Jed Brown opisał tradycyjne podejście stosowane w modelach mezoskalowych i większych. W rzeczywistości w mikroskali wiele modeli atmosferycznych jest bardzo zbliżonych do tradycyjnych kodów CFD, stosuje podobne dyskretyzacje o skończonej objętości, podobne siatki 3D, w których pion jest traktowany podobnie jak poziomo i tak dalej. W zależności od rozdzielczości nawet funkcje takie jak budynki są rozwiązywane przy użyciu tych samych metod znanych z inżynieryjnego CFD, takich jak metody zanurzenia na granicy lub siatki montowane na nadwoziu.
Możesz napotkać wszystkie techniki dyskretyzacji, które znasz z inżynierskiego CFD, takie jak skończone różnice, skończone objętości, pseudo-spektralne, a nawet skończone elementy. Te same metody korekcji ciśnienia (krok ułamkowy) są często stosowane do rozwiązywania nieściśliwych równań Naviera-Stokesa (z Boussinesq lub anelastycznymi określeniami wyporu).
Oczywiście powszechnie stosuje się różne parametryzacje strumieni ciepła i pędu w pobliżu powierzchni, biorąc pod uwagę specyfikę interakcji ląd-powierzchnia, takich jak podobieństwo Monina-Obuchowa lub inne relacje półempiryczne.
Cała metoda symulacji dużych wirów (LES), obecnie bardzo popularna w inżynierii, faktycznie wywodzi się z meteorologii warstw granicznych. Powiedziałbym nawet, że wielu modelarzy atmosferycznych w tej skali nie zawahałoby się nazywać swojej pracy CFD.
W wielu (ale nie wszystkich) aplikacjach musisz również dodać siłę Coriolisa. Schematy nie muszą być dobrze wyważone, jest to tylko jedna dodatkowa siła objętości. Jeśli obliczymy również takie procesy, jak tworzenie się chmur, opady i promieniowanie, sprawy staną się bardziej skomplikowane, ale to samo dotyczy modeli inżynieryjnych, które rozwiązują kinetykę reakcji, spalanie i podobne.
Ta klasa modeli obejmuje również te uwzględniające interakcje ocean-atmosfera, o które prosiłeś, patrz na przykład https://ams.confex.com/ams/pdfpapers/172658.pdf