Wciąż jestem początkującym w git i to był tylko głupi błąd, który popełniłem, długa historia w jednym zdaniu. Nie byłem w podfolderze, jak zgłosił @gaoagong, ale na odwrót, w folderze nadrzędnym. Co dziwne, nie wpadłem na pomysł z tej odpowiedzi, zamiast tego pomysł pojawił się podczas testowania git add --all, zobacz długą historię poniżej.
Przykład w szczegółach.
Rzeczywiste repo:

Folder nadrzędny, który omyłkowo otworzyłem na poziomie nadrzędnym (w moim przypadku vscode_git):

Sklonowałem repozytorium, ale nad tym repozytorium miałem folder nadrzędny, który zamiast tego otworzyłem, a następnie próbowałem dodać plik repozytorium podfolderu git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', co po prostu nic nie zrobiło, bez komunikatu ostrzegawczego, a git statusnastępnie powiedziałem:
nic nie zostało dodane do zatwierdzenia, ale obecne są nieśledzone pliki (użyj „git add” do śledzenia)

Bieganie git add --alldało mi żółte notatki:
ostrzeżenie: dodanie osadzonego repozytorium git: vscode-java osadzone repozytorium i nie będzie wiedział, jak je zdobyć.
wskazówka: Jeśli chciałeś dodać podmoduł, użyj: git submodule add vscode-java
wskazówka: Jeśli dodałeś tę ścieżkę przez pomyłkę, możesz usunąć ją z indeksu za pomocą git rm --cached vscode-java
Aby uzyskać więcej informacji, zobacz „moduł podrzędny pomocy git”

Aby to naprawić, przywróciłem git add --allz git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

Następnie, po prostu otwierając właściwy folder repozytorium,

git znowu działał zgodnie z oczekiwaniami. Oczywiście folder „.git” folderu nadrzędnego można wtedy usunąć:
