Czy Python SciPy potrzebuje BLAS?

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

Który plik tar muszę pobrać z tej strony?

Wypróbowałem fortrans, ale ciągle otrzymuję ten błąd (oczywiście po ustawieniu zmiennej środowiskowej).

Strona internetowa SciPy była używana do dostarczania instrukcji kompilacji i instalacji, ale teraz instrukcje tam opierają się na dystrybucjach binarnych systemu operacyjnego. Aby zbudować SciPy (i NumPy) w systemach operacyjnych bez prekompilowanych pakietów wymaganych bibliotek, musisz zbudować, a następnie statycznie połączyć się z bibliotekami Fortran BLAS i LAPACK :

mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

Wykonaj tylko jedno z pięciu poleceń g77 / gfortran / ifort. Skomentowałem wszystko oprócz gfortranu, którego używam. Kolejna instalacja LAPACK wymaga kompilatora Fortran 90 , a ponieważ obie instalacje powinny używać tego samego kompilatora Fortran, g77 nie powinien być używany dla BLAS.

Następnie musisz zainstalować rzeczy LAPACK. Instrukcje ze strony SciPy również mi pomogły, ale musiałem je zmodyfikować, aby pasowały do ​​mojego środowiska:

mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

Aktualizacja w dniu 3 września 2015 r .: Zweryfikowano dziś niektóre komentarze (dzięki wszystkim): Przed uruchomieniem make lapacklibedytuj make.incplik i dodaj -fPICopcję OPTSi NOOPTustawienia. Jeśli korzystasz z architektury 64-bitowej lub chcesz ją skompilować, dodaj również -m64. Ważne jest, aby BLAS i LAPACK zostały skompilowane z tymi opcjami ustawionymi na te same wartości. Jeśli zapomnisz, -fPICSciPy faktycznie wyświetli błąd dotyczący brakujących symboli i zaleci ten przełącznik. Konkretna sekcja make.incwygląda tak w mojej konfiguracji:

FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

Na starych maszynach (np. RedHat 5) gfortran może być zainstalowany w starszej wersji (np. 4.1.2) i nie obsługuje opcji -frecursive. make.incW takich przypadkach po prostu usuń go z pliku.

Cel testu lapack pliku Makefile nie działa w mojej konfiguracji, ponieważ nie może znaleźć bibliotek blas. Jeśli jesteś dokładny, możesz tymczasowo przenieść bibliotekę blas do określonej lokalizacji, aby przetestować lapack. Jestem leniwym człowiekiem, więc ufam programistom, że będą działać i weryfikować tylko w SciPy.

Jeśli potrzebujesz używać najnowszych wersji SciPy zamiast wersji spakowanej, bez przechodzenia przez kłopoty związane z budowaniem BLAS i LAPACK, możesz postępować zgodnie z poniższą procedurą.

Zainstaluj biblioteki algebry liniowej z repozytorium (dla Ubuntu),

sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

Następnie zainstaluj SciPy (po pobraniu źródła SciPy): python setup.py installlub

pip install scipy

W przypadku.

W Fedorze to działa:

 yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

Pamiętaj, aby zainstalować „ lapack-devel ” i „ blas-devel ” oprócz „blas” i „lapack”, w przeciwnym razie pojawi się błąd, o którym wspomniałeś, lub błąd „numpy.distutils.system_info. LapackNotFoundError ”.

Chyba mówisz o instalacji w Ubuntu. Po prostu użyj:

apt-get install python-numpy python-scipy

Powinno to zająć się również kompilacją bibliotek BLAS. W przeciwnym razie kompilacja bibliotek BLAS jest bardzo trudna.

Dla użytkowników Windowsa jest fajny pakiet binarny autorstwa Chrisa (ostrzeżenie: jest to dość duży plik do pobrania, 191 MB):

• http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy-stack

Postępowanie zgodnie z instrukcjami podanymi przez `` cfi '' działa dla mnie, chociaż jest kilka elementów, które pominęli, których możesz potrzebować:

1) Twój katalog lapack, po rozpakowaniu, może nazywać się lapack-XY (jakiś numer wersji), więc możesz po prostu zmienić jego nazwę na LAPACK.

cd ~/src
mv lapack-[tab] LAPACK

2) W tym katalogu może być konieczne wykonanie:

cd ~/src/LAPACK 
cp lapack_LINUX.a libflapack.a

Spróbuj użyć

sudo apt-get install python3-scipy