Generowanie PNG z matplotlib, gdy DISPLAY jest niezdefiniowany

Próbuję używać Networkx z Pythonem. Po uruchomieniu tego programu pojawia się ten błąd. Czy czegoś brakuje?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Otrzymuję teraz inny błąd:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Otrzymuję teraz inny błąd:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Głównym problemem jest to, że (w twoim systemie) matplotlib domyślnie wybiera backend wykorzystujący x. Właśnie miałem ten sam problem na jednym z moich serwerów. Rozwiązaniem było dla mnie dodanie następującego kodu w miejscu, które jest czytane przed jakimkolwiek innym importem pylab / matplotlib / pyplot :

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

Alternatywą jest ustawienie go w pliku .matplotlibrc

Tylko jako uzupełnienie odpowiedzi Reinouta.

Stałym sposobem rozwiązania tego rodzaju problemu jest edycja pliku .matplotlibrc. Znajdź to przez

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Następnie zmodyfikuj backend w tym pliku na backend : Agg. To jest to.

Czystą odpowiedzią jest prawidłowe przygotowanie środowiska wykonawczego.

Pierwszą techniką, którą musisz przygotować środowisko wykonawcze, jest użycie matplotlibrcpliku, jak mądrze zalecił Chris Q. , ustawienie

backend : Agg

w tym pliku. Możesz nawet kontrolować - bez zmian kodu - jak i gdzie matplotlib szuka i znajduje matplotlibrcplik .

Drugą techniką, którą musisz przygotować środowisko wykonawcze, jest użycie MPLBACKENDzmiennej środowiskowej (i poinformowanie użytkowników, aby z niej skorzystali):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

Jest to przydatne, ponieważ nie trzeba nawet udostępniać innego pliku na dysku, aby to działało. Zastosowałem to podejście, na przykład testując w ciągłej integracji i działając na zdalnych komputerach, które nie mają wyświetlaczy.

Twarde kodowanie backendu matplotlib do „Agg” w kodzie Python jest jak walenie kwadratowego kołka w okrągły otwór dużym młotkiem, kiedy zamiast tego mogłeś po prostu powiedzieć matplotlib, że musi to być kwadratowy otwór.

Wystąpił błąd podczas używania matplotlib przez Spark. matplotlib.use('Agg')nie działa dla mnie Ostatecznie poniższy kod działa dla mnie. Więcej tutaj

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Powtórzę tylko to, co powiedział @Ivo Bosticky, co można przeoczyć. Umieść te linie na BARDZO początku pliku py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

Lub ktoś dostanie błąd

* / usr / lib / pymodules / python2.7 / matplotlib / __ init__.py:923: UserWarning: To wywołanie metody matplotlib.use () nie działa
ponieważ backend został już wybrany;
matplotlib.use () należy wywołać * przed * pylab, matplotlib.pyplot, *

To rozwiąże wszystkie problemy z wyświetlaniem

Odkryłem, że ten fragment kodu działa dobrze podczas przełączania między środowiskami X i no-X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Podczas logowania do serwera w celu wykonania kodu użyj tego zamiast tego:

ssh -X username@servername

-Xbędzie pozbyć się bez imienia i bez błędu wyświetlania zmiennej środowiska $ DISPLAY

:)

W jakim systemie jesteś? Wygląda na to, że masz system z X11, ale zmienna środowiskowa DISPLAY nie została poprawnie ustawiona. Spróbuj wykonać następujące polecenie, a następnie uruchom ponownie program:

export DISPLAY=localhost:0

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Mi to pasuje.

Inną sprawą do sprawdzenia jest to, czy aktualny użytkownik jest uprawniony do połączenia z wyświetlaczem X. W moim przypadku root nie mógł tego zrobić i matplotlib narzekał z tym samym błędem.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

źródło: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

Aby mieć pewność, że Twój kod jest przenośny w systemach Windows, Linux i OSX oraz w systemach z wyświetlaczami i bez nich, sugerowałbym następujący fragment:

import matplotlib
import os
# must be before importing matplotlib.pyplot or pylab!
if os.name == 'posix' and "DISPLAY" not in os.environ:
    matplotlib.use('Agg')

# now import other things from matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

Źródło: https://stackoverflow.com/a/45756291/207661

W przypadku Google Cloud Machine Learning Engine:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

A następnie, aby wydrukować do pliku:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

i aby utworzyć plik PDF:

multi_page(report_name)