W MySQL nie ma możliwości określenia mechanizmu przechowywania dla określonej bazy danych, tylko dla pojedynczych tabel. Możesz jednak określić mechanizm przechowywania danych, który ma być używany podczas jednej sesji:
SET storage_engine=InnoDB;
Nie musisz więc określać tego dla każdej tabeli.
Jak mogę sprawdzić, czy rzeczywiście wszystkie tabele używają InnoDB?