Jak już wspominali niektórzy: pula aplikacji witryny w usługach IIS zostanie ponownie uruchomiona (zwykle zajmuje to kilka sekund). W rezultacie następne żądania stron będą wolniejsze (ponieważ nic nie będzie już buforowane). Utracony zostanie również stan sesji użytkowników; ALE w stanie sesji WSS nie jest używane domyślnie, w MOSS jest używane przez usługi InfoPath Form Services. Może się więc zdarzyć, że nie masz dużych problemów związanych z utratą stanu sesji.
Z drugiej strony; aby przezwyciężyć te problemy: zazwyczaj tworzy się rozwiązanie SharePoint (WSP), które wdraża i uruchamia zadanie czasomierza w celu wprowadzenia zmian w pliku web.config z kodu (przy użyciu klasy SPWebConfigModification modelu obiektów). Fajną rzeczą jest to, że możesz zaplanować wykonanie zmiany, aby Twoi użytkownicy tego nie zauważyli.