Gdzie R przechowuje paczki?

207

install.packages()Funkcja w R jest automatyczne narzędzie rozpakowujące który pobiera i zainstalowania pakietów w R.

Jak dowiedzieć się, który katalog R wybrał do przechowywania pakietów?
Jak mogę zmienić katalog, w którym R przechowuje i uzyskuje dostęp do pakietów?

r packages

— Milktrader
źródło

248

Komenda install.packages przegląda zmienną .libPaths. Oto, co domyślnie jest moja w OSX:

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library"

Domyślnie nie instaluję tam pakietów, wolę mieć je zainstalowane w moim katalogu domowym. W moim .Rprofile mam następującą linię:

.libPaths( "/Users/tex/lib/R" )

Spowoduje to dodanie katalogu „/ Users / tex / lib / R” z przodu zmiennej .libPaths.

— James Thompson
źródło

to właśnie chciałbym zrobić, ale jak uzyskać dostęp i .prprile?

— Podpowiedź

7

To jest plik . Ponownie przeczytaj dokładny podręcznik i / lub pomoc (uruchomienie).

— Dirk Eddelbuettel

44

Jest to udokumentowane w podręczniku „R Instalacja i administracja” dostarczonym z instalacją.

Na moim Linux-ie:

R> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"           
R>

co oznacza, że domyślna ścieżka jest pierwszą z nich. Możesz to zmienić za pomocą argumentu na oba install.packages()(od wewnątrz R) lub R CMD INSTALL(poza R).

Możesz również zastąpić, ustawiając zmienną R_LIBS_USER.

— Dirk Eddelbuettel
źródło

Mam komputer z systemem Windows Vista, ale zakładając, że ta sama procedura istnieje, czy określasz katalog na liście argumentów install.packages () wraz z nazwą pakietu?

— Milktrader

3

Czy już odkryłeś „pomoc (install.packages)”? Zobacz także „pomoc (uruchomienie)”, jak na mój ostatni komentarz. I czytaj te instrukcje. Na koniec, na * doze zwykle ustawiam R_LIBS = "C: / opt / R / library" w pliku .Renviron. Wiem, że też o to spytasz - przeczytaj więc pomoc (Autostart). Dobrze? ;-)

— Dirk Eddelbuettel

1

Mam kilkanaście instrukcji R na moim Kindle (w tym ponad 3000 stron na pierwszej stronie) i nie wiedziałem o pliku pomocy Startup. Czytam instrukcje i wpadłem w ślepy zaułek. Pomyśl, że to była prosta odpowiedź. Czy tracę punkty za pytania RTFM <- Nie mam wielu do stracenia. Jeszcze raz dziękuję, Dirk. Do zobaczenia w R / Finance w przyszłym tygodniu. Ramping umiejętności R najlepiej jak potrafię, aby nie dać się odkurzyć podczas prezentacji.

— Milktrader

1

Strona 3000+ to zestawienie wszystkich stron pomocy - najmniej pomocna. Wspomnienie „Instalacja i administrator” powinno być bardzo przydatne do tego, czego tu szukasz.

— Dirk Eddelbuettel

czy istnieje równoważny sposób na znalezienie ich z wiersza poleceń bash? czyli zmienna środowiskowa, która określa, gdzie biblioteki R są zainstalowane, jeśli $R_LIBSi $R_LIBS_USERnie są ustawione? (Chcę móc wykonać skrypt R w inst/katalogu zainstalowanego pakietu) w dowolnym systemie Unix.

— David LeBauer

12

Dzięki za wskazówki od powyższych dwóch ankieterów. Sugestia Jamesa Thompsona działała najlepiej dla użytkowników systemu Windows.

Przejdź do miejsca, w którym jest zainstalowany program R. Jest to określane jak R_Homew literaturze. Gdy go znajdziesz, przejdź do podkatalogu / etc.
```
C:\R\R-2.10.1\etc
```
Wybierz plik w tym folderze o nazwie Rprofile.site. Otwieram go za pomocą VIM. Przekonasz się, że jest to plik nagi z mniej niż 20 liniami kodu. Wstawiłem do kodu:
```
# my custom library path
.libPaths("C:/R/library")
```
(Dodano komentarz, aby śledzić, co zrobiłem z plikiem).
W R, wpisanie .libPaths()funkcji daje pierwszy cel wC:/R/Library

UWAGA: istnieje prawdopodobnie więcej niż jeden sposób na osiągnięcie tego, ale inne metody, które wypróbowałem, nie działały z jakiegoś powodu.

— Milktrader
źródło

1

Skopiowałem wklejony wiersz .libPaths=("C:/R/library")do mojego pliku Rprofile.site . Uruchamiam 64-bitową wersję R 2.13.1 i pojawia się błąd: Błąd: nie można zmienić wartości zablokowanego wiązania dla „.libPaths”. Używam systemu Windows 7.

— Fred

1

Zobacz odpowiedź Dave'a : powinna być .libPaths("...")(rozmowa, a nie zadanie).

— CodeFox

0

Nie chcesz znaku „=”

Użyj .libPaths("C:/R/library")w Rprofileswoim pliku .site

I upewnij się, że masz poprawny symbol (Shift-2)

— Dave
źródło