Nie ma prawdziwej „różnicy”. Witryna internetowa jest bardziej anachronicznym terminem, który istnieje od pierwszych dni Internetu, w którym pojęcie dynamicznej aplikacji, która może reagować na dane wprowadzane przez użytkownika, było znacznie bardziej ograniczone i mniej powszechne. Witryny komercyjne powstały głównie jako interaktywne broszury (z godnym uwagi wyjątkiem witryn rezerwacji hoteli / linii lotniczych). Z czasem ich funkcjonalność (i technologie wspierające) stawała się coraz bardziej responsywna, a granica między aplikacją instalowaną na komputerze a aplikacją istniejącą w chmurze stawała się coraz bardziej rozmyta.
Jeśli chcesz wyrazić siebie wyraźnie, mówiąc o tym, co budujesz, nadal opisałbym coś, co stanowi interaktywną broszurę lub wizytówkę, jako „stronę internetową” i coś, co w rzeczywistości * robi coś, co bardziej przypomina aplikacja jako aplikacja internetowa.
Najbardziej podstawowym rozróżnieniem byłoby, gdyby strona internetowa miała pomocniczą bazę danych, która przechowuje dane użytkownika i modyfikuje to, co użytkownik widzi na podstawie określonych przez użytkownika kryteriów, to prawdopodobnie jest to jakaś aplikacja (chociaż niechętnie opisałbym Amazon.com jako aplikacja internetowa, mimo że ma wiele funkcji specyficznych dla użytkownika). Jeśli natomiast są to w większości statyczne pliki .html, które łączą się ze sobą, nazwałbym to witryną internetową.
Najczęściej w dzisiejszych czasach aplikacja internetowa ma dużą część swojej funkcjonalności napisaną w czymś, co działa na kliencie (wykonując większość przetwarzania w javascript lub ActionScript, w zależności od tego, jak jest zaimplementowana) i sięga wstecz przez jakiś proces http do serwera w celu obsługi danych. Użytkownik nie porusza się tak często ze strony na stronę i doświadcza tego, czego doświadczy na pojedynczej „stronie”, która tworzy dla nich doświadczenie w aplikacji.