Sprawdź istnienie katalogu i utwórz, jeśli nie istnieje

Często piszę skrypty R, które generują wiele wyników. Uważam, że łatwiej jest umieścić te dane wyjściowe we własnych katalogach. To, co napisałem poniżej, sprawdzi istnienie katalogu i przejdzie do niego lub utworzy katalog, a następnie przejdzie do niego. Czy istnieje lepszy sposób na to?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Użyj showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()nie ulega awarii, jeśli katalog już istnieje, po prostu wypisuje ostrzeżenie. Jeśli więc możesz żyć z widzeniem ostrzeżeń, nie ma problemu z robieniem tego:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

Od 16 kwietnia 2015 r. Wraz z wydaniem R 3.2.0pojawiła się nowa funkcja o nazwie dir.exists(). Aby użyć tej funkcji i utworzyć katalog, jeśli nie istnieje, możesz użyć:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Będzie to powrót FALSEjeśli katalog już istnieje lub jest uncreatable, a TRUEjeżeli nie istniał, ale został pomyślnie utworzony.

Pamiętaj, że aby po prostu sprawdzić, czy katalog istnieje, możesz użyć

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

Jeśli chodzi o ogólną architekturę, poleciłbym następującą strukturę w odniesieniu do tworzenia katalogów. Obejmuje to większość potencjalnych problemów, a wszelkie inne problemy z tworzeniem katalogu zostaną wykryte przez dir.createpołączenie.

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

Należy również pamiętać, że jeśli ~/foonie istnieje, wywołanie dir.create('~/foo/bar')nie powiedzie się, chyba że zostanie to określone recursive = TRUE.

Oto check prosty , i tworzy dir jeśli nie istnieje:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

Użycie file.exists () do testowania istnienia katalogu jest problemem w oryginalnym poście. Jeśli subDir zawiera nazwę istniejącego pliku (a nie tylko ścieżki), file.exists () zwróci TRUE, ale wywołanie setwd () zakończy się niepowodzeniem, ponieważ nie można ustawić katalogu roboczego tak, aby wskazywał na plik.

Poleciłbym użycie test_pliku (op = "- d", subDir), który zwróci „PRAWDA”, jeśli subDir jest istniejącym katalogiem, ale FALSE, jeśli subDir jest istniejącym plikiem lub nieistniejącym plikiem lub katalogiem. Podobnie, sprawdzanie pliku można wykonać op = "- f".

Ponadto, jak opisano w innym komentarzu, katalog roboczy jest częścią środowiska R i powinien być kontrolowany przez użytkownika, a nie skrypt. Skrypty nie powinny idealnie zmieniać środowiska R. Aby rozwiązać ten problem, mógłbym użyć options () do przechowywania globalnie dostępnego katalogu, w którym chciałbym mieć wszystkie moje dane wyjściowe.

Rozważmy zatem następujące rozwiązanie, w którym someUniqueTag jest tylko przedrostkiem zdefiniowanym przez programistę dla nazwy opcji, co sprawia, że ​​jest mało prawdopodobne, aby opcja o tej samej nazwie już istniała. (Na przykład, jeśli tworzysz pakiet o nazwie „filer”, możesz użyć filer.mainDir i filer.subDir).

Poniższy kod zostanie użyty do ustawienia opcji, które będą dostępne później w innych skryptach (unikając w ten sposób użycia setwd () w skrypcie), i do utworzenia folderu, jeśli to konieczne:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Następnie w każdym kolejnym skrypcie, który musiał manipulować plikiem w katalogu subDir, możesz użyć czegoś takiego:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

To rozwiązanie pozostawia katalog roboczy pod kontrolą użytkownika.

Miałem problem z wersją 2.15.3, w wyniku której podczas próby rekurencyjnego tworzenia struktury drzewa na współużytkowanym dysku sieciowym dostałem błąd uprawnień.

Aby obejść tę dziwność, ręcznie tworzę strukturę;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Jednowarstwowy:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Przykład:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Aby dowiedzieć się, czy ścieżka jest prawidłowym katalogiem, spróbuj:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info nie dba o kreskę na końcu.

file.existsw systemie Windows nie powiedzie się katalog, jeśli zakończy się ukośnikiem i bez niego odniesie sukces. Nie można tego użyć do ustalenia, czy ścieżka jest katalogiem.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]