Błąd pydot i graphviz: nie można zaimportować dot_parser, ładowanie plików dot nie będzie możliwe

Kiedy uruchamiam bardzo prosty kod za pomocą pydot

import pydot
graph = pydot.Dot(graph_type='graph')

for i in range(3):

  edge = pydot.Edge("king", "lord%d" % i)
  graph.add_edge(edge)

vassal_num = 0
for i in range(3):
  for j in range(2):
    edge = pydot.Edge("lord%d" % i, "vassal%d" % vassal_num)
    graph.add_edge(edge)
    vassal_num += 1

graph.write_png('example1_graph.png')

Wyświetla mi komunikat o błędzie:

Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible.

Używam Pythona 2.7.3

Odpowiedź na pydot >= 1.1:

Niekompatybilność (upstream) pydotzostała naprawiona przez 6dff94b3f1 , a zatem pydot >= 1.1będzie kompatybilna zpyparsing >= 1.5.7 .

Odpowiedź dotyczy pydot <= 1.0.28:

Dla każdego, kto się z tym spotka, wynika to ze zmian w pyparsingu z wersji 1.x do wersji 2.x. Aby zainstalować pydot przy użyciu pip, najpierw zainstaluj starszą wersję pyparsing:

pip install pyparsing==1.5.7
pip install pydot==1.0.28

Jeśli nie zainstalowałeś pyparsingprzy użyciu pip, ale zamiast tego użyłeś setup.py, spójrz na to rozwiązanie, aby odinstalować pakiet. Dzięki @qtips.

W repozytorium pip znajduje się nowy pakiet o nazwie pydot2, który działa poprawnie z pyparsing2. Nie mogłem obniżyć wersji moich pakietów, ponieważ matplotlib zależy od nowszego pakietu pyparsing.

Uwaga: python2.7 z macports

pydot użył prywatnej zmiennej modułu (_noncomma) z pyparsing. Poniższa różnica naprawia ją do użycia w pyparsingu 2.0.1:

diff --git a/dot_parser.py b/dot_parser.py
index dedd61a..138d152 100644
--- a/dot_parser.py
+++ b/dot_parser.py
@@ -25,8 +25,9 @@ from pyparsing import __version__ as pyparsing_version
 from pyparsing import ( nestedExpr, Literal, CaselessLiteral, Word, Upcase, OneOrMore, ZeroOrMore,
     Forward, NotAny, delimitedList, oneOf, Group, Optional, Combine, alphas, nums,
     restOfLine, cStyleComment, nums, alphanums, printables, empty, quotedString,
-    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, _noncomma, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )
+    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )

+_noncomma = "".join( [ c for c in printables if c != "," ] )

 class P_AttrList:

Rozwidliłem repozytorium pydot [1], zastosowałem łatkę Gabi Davar i kilka zmian, aby obsługiwać Python-3. Pakiet jest dostępny w PyPI [2].

Twoje zdrowie

• [1] https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32
• [2] https://pypi.python.org/pypi/pydot2

$ sudo pip uninstall pydot

$ sudo pip install pydot2

Zobacz poniższy link: http://infidea.net/troubleshooting-couldnt-import-dot_parser-loading-of-dot-files-will-not-be-possible/

Rozwiązaniem nie było zainstalowanie pydota skądś, ale „python-pydot” z oficjalnych repozytoriów Ubuntu.

Istnieją teraz co najmniej 2 dodatkowe wersje, które wydają się wspierać PyParsing-2 i Python-3:

• PyDotPlus autorstwa Carlosa Jenkinsa z niezłym buildbotem Travisa i ciekawą dokumentacją . Jednak trzeba będzie zmienić nazwę folderu z site-packages\pydotplusaby site-packages\pydotgo do pracy z istniejących programów, które importują pydot.
• pydot3k przez bmcorser . Niestety nie zadziałało!
• prologic / pydot autorstwa Jamesa Millsa, do którego prowadzi link z oficjalnej strony kodowej pydot Google jako ...

  gałąź zapewniająca zgodność z Python 3

• a oto działające łącze do pydot2 Davida Villi, które działa dobrze: https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32

Ponownie miałem problem i powyższe rozwiązanie nie zadziałało. Jeśli to prawda i używasz również Anacondy na komputerze Mac z El Capitan, spróbuj tego:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG graphviz`
conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG pydot

Co zrobiłem na koniec po tylu próbach z tego, co tutaj widziałem (pseudo sekwencja, aby działała dla networkx):

apt-get remove python-pydot
pip install pydotplus
apt-get install libcgraph6
apt-get install python-pygraphviz


# pip freeze | grep pydot
 pydotplus==2.0.2
# pip freeze | grep pyparsing
pyparsing==2.2.0
# pip freeze | grep graphviz
pygraphviz==1.2
# python -c 'import pydotplus'
#

To zadziałało dla mnie (Mac OS X 10.9 z Pythonem 2.7.10 na Anaconda):

conda uninstall pydot

Następnie,

conda install pydot

Pyparsing jest następnie obniżany (z 2.x do 1.5.7) po instalacji pydota. Przyszli pracownicy Google: pozwoliło mi to poprawnie zainstalować i zaimportować Theano.

Na OSX Mavericks udało się wykonać następujące czynności ... Otrzymałem ten sam błąd, ale na dole była też skarga, że ​​plik wykonywalny graphviz nie był obecny ... Myślę, że problem polegał na tym, że zainstalowałem Graphviz przed innymi modułami?

brew uninstall graphviz
brew install graphviz

Jeśli inne rozwiązania nie działają, jest to szybka i brudna metoda rozwiązania problemu:

Ten przykład pochodzi z Pythona 2.7 na Ubuntu 16.04.

Edytuj plik python2.7 / site-packages / keras / utils / visualize_util.py i skomentuj segment kodu poniżej.

if not pydot.find_graphviz():
    raise ImportError('Failed to import pydot. You must install pydot'
                      ' and graphviz for `pydotprint` to work.')

find_graphviz () jest zbędna w nowszych wersjach pydot, a powyższe wywołanie nie działa.

Spotkałem też problem i mój pydot == 1.0.28 podczas pyparsing == 2.2.0. Rozwiązałem problem, pobierając najnowszy pydot 1.2.3 (tar.gz) z Google, a następnie instalując go offline. Kiedy zaktualizowałem pydot w Ubuntu 14.04, powiedziałem, że pydot 1.0.28 jest najnowszą wersją. Dlatego pobieram z google wersję 1.2.3.

Musisz obniżyć pyparsing z wersji 2.x do wersji 1.5.7, aby pydot działał poprawnie.

W przypadku win-64, używając Conda, działało to dla mnie:

conda install -c https://conda.anaconda.org/Trentonoliphant pyparsing=1.5.7

Następnie wyłączyłem / odinstalowałem wersję 2.x i ponownie załadowałem pyparsing w moim skrypcie:

pyparsing = reload(pyparsing)
pydot = reload(pydot)

Aby sprawdzić, czy masz uruchomioną odpowiednią wersję:

print pyparsing.__version__