Aby odpowiedzieć na pierwsze pytanie, technicznie rzecz biorąc, możesz umieścić plik w dowolnym miejscu, jednak będziesz musiał go samodzielnie zakodować, ponieważ domyślnym miejscem, do którego trafia plik, jest pierwszy z dwóch przykładów. ( link do instrukcji, jak to zrobić samodzielnie )
Jeśli chodzi o drugie pytanie, zależy to od sposobu wdrożenia aplikacji. Jeśli wdrażasz za pomocą .msi, we właściwościach projektu instalacji (z którego jest zbudowany plik msi) są dwa skróty: „kod aktualizacji” i „kod produktu”. Określają one, w jaki sposób można zainstalować msi i czy aktualizuje, nadpisuje lub instaluje obok dowolnej innej wersji tej samej aplikacji.
Na przykład, jeśli masz dwie wersje oprogramowania i mają one różne kody „uaktualnienia”, to dla systemu Windows są to zupełnie inne programy, niezależnie od nazwy. Jeśli jednak kod „uaktualnienia” jest taki sam, ale kod „produktu” jest inny, to przy próbie zainstalowania drugiego pliku msi zapyta Cię, czy chcesz zaktualizować, w którym to momencie ma skopiować wartości z stara konfiguracja do nowej konfiguracji. Jeśli obie wartości są takie same, a numer wersji się nie zmienił, nowa konfiguracja będzie w tej samej lokalizacji co stara konfiguracja i nie będzie musiała nic robić. Dokumentacja MSDN
ClickOnce jest nieco inny, ponieważ opiera się bardziej na numerze wersji ClickOnce i ścieżce adresu URL, jednak odkryłem, że dopóki będziesz kontynuować „publikowanie” w tej samej lokalizacji, nowa wersja aplikacji będzie nadal używać istniejąca konfiguracja. ( łącze do sposobu obsługi aktualizacji przez ClickOnce )
Wiem również, że istnieje sposób na ręczne scalenie konfiguracji podczas instalacji msi przy użyciu niestandardowych skryptów instalacyjnych, ale nie pamiętam dokładnych kroków, aby to zrobić ... (zobacz ten link, aby dowiedzieć się, jak to zrobić w sieci. config)