Naprawianie wielokrotnego ostrzeżenia „nieznana kolumna”

Mam ciągłe wielokrotne ostrzeżenie o „nieznanej kolumnie” dla wszystkich typów poleceń (np. Str (x) do instalowania aktualizacji na pakietach) i nie wiem, jak to debugować lub naprawić.

Ostrzeżenie „nieznana kolumna” jest wyraźnie powiązane ze zmienną w tbl_df, której nazwę zmieniłem, ale ostrzeżenie pojawia się we wszystkich rodzajach poleceń pozornie niezwiązanych z tbl_df (np. Instalowanie aktualizacji w pakiecie, str (x), gdzie x to po prostu wektor znakowy).

Jest to problem z narzędziem diagnostycznym w RStudio (narzędziu wyświetlającym ostrzeżenia i możliwe błędy w kodzie). Zostało to częściowo naprawione w tym zatwierdzeniu w RStudio v1.1.103 lub nowszym przez @ kevin-ushey . Poprawka jest częściowa, ponieważ ostrzeżenia nadal się pojawiają (choć z mniejszą częstotliwością). Ten problem został zgłoszony za pomocą odtwarzalnego przykładu pod adresem https://github.com/rstudio/rstudio/issues/7372 i został rozwiązany w żądaniu ściągnięcia RStudio v1.4 (do wydania)

Dostępnych jest kilka obejść, wybierz preferowane rozwiązanie:

• Wyłącz diagnostykę kodu dla wszystkich plików w Preferencjach / Kod / Diagnostyka

• Wyłącz całą diagnostykę określonego pliku:

  Dodaj na początku otwieranych plików:

   # !diagnostics off

  Następnie zapisz pliki, a ostrzeżenia powinny przestać się pojawiać.

• Wyłącz diagnostykę zmiennych, które powodują ostrzeżenie

  Dodaj na początku otwieranych plików:

   # !diagnostics suppress=<comma-separated list of variables>

  Następnie zapisz pliki, a ostrzeżenia powinny przestać się pojawiać.

Ostrzeżenia pojawiają się, ponieważ narzędzie diagnostyczne w RStudio analizuje kod źródłowy w celu wykrycia błędów, a gdy przeprowadza testy diagnostyczne, uzyskuje dostęp do kolumn w tibble, które nie zostały zainicjowane, dając ostrzeżenie, które widzimy. Ostrzeżenia nie pojawiają się, ponieważ uruchamiasz niepowiązane rzeczy, pojawiają się one podczas wykonywania diagnostyki RStudio (gdy plik jest zapisywany, a następnie modyfikowany, gdy coś uruchamiasz ...).

Napotkałem ten sam problem i chociaż nie wiem, dlaczego się pojawia, byłem w stanie określić, kiedy się pojawia, a tym samym zapobiec temu.

Wydaje się, że problem polega na dodaniu nowej kolumny, pochodzącej z indeksowania, w podstawowej ramce danych R w porównaniu z ramką danych tibble. Weźmy ten przykład, w którym dodajesz nową kolumnę ( age) do podstawowej ramki danych R:

base_df <- data.frame(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

base_df$age[base_df$name == "mary"] <- 47

Działa bez zwracania ostrzeżenia. Ale kiedy to samo zostanie zrobione z tibble, generuje ostrzeżenie (i w konsekwencji, myślę, że powoduje dziwny, pozornie niesprowokowany, wielokrotny problem z ostrzeżeniem):

library(tibble)

tibble_df <- tibble(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Warning message:
Unknown column 'age' 

Z pewnością istnieją lepsze sposoby na uniknięcie tego, ale odkryłem, że pierwsze utworzenie wektora NAs działa:

tibble_df$age <- NA

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Napotkałem ten problem podczas korzystania z pakietu „dplyr”.
Osoby, które mają do czynienia z tym problemem po użyciu funkcji „group_by” w bibliotece „dplyr”:

Odkryłem, że rozgrupowanie zmiennych rozwiązuje problem z ostrzeżeniem o nieznanej kolumnie. Czasami musiałem kilka razy powtarzać rozgrupowanie, aż problem zostanie rozwiązany.

Przekształcenie klasy w data.framerozwiązany problem dla mnie:

library(dplyr)
df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))
dfTbl <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())
class(dfTbl) # [1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
dfTbl = as.data.frame(dfTbl)
class(dfTbl) # [1] "data.frame"

Wypożyczono częściowy skrypt z @adts

Miałem ten problem, gdy miałem do czynienia z funkcjami tibble i lapply. Wydawało się, że tibble zapisuje elementy jako listę wewnątrz ramki danych.

Rozwiązałem to, używając unlist przed dodaniem wyników funkcji lapply do tibble.

Natknąłem się również na ten problem, z wyjątkiem tibble utworzonego za pomocą bloku dyplyra. Oto niewielka modyfikacja kodu Sabre, aby pokazać, jak doszedłem do tego samego błędu.

library(dplyr)

df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))

t <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())

t
str(t)


t$newvar[t$id==1] <- 0

Powiedzmy, że chciałem wybrać następujące kolumny

best.columns = 'id'

Dla mnie następujące ostrzeżenie dało:

df%>% select_(one_of(best.columns))

Chociaż działało to zgodnie z oczekiwaniami, chociaż, o ile wiem dplyr, powinno być identyczne.

df%>% select_(.dots = best.columns)

Otrzymuję te ostrzeżenia, gdy zmieniam nazwę kolumny przy użyciu dplyr::renamepo przeczytaniu jej przy użyciureadr pakietu.

Stara nazwa kolumny nie została zmieniona w specatrybucie. Usunięcie specatrybutu sprawia, że ​​ostrzeżenia znikają. Usunięcie klasy „spec_tbl_df” wydaje się dobrym pomysłem.

attr(dat, "spec") <- NULL
class(dat) <- setdiff(class(dat), "spec_tbl_df")