmniej coś tam przejrzałem z linkiem do repozytorium Github.

Geoscientific Model Development to czasopismo o otwartym dostępie do tego celu. Podobnie jak inne czasopisma Europejskiej Unii Geofizycznej ma otwarty proces przeglądu .

Journal of Machine Learning Research (JMLR) ma utwór „Machine Learning Open Source Software”. Jest dość selektywny (co uważam za dobrą rzecz). Czasopismo jest całkowicie bezpłatne (dla autorów i czytelników) i prowadzone przez wolontariuszy.

Towarzystwo optymalizacji matematycznej niedawno wydało czasopismo

Obliczenia programowania matematycznego

Z ich „Celów i zakresu”:

Mathematical Programming Computation (MPC) publikuje oryginalne artykuły badawcze dotyczące zagadnień obliczeniowych w optymalizacji matematycznej. Artykuły przedstawiają innowacyjne oprogramowanie, testy porównawcze, środowiska modelowania, biblioteki danych i / lub aplikacji. Główną cechą czasopisma jest uwzględnienie towarzyszącego oprogramowania i danych wraz z przesłanymi manuskryptami.

W odniesieniu do tematów piszą:

Tematy objęte MPC obejmują programowanie liniowe, optymalizację wypukłą, optymalizację nieliniową, optymalizację stochastyczną, niezawodną optymalizację, programowanie liczb całkowitych, optymalizację kombinatoryczną, optymalizację globalną, algorytmy sieciowe i języki modelowania.

Obliczenia w nauce i inżynierii to kolejna opcja. Jest to hybryda czasopisma naukowego (z recenzowanymi artykułami fabularnymi) i czasopisma (z niereferowanymi regularnymi kolumnami). Publikuje artykuły, które czytelnicy mogą uznać za interesujące. Artykuł na temat oprogramowania powinien zatem zawierać interesujący materiał, np. Na temat konkretnych zastosowanych technik, które są przydatne szerszej publiczności niż samo oprogramowanie.

Powinienem chyba dodać, że jestem członkiem rady redakcyjnej tego czasopisma.

Programowanie naukowe to opcja, która pozwala skupić się na technikach programowania stosowanych w pisaniu oprogramowania naukowego. (Ujawnienie: Jestem w redakcji rady doradczej.)

Istnieje kilka czasopism specyficznych dla aplikacji

Komputery i geologia, Komputery i płyny, Komputery i konstrukcje,

itp.